線路歷史
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2013年02月04日起，新增996路（杏林杏南站←→SM城市廣場站），經停園博苑。
1、線路走向：上行:杏林杏南站始發經南浦路、月美路、月浦路、高浦路、杏濱路、杏前路、廈門大橋、嘉禾路、石鼓山立交橋、嘉禾路、園山南路、興山路至SM城市廣場站。下行:SM城市廣場站始發經興山路、園山南路、嘉禾路、石鼓山立交橋、嘉禾路、廈門大橋、杏前路、杏濱路、高浦路、月浦路、月美路、南浦路至杏林杏南站。
2、沿途站點：上行:杏林杏南站、悅美篔簹站、第一醫院杏林分院站、高浦西站、月美池公園站、全總休養中心站、高浦東站、高崎站、高崎火車站（中埔）、殿前站、馬壠站、SM興山路站、SM城市廣場站。下行:SM城市廣場站、塘邊站、馬壠站、殿前站、高崎火車站（中埔）、高崎站、園博苑站、高浦東站、全總休養中心站、月美池公園站、高浦西站、第一醫院杏林分院站、悅美篔簹站、杏林杏南站。
3、跨段站點：杏林杏南—高崎—SM城市廣場。
4、票價：上車1元，跨段遞增1元，全程2元。
5、首末班時間：杏林杏南首班06:30末班20:20，SM城市廣場首班07:10末班21:00。
2013年11月19日起，嘉禾路馬壠（東）站：原站點基礎上往北邊（殿前
廈門996路[1]
方向）遷移100米停靠公車輛。同時，嘉禾路高崎火車站（東）站：原站點基礎上往南邊（殿前方向）遷移150米停靠公車輛；嘉禾路高崎火車站（西）站：原站點基礎上往南邊（殿前方向）遷移100米停靠公車輛。
2015年04月13日起，新建成的西濱公交場站正式啟用，調整996路至西濱公交場站始發（西濱公交場站←→SM城市廣場站）。
1、線路走向：西濱公交場站始發，經光明路、馬鑾路、光華路、南浦路接原線路往SM城市廣場，往返一致。
2、沿途站點：上行:西濱公交場站→山後張路口站→來明眼鏡站→光明路口站→馬鑾公寓站→岑尾路口站→富全鋼鐵站→杏南站→悅美篔簹站→第一醫院杏林分院站→高浦西站→月美池公園站→全總休養中心站→高浦東站→萬科里站→寧海二里站→杏東國小站→高崎站→高崎火車站（中埔）→殿前站→馬壠站→SM興山路站→SM城市廣場站。下行:SM城市廣場站→塘邊站→馬壠站→殿前站→高崎火車站（中埔）→高崎站→園博苑站→杏東國小站→寧海二里站→萬科里站→高浦東站→全總休養中心站→月美池公園站→高浦西站→第一醫院杏林分院站→悅美篔簹站→杏南站→富全鋼鐵站→岑尾路口站→馬鑾公寓站→光明路口站→來明眼鏡站→山後張路口站→西濱公交場站。
3、增停站點：西濱公交場站、山後張路口站、來明眼鏡站、光明路口站、馬鑾公寓站、岑尾路口站、富全鋼鐵站、萬科里站、寧海二里站、杏東國小站。
4、首末班時間：西濱公交場站首班06:10 末班20:10，SM城市廣場首班07:00 末班21:00。
2015年04月25日至2016年04月25日，受集美立交橋改造工程影響，附近部分公交線路將減停站點，或者改走繞行線路。996路公交線路，將由原先線路杏前路（集杏海堤）-匝道橋-廈門大橋，改為繞行杏前路（集杏海堤）-地面轉盤-東南側匝道橋-廈門大橋。
2016年09月02日起，因杏濱路提升改造工程高浦立交二階段施工需要，開放高浦路下穿主線交通，封閉輔道交通，屆時將對杏濱路與高浦路交叉口進行封閉，中斷高浦路、堤岸路直行車道及人行道，預計工期3個月。受此影響，廈門公交集團臨時調整996路，具體調整方案如下：
1、線路走向：西濱公交場站始發，行至高浦路的鑾浦路口，改經鑾浦路、月美路、高浦下穿主線、杏濱路接原線路往SM城市廣場，往返一致。
2、雙向減停站點：月美池公園站。
3、線路長度：22公里。
4、其他運營方案不變[2]。
運行路段
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996路（西濱公交場站←→SM城市廣場站）
線路走向：
上行：西濱公交場站始發，經光明路、馬鑾路、光華路、南浦路、月美路、月浦路、高浦路、鑾浦路、月美路、高浦下穿主線、杏濱路、杏前路、廈門大橋、嘉禾路、石鼓山立交橋、嘉禾路、園山南路、興山路至SM城市廣場站。
下行：SM城市廣場站始發，經興山路、園山南路、嘉禾路、石鼓山立交橋、嘉禾路、廈門大橋、杏前路、杏濱路、高浦下穿主線、月美路、鑾浦路、高浦路、月浦路、月美路、南浦路、光華路、馬鑾路、光明路、西濱路至西濱公交場站。
沿途站點
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996路跨區線路西濱公交場站[首班06:10 末班20:10]←→SM城市廣場站[首班07:00 末班21:00]
跨段站點：西濱公交場—高崎—SM城市廣場
票價：上車1元，跨段遞增1元，全程2元，E通卡8折優惠。
上行
西濱公交場站→山後張路口站→來明眼鏡站→光明路口站→馬鑾公寓站→岑尾路口站→富全鋼鐵站→杏南站→悅美篔簹站→第一醫院杏林分院站→高浦西站→全總休養中心站→高浦東站→萬科里站→寧海二里站→杏東國小站→高崎站→高崎火車站（中埔）→殿前站→馬壠站→SM興山路站→SM城市廣場站
下行
SM城市廣場站→塘邊站→馬壠站→殿前站→高崎火車站（中埔）→高崎站→園博苑站→杏東國小站→寧海二里站→萬科里站→高浦東站→全總休養中心站→高浦西站→第一醫院杏林分院站→悅美篔簹站→杏南站→富全鋼鐵站→岑尾路口站→馬鑾公寓站→光明路口站→來明眼鏡站→山後張路口站→西濱公交場站
