辦學歷史
山東大學基礎醫學院辦學歷史可追溯到1864年成立的登州文會館。其前身為齊魯大學醫學院、華東白求恩醫學院和山東省立醫學院。
1883年，聶會東夫婦在登州文會館建立西醫診所，收徒教授西醫，1892年奉調到濟南創立華美醫院及附設醫校，即今山東大學齊魯醫院。1885年，武成獻開始創辦青州廣德醫院和青州醫學堂，巴德順則在鄒平的教會醫院設立醫學堂。 1903年，濟南、青州、鄒平三處醫學堂合併為共合醫道學堂，1911年4月17日全部搬遷到濟南，正式稱“山東基督教共合大學醫科”，宣告齊魯大學醫學院正式成立。 1917年共合大學啟用“齊魯大學”校名，醫科同時改稱齊魯大學醫科（1928年更名為醫學院）。1937年抗日戰爭爆發後，齊魯大學醫學院內遷四川成都華西壩，1945年10月遷回濟南，1948年6月再遷福州，1949年11月遷回濟南。
華東白求恩醫學院始於1944年成立的新四軍軍醫學校，1947年更名為華東白求恩醫學院，1948年9月遷入濟南，11月合併山東省立醫學院，1950年10月更名為山東醫學院。
山東省立醫學院成立於1932年，初稱山東省立醫學專科學校，抗日戰爭爆發後遷往四川，1946年10月遷回濟南，1948年8月更名為山東省立醫學院，9月被濟南特別市軍事管制委員會接管，11月併入華東白求恩醫學院。
1952年院系調整中齊魯大學醫學院與山東醫學院重組為新山東醫學院，下設醫學系，建立起各基礎教研室。 1959年改稱基礎部。 1978年6月，山東醫學院由山東省劃歸衛生部直屬。 1985年5月衛生部批准山東醫學院更名為山東醫科大學，成立山東醫科大學基礎醫學部，下設14個教研室，1996年10月成立山東醫科大學基礎醫學院。
2000年7月22日，山東醫科大學併入新山東大學。次年1月，基礎醫學院與臨床醫學部合併成立山東大學醫學院。2012年成立山東大學齊魯醫學部，醫學院成為其下設學院。 2015年9月，山東大學《醫學教育管理體制改革實施方案》提出撤銷醫學院建制，組建基礎醫學院和臨床醫學院。
2016年7月1日，山東大學基礎醫學院正式成立。
2017年9月21日，山東大學齊魯醫學部正式更名為山東大學齊魯醫學院，基礎醫學院成為其下轄學院。
學術研究
學科點情況
截至2016年9月，學院有1個國家級重點學科，6個省級重點學科，1個博士後科研流動站，2個一級學科博士學位授權點，14個二級學科博士學位授權點。藥理學與毒理學、神經科學與行為、生物學與生物化學、免疫學、分子生物學與遺傳學等6門學科進入ESI前1%。
國家級重點學科：人體解剖與組織胚胎學
省級重點學科：人體解剖與組織胚胎學、免疫學、病原生物學、病理學與病理生理學、遺傳學、藥理學
博士後科研流動站：基礎醫學
一級學科博士學位授權點：基礎醫學、臨床醫學、生物學、生物醫學工程
科 研平台情況
截至2016年9月，學院有3個省部級重點實驗室，1個山東省高校重點實驗室。
省部級重點實驗室：實驗畸形學教育部重點實驗室、醫學神經生物學山東省重點實驗室、感染免疫山東省重點實驗室
山東省高校重點實驗室：慢性退行性疾病的蛋白質科學重點實驗室
科研經費及發表論文情況
根據2015年學院本科教學質量報告，當年基礎醫學院和臨床醫學院共有在研973項目8項，在研國家基金項目154項，當年到位縱向經費3580.7382萬元，到位橫向經費49.272萬元，發表論文總數208篇，SCI收錄168篇。
辦學條件
系所設定
根據2016年9月統計，基礎醫學院設有10個學系：人體解剖與組織胚胎學系、生理與病理生理學系、生物化學與分子生物學系、醫學免疫學系、病原生物學系、病理學系、藥理學系、醫學遺傳學系、細胞與神經生物學系、醫學心理學與倫理學系。
此外，基礎醫學院設有醫學實驗教學中心，下設6個教學實驗室：人體解剖學教學實驗室、醫學形態學教學實驗室（含電鏡室）、醫學機能學教學實驗室、細胞與分子醫學實驗教學平台、生物醫學工程學實驗中心（線上考試中心）、生物醫學同位素研究中心。
師資隊伍
根據2016年9月統計，基礎醫學院教職工總數242人，其中教授43人，副教授75人。
教師中有中國工程院院士3人，國家“千人計畫”入選者2人，教育部“長江學者獎勵計畫”特聘教授和講座教授5人，國家傑出青年基金獲得者6人，國家百千萬人才工程入選者4人，山東省“泰山學者”崗位特聘教授 （專家）21人，教育部“新世紀優秀人才支持計畫”入選者15人。
教學方面，基礎醫學院和臨床醫學院共有國家級教學名師2位，省級教學名師3位，校級教學名師5位；國家級教學團隊2個，省級教學團隊2個。
中組部千人計畫入選者：陳有海
中組部萬人計畫入選者：馬春紅
長江學者特聘教授：龔瑤琴
長江學者講座教授：陳有海、遲洪波
國家傑出青年基金獲得者：龔瑤琴、馬春紅、易凡、高成江
山東省泰山學者特聘教授：高成江、魏光偉、高鵬
山東省泰山學者海外特聘專家：徐大為
教育部新世紀優秀人才：郝愛軍、劉傳勇、馬春紅、於曉、易凡、高鵬、李相芝
山東省自然科學傑出青年基金獲得者：郝愛軍、劉傳勇、易凡、馬春紅、於曉、趙偉、孫金鵬
國家級教學名師：高英茂、於修平
山東省教學名師：劉樹偉
國家級教學團隊：人體解剖與組織胚胎學教學團隊、醫學基礎實驗課程教學團隊
省級教學團隊：病理學教學團隊
教學用房
根據2015年學院本科教學質量報告，基礎醫學院和臨床醫學院共有教學、行政和輔助用房17773.95平方米，其中用於本科生實驗教學的實驗室面積為7039.25平方米。
圖書設備
根據2015年學院本科教學質量報告，基礎醫學院和臨床醫學院用於教學科研的儀器設備資產總值約為 1.63億元， 30 萬元以上的大型儀器設備有49台。
文化傳統
院訓
敦學礪行 廣智求真
治學傳統
汲外存中
學院領導
黨委領導
黨委書記：趙福昌
黨委副書記：李玉蓉
行政領導
院長：易凡
副院長：馬春紅、高鵬、高成江
校園環境
山東大學基礎醫學院位於山東大學趵突泉校區。校園大體保留了始建時的格局。規劃由卜道成籌劃，美國工程師佩利姆（G.H. Perriam）設計，芝加哥三家公司負責建設。所有建築均以德國、英國、美國的風格為主，並採用了大量中國傳統民居建築手法和符號，為集仿主義手法的代表。
教學區南北軸線長達200多米，軸線最北端為辦公樓（已不存，今為綜合樓），最南端為康穆禮拜堂（已不存，今為教學八樓），往南兩側依次有考文樓（今教學五樓）與柏根樓（今教學三樓）相對、葛羅神學院（今教學四樓）與奧古斯丁圖書館（已不存，今教學七樓）相對，六棟建築圍合成長200米，寬100米的中心花園，八條卵石鋪成的道路呈放射性布置，為西方園林式布局。校園內的主要道路均以兩旁栽植的花木命名，由北向南為杏林路、槐蔭路、丹楓路、松音路、青楊路、長柏路。校園內綠樹成蔭，四季花香，為當時全國最好的校園之一。
新中國建立後，在校園內陸續興建了教學一樓、教學二樓、教學六樓、教學七樓、教學八樓、藥學科研樓、圖書館、食堂、學生宿舍、家屬區住宅樓等一批建築，對老建築進行了修繕加固，形成各種建築風格錯落有致、交相輝映的格局。2013年，包括趵突泉校區的原齊魯大學近現代建築群（1905-1924年）作為近現代重要史跡及代表性建築入選第七批全國重點文物保護單位，成為全國僅有的幾座國家級文物校園之一。
校園內尚存的主要老建築有：校友門（1924年建）、教學三樓（柏根樓，1917年建）、教學四樓（葛羅神學院樓，二十年代建）、教學五樓（考文樓，1919年建）、四百號院（1916年建）、健康樓（聖保羅教堂，1919年建）、景蘭齋（1924年建）、美德樓（1933年建）、水塔（1924年建），等等。
