調查過程
法國前外長杜馬已因收受佣金下台，台灣前海軍總司令葉昌桐、前艦管室主任雷學明和姚能君等高階將領，遭到彈劾。“監察委員”康寧祥表示，前“行政院長”郝柏村在購艦決策轉向，將原定的蔚山艦變更為拉法葉艦過程中，違反多項程式規定，對此郝柏村發表一篇“我心無愧，願受公評”的聲明，郝柏村在聲明中強調，“面對昔日長官否定知情之言，我深表遺憾。對‘監察院’‘對統帥權顯欠尊重’的評語，我心坦然，唯願以我60年公職生涯，始於從軍報‘國’，止於依‘憲’總辭，無悔無愧之心情，接受國人公評。”總之，在此案調查中所涉層級之高，甚至有“動搖國本”的說法，可說是台灣在90年代最大的懸案之一，此命案迄今仍未偵破。
甚至，在台灣社會中“尹清楓”一度成為離奇死亡的懸案的代名詞，如前省議員宋艾克在脫黨競選“立委”時聲明不甘做“新黨的尹清楓”，聯勤工程弊案中的李錚也強調不做“第二個尹清楓”，甚至在金融風暴中跳樓自殺的銀行職員、捲入弊案而投河自盡的警員、乃至於各式各樣離奇死亡者，幾乎全被冠上是“尹清楓”。
尹清楓的家人也有不少人有參政經驗。尹清楓的妻子李美葵曾經於1994年代表新黨參選台北市議員，尹清楓的妹妹楊尹星雯也曾經於2001年於高雄市以無黨籍身份參選第五屆“立法委員”，但都未能當選。
三宗軍購要案
據台灣媒體披露，尹清楓的死 與台灣海軍三宗武器採購案有關。 事情還要追溯到80年代末、90年代初。當時，台灣海軍曾編制預算新台幣18億元購買海測艦，後又追加1億元。時任海總武獲室執行長的尹清楓認為建造海測艦不需要花這么多錢，決定進行公開招標，最後，代表義大利F廠的劉樞、鄭正光以12,48億元報價中標。因劉樞是尹清楓在中正理工學院的同學，因此海軍內另一派系有人懷疑尹清楓私下向劉樞等人泄露底價，甚至有受賄之嫌。此事後來被認為是為尹清楓之死埋下了一個伏筆。 1983年，台灣海軍曾與韓國現代公司洽談購買軍艦事宜，到1989年5月，事情開始發生變化。5月8日，當時的參謀總長郝柏村，指示與韓國的採購計畫“稍事拖延”；5月30日，海總艦管室副執行長王琴生向海軍總司令建議，法國最新設計的“拉法葉艦”可以作為台灣海軍二代艦主力；同年9月，海軍高級將領赴法考察；1991年，台灣海軍“光華二號”計畫確定，決定採購法國“拉法葉艦”，總金額高達新台幣908。87億元。而作為海軍武器採購直接執行人的尹清楓，則對這筆巨額交易持不同意見。 親民黨立委李慶華8月11日說，尹清楓命案重要涉嫌人劉樞曾向他透露，尹清楓出事前曾對他談起海軍的幾大宗軍購計畫，認為“簡直是錢坑”，極力主張“國艦國造”。另有報導說，尹清楓當年參觀過“拉法葉艦”造船廠後，曾指出該艦存在34處問題，希望所採購的6艘軍艦中，能有4艘在台灣組裝，但這個意見沒有被採納。不僅如此，尹清楓還積極參與了蒐集“拉法葉艦”採購案中涉嫌行賄的巨額資金的流向問題，可能直接觸動了一些人的利益。台灣媒體分析，尹清楓之所以死於非命，蓋因其試圖“摸老虎屁股”。 之後不久，台灣海軍又列案採購四艘掃艦，這些艦隻均為德商L廠S廠製造。購買協定達成後，海軍附帶同塗鄭春菊（塗太太）所代表的L廠簽訂了為期10年的掃雷艦水下裝備維修更換契約。不料此事卻橫生枝節，F廠劉樞等人對這筆交易也是覬覦良久,意欲拿下此項契約,而此時在台灣軍中多有靠山的S廠代表郭力恆、張濟等人也以“國防部”規定武器零部件的供應必須由原製造廠承接為由，也來爭奪這筆買賣。結果劉樞倒向郭力恆一方，三強競爭變為兩方對壘，L廠這邊勢單力薄，儘管報價低於對手，但仍然拿不到契約，塗太太氣得在海軍總部破口大罵，揚言要將以往軍中武器採購的黑幕曝光。 當時的海軍總司令莊銘耀指示尹清楓擺平這件事，但因為對峙雙方都寸步不讓，尹清楓夾在中間，承受了很大的壓力。有人懷疑，尹清楓遲遲擺不平這件事，是因為在海測艦採購案中收了劉樞的好處，生怕無法向老同學交代。
