發展歷程
背景
金門水頭碼頭的海關大廈自從中華人民共和國在1949年成立，中華民國國民黨政府遷台之後，蔣介石的政府宣布停止台灣對大陸的一切形式的通商﹑通航和通郵。期間兩岸居民被禁止往來長達近40年，中間亦發生數起兩岸間的劫機事件。
1980年代中國大陸改革開放，首先引進香港的投資者到內地設廠生產，令中國大陸沿岸地區經濟“先富起來”。
1987年，大陸放寬台灣居民以探親名義到中國大陸，兩岸民間的交流漸見繁忙。由於福建省和台灣只隔一水對望，地緣關係使很多台灣人到福建省探望被分隔多年的宗親。
基於當時兩岸仍在意識形態上有重大的分歧，重現三通的機會極微，但實際上兩岸居間在福建沿海和金馬地區早已有經濟上的交往。
1992年3月，中國福建省提出“兩門對開，兩馬先行”的“小三通”構想。這是由於“兩門”（即大陸的廈門和台灣的金門）和“兩馬”（即大陸的馬尾港和台灣的馬祖）均只是相距咫尺的地方，在此進行小規模的“三通”是可以說是在當時的限制中，帶來有利於兩岸民間發展的辦法。初步的小三通構想，是在馬尾﹑廈門﹑湄洲灣興建供兩岸直航的專用碼頭，在廈門﹑金門兩島間鋪設海底電纜，和準許到大陸的台灣人在福州﹑廈門兩機場辦落地簽證。
1994年1月，由中國大陸片面地實施《關於對台灣地區小額貿易的管理辦法》，指定福建﹑浙江﹑江蘇﹑上海﹑山東等東南沿海口岸，由台灣居民和大陸對台小額貿易公司進行“小額貿易”，“小額貿易”並不等於一般性的進出口業務。大陸當局將這種小額貿易定性為非官方的直接貿易和經交流。
1994年6月，由金馬愛鄉聯盟提出《金馬與大陸小三通說帖》，表達希望能以“單向通航”﹑“定點直航”或“先海後空”﹑“現貨後客”等方式，漸漸進行小三通。
1997年4月19日，兩岸開始進行高雄與福州﹑廈門間的“不通關﹑不入境”的境外通航。
2000年3月21日，台灣的立法院通過《離島建設條例》第18條，訂明“為促進離島（指澎金馬地區）發展，在台灣本島與大陸地區全面通航之前，得先行試辦金門﹑馬祖﹑澎湖地區與大陸地區通航”（俗稱小三通條款），條例於同年4月5日實施。
2000年12月13日，台灣行政院根據《離島建設條例》通過《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》，以作為小三通的管理依據。並於2001年1月1日開始實施，定點定時的貨客運通航。
2008年8月31日，金廈“小三通”第二條航線開通，航程僅半個小時，以及五通距離廈門高崎國際機場近的優勢，便利中轉到大陸各地的台商和旅客。水頭往返五通航線是金門“小三通”自2001年1月2日啟動以來，繼金門往返廈門東渡碼頭、泉州石井港之後的第三條客運航線，也是金廈之間第二航道。目前有“金門—廈門”、“馬祖—馬尾”、“金門—泉州”的小三通固定航班。
通航事件
2001年1月1日，新年伊始，單方面實施“小三通”的台灣當局就迫不及待地導演了一出“硬闖廈門”的鬧劇，結果以“海安號”首航失敗而草草收場。但2001年1月2日來自金門、馬祖的民眾訪問團、進香團則分別直航廈門、福州成功，完成了兩岸分隔五十多年來的首次客輪直接通航。
2001年元月2日，金門縣長陳水在一行乘“太武號”與“浯江號”輪船自金門料羅港抵達廈門和平碼頭，完成了金、馬與福建的“小三通”首航，這是52年來兩岸一個重要的通航標誌。同日，馬祖進香團500多人乘台馬輪抵達福州馬尾港，實現了“雙馬”宗教直航。
2001年2月6日，廈門“鼓浪嶼”號輪船載著76名金門籍民眾從廈門駛向金門，這是52年來大陸輪船一次重要直航金門事件。
2001年2月10日，台灣“立法委員”曹爾忠等59名馬祖旅客乘“順風一號”客輪由馬祖直航福州馬尾港，並與福建簽訂“福州馬尾-馬祖關於加強民間交流與合作協定”後的首次直航，具有特別意義。
2001年3月4日，164名金門民眾直航廈門展開五天的廈門、集美與泉州觀光旅遊及工商考察及祭祖活動等。
2001年3月10日，台灣中部四縣市長經金門轉赴福建，完成又一次通航。
2001年3月31日，廣東省博羅縣水上運輸公司港澳運輸公司“博運211號”載運砂石到金門，這是兩地第一次正式的貨物運輸。
2001年8月28日，福建省晉江市商務代表團122人乘廈門“鼓浪嶼號”客船抵達金門，開創“小三通”後雙向商務往來新階段。
2001年10月26日，民營“大洋11號”客船自金門水頭碼頭載151名旅客直航廈門，打破“小三通”以來，僅料羅港為單一試航點的限制。
2002年1月17日，台灣“立法院”通過“離島建設條例”，部分修正條文，經特許台灣民眾經由澎湖、金門、馬祖中轉進出大陸。2月9日，經專案批准的廈門181位台商及家屬經金門中轉返台過年，實現了廈門—金門、台灣的首批台商中轉業務。
2002年4月16日，金門—廈門定期班輪正式開通，每周二、五各往返一次。次日，金門“太武號”和“大洋一號”貨輪，從金門載運1625箱金門高梁酒直抵廈門，這是廈門53年來首次從金門按一般貿易方式直航進口產品。
由於船隻往來是不定期的，定期航線尚未開通，航運往來非常有限，且來多去少。據台“陸委會”公布統計，到2001年3月底，金、馬地區與大陸地區往來人數只有2374人次，其中台灣民眾赴大陸2283人次，大陸民眾赴金、馬地區只有91人次。這些人員往來仍以探親與宗教活動為主，只有少部分金、馬地區民眾赴大陸旅遊考察，而大陸方面尚無進入金、馬地區旅遊觀光。依大陸統計，2001年，福建沿海地區與金門、馬祖地區共通航190個航次，有24000多人次的直接往來。
法規
小三通是台灣提的，大三通是大陸提的。大三通比小三通更直接更方便更有效。小三通指：台灣當局在兩岸未能事先磋商的情況下於2000年12月13日單方面批准的《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》，俗稱“小三通” 凡涉及金馬地區滿6個月以上居民，需申請赴對岸觀光、旅遊與從事商務活動。而大陸地區人民得經由金馬地區親友或旅行社，大三通是實現海峽兩岸直接“通郵、通航、通商”的簡稱，2000年後三通網專為兩岸建立一個良好的溝通橋樑，最早在1979年全國人大常委會在《告台灣同胞書》中提出，它反映了兩岸人民的迫切要求。開闢兩岸直達郵路、直達電路，可以滿足民眾需求，節省經轉費用，提高各類郵電服務質量；兩岸直接航行，可以為兩岸民眾提供安全、便捷、經濟的交通運輸條件，可以進一步擴大人員往來與兩岸經濟合作，共同發展，共同繁榮。根據海協會與海基會台北會談達成的協定，兩岸海運直航、空運直航、直接通郵2008年12月15日全面啟動，宣告兩岸“三通”時代來臨。
航線
航運“小三通”是指金門、馬祖、澎湖與福建沿海地區的海上通航，是實現海峽兩岸直接“通郵、通航、通商”的基礎，開通於2001年1月。隨著兩岸關係出現重大積極變化，“小三通”客運量也迅速攀升。台灣的大榮貨運是最早為兩岸提供小三通通商的運輸公司。“小三通”海上航線用了7年多時間，於2008年上半年客運量達到300萬人次。而後2年多時間，“小三通”客運量就翻了一番，達到600萬人次。截至2013年4月30日，閩台“小叄通”累計客運量已突破1000萬人次。
航空台灣當局的這一計畫純屬政治手腕，虛張聲勢，其真實目的是擺脫在大陸政策上的困境，換取時間，迴避“一個中國”原則。所謂的“小三通”沒有任何實際意義，因其沒有提供任何行之有效的方法來改善兩岸關係。對大陸而言，根本不存在“小三通”的問題，事實上，金、馬與福建已進行了多年的小額貿易，雙方早就已經通了。如今台灣當局將之“除罪化”，對台灣來說僅具宣傳上的意義，只能滿足金、馬少數民眾的需求，對於台灣內部廣大民眾和工商界直接“三通”的需求，根本無法滿足。台灣新黨“議員”馮滬祥也說，“小三通”計畫只是“單向三通”，而非真正意義上的“雙向三通。”
小三通於2001年1月1日，海峽兩岸實施的小型三通模式，實現兩岸小規模的通商﹑通航和通郵。
| ■ 台灣 - 金門航班時刻表 | ||||||
| 台北→金門 | 金門→台北 | |||||
| 航空班次 | 起飛/到達 | 飛行日 | 航空班次 | 起飛/到達 | 飛行日 | |
| 立榮883 | 0700/0755 | 每日 | 立榮882 | 0835/0930 | 每日 | |
| 復興2311 | 0715/0825 | 每日 | 復興2322 | 0850/0950 | 每日 | |
| 復興231 | 0810/0920 | 每日 | 復興232 | 0950/1050 | 每日 | |
| 華信1261 | 0825/0920 | 每日 | 華信1270 | 1010/1105 | 每日 | |
| 復興233 | 0935/1045 | 每日 | 立榮8186 | 1045/1140 | 每日 | |
| 華信1269 | 0950/1045 | 每日 | 華信1262 | 1125/1220 | 每日 | |
| 立榮885 | 1005/1100 | 每日 | 立榮886 | 1140/1235 | 1,3,4,7 | |
| 復興2331 | 1030/1140 | 每日 | 復興234 | 1200/1300 | 每日 | |
| 華信1263 | 1045/1140 | 每日 | 華信1264 | 1230/1325 | 每日 | |
| 復興235 | 1130/1230 | 每日 | 復興2342 | 1300/1400 | 每日 | |
| 立榮887 | 1145/1240 | 每日 | 華信1266 | 1330/1425 | 每日 | |
| 華信1271 | 1200/1255 | 1,5,6,7 | 復興236 | 1400/1500 | 每日 | |
| 華信1265 | 1250/1345 | 每日 | 華信1272 | 1415/1510 | 1,5,6,7 | |
| 立榮889 | 1315/1410 | 1,3,4,7 | 立榮888 | 1450/1545 | 每日 | |
| 復興237 | 1330/1440 | 每日 | 復興2362 | 1515/1615 | 每日 | |
| 華信1275 | 1400/1455 | 1,5,6,7 | 華信1276 | 1545/1640 | 1,5,6,7 | |
| 復興2371 | 1420/1530 | 每日 | 復興238 | 1600/1700 | 每日 | |
| 華信1267 | 1450/1545 | 每日 | 立榮890 | 1650/1745 | 每日 | |
| 立榮891 | 1505/1600 | 每日 | 復興240 | 1705/1805 | 每日 | |
| 復興239 | 1530/1640 | 每日 | 華信1268 | 1720/1815 | 每日 | |
| 立榮893 | 1630/1725 | 每日 | 立榮892 | 1800/1855 | 每日 | |
| 立榮895 | 1815/1910 | 1,5,7 | 立榮896 | 1940/2035 | 1,5,7 | |
| 台中→金門 | 金門→台中 | |||||
| 航空班次 | 起飛/到達 | 飛行日 | 航空班次 | 起飛/到達 | 飛行日 | |
| 立榮681 | 0700/0755 | 每日 | 立榮682 | 0820/0915 | 每日 | |
| 華信761 | 0800/0855 | 每日 | 華信762 | 0925/1015 | 每日 | |
| 立榮683 | 0950/1045 | 每日 | 立榮686 | 1140/1235 | 每日 | |
| 華信763 | 1100/1155 | 每日 | 華信764 | 1300/1355 | 每日 | |
| 立榮687 | 1310/1405 | 每日 | 立榮688 | 1415/1510 | 每日 | |
| 立榮689 | 1445/1540 | 每日 | 立榮692 | 1610/1705 | 每日 | |
| 華信767 | 1505/1600 | 每日 | 華信768 | 1630/1725 | 每日 | |
| 立榮695 | 1735/1830 | 每日 | 立榮696 | 1900/1955 | 每日 | |
| 嘉義→金門 | 金門→嘉義 | |||||
| 航空班次 | 起飛/到達 | 飛行日 | 航空班次 | 起飛/到達 | 飛行日 | |
| 立榮635 | 1230/1320 | 每日 | 立榮956 | 1350/1440 | 每日 | |
| 高雄→金門 | 金門→高雄 | |||||
| 航空班次 | 起飛/到達 | 飛行日 | 航空班次 | 起飛/到達 | 飛行日 | |
| 立榮871 | 0645/0740 | 每日 | 立榮872 | 0805/0900 | 每日 | |
| 復興207 | 0900/0955 | 每日 | 復興206 | 1030/1125 | 每日 | |
| 復興209 | 1150/1245 | 每日 | 立榮876 | 1145/1240 | 每日 | |
| 立榮875 | 1300/1355 | 每日 | 復興208 | 1315/1410 | 每日 | |
| 立榮877 | 1500/1555 | 1,2,5 | 立榮878 | 1330/1425 | 1,2,5 | |
| 復興2091 | 1640/1735 | 每日 | 復興2082 | 1810/1905 | 每日 | |
| 立榮879 | 1705/1800 | 每日 | 立榮880 | 1825/1920 | 每日 | |
| 台南→金門 | 金門→台南 | |||||
| 航空班次 | 起飛/到達 | 飛行日 | 航空班次 | 起飛/到達 | 飛行日 | |
| 立榮931 | 1110/1200 | 每日 | 立榮932 | 1230/1320 | 每日 | |
| 立榮935 | 1340/1430 | 每日 | 立榮936 | 1500/1550 | 每日 | |
※本表僅供參考，實際飛航時間與班次，以各航空公司公布為準。
| 金門碼頭→廈門碼頭(東渡) | ||||||||||||
| 出發時間 | 08:30 | 09:30 | 10:30 | 11:30 | 12:30 | 13:30 | 14:30 | 15:30 | 16:30 | 17:00 | ||
| 預定抵達 | 10:00 | 11:00 | 12:00 | 13:00 | 14:00 | 15:00 | 16:00 | 17:00 | 18:00 | 18:30 | ||
| 廈門碼頭(東渡) →金門碼頭 | ||||||||||||
| 出發時間 | 08:30 | 09:30 | 10:30 | 11:30 | 12:30 | 13:30 | 14:30 | 15:30 | 16:30 | 17:00 | ||
| 預定抵達 | 10:00 | 11:00 | 12:00 | 13:00 | 14:00 | 15:00 | 16:00 | 17:00 | 18:00 | 18:30 | ||
| 金門碼頭→廈門碼頭(五通) | 廈門碼頭(五通) →金門碼頭 | |||||||||||
| 出發時間 | 09:00 | 11:00 | 13:00 | 15:00 | 10:30 | 12:30 | 14:30 | 16:30 | ||||
| 預定抵達 | 09:40 | 11:40 | 13:40 | 15:40 | 11:10 | 13:10 | 15:10 | 17:10 | ||||
| 金門碼頭→泉州(石井) | 泉州(石井) →金門碼頭 | |||||||||||
| 出發時間 | 0950 | 1250 | 1510 | 1620 | 0830 | 0930 | 1120 | 1500 | ||||
| 預定抵達 | 1050 | 1350 | 1610 | 1720 | 0930 | 1030 | 1220 | 1600 | ||||
影響
經濟
1、有利於降低人員和物資的流通成本，提高經濟和社會效益，進而促進經貿往來與經濟發展；
2、兩岸“三通”的實現，有利於加強兩岸合作，共同應對國際金融危機；
3、有利於發揮台灣和大陸經濟互補的優勢，促進雙方的共同發展。
海峽兩岸三通平均使大陸與台灣的距離縮短1200公里左右。縮小了中華文化圈的直徑。是有利於華人的好事情。有利於增強華人的生存能力。
兩岸本來希望透過小三通作試點，令兩岸全面三通能夠恢復過來。可是，基於自台灣李登輝時代後期的戒急用忍政策轉向，和繼任的陳水扁政府對中國大陸的態度，導致大陸海協會和台灣海基會的磋商陷於癱瘓，使得小三通未能引發全面三通。而小三通初期的相關配套措施，也因太匆促而不夠完善，導致使用者對小三通怨聲載道。而政府限制只有特定人士才能循小三通往返兩岸。
不過，小三通的確能夠加強福建和台灣之間的民間交流，可說是為日後的台商包機開設先例。從2001年開航以來，因為節省旅費旅程，逐漸成為台商往返兩岸的捷徑。2001年的旅客數只有2萬人次，成長到2005年的50萬人次。
小三通航線累計客運量達600萬人次
福建省省長黃小晶28日參加第六屆泛珠三角區域合作與發展論壇時說，“小三通”海上航線累計客運量已達600萬人次，成為往來兩岸最便捷的通道。
另外，小三通對於金門馬祖的幫助最大的維持金馬到台灣本島的班機密度及參觀金馬的中國大陸觀光客，其他方面的經濟助益其實非常小，因為經由小三通往返兩岸者大多只是把金馬當成中繼站，並沒有在當地消費。小三通對台灣經濟也無正面影響，因為小三通無法讓台灣獲得經由台灣轉機至中國大陸的航運市場，也不是貨運直航（空運）的替代方案──這些都是對台灣有利的三通項目。
“小三通”將在一定程度上帶動金廈及雙馬(馬祖與馬尾)地區區域經濟交流。由於兩地地理區位、文化背景一致，兩地通航將會促進該地區經貿、旅遊、文化等多方面的聯繫。地方政府的積極性很高，有意推動兩地的合作與交流。2001年1月28日，連江縣“立法委員”曹爾忠和議長陳振清等與福州馬尾經濟文化中心簽署“福州馬尾-馬祖關於加強民間交流與合作的協定”，內容包括了漁事、漁業、文化、貿易、旅遊、醫療等合作領域。儘管台灣當局表示未經授權的協定不具備法律效力，但兩地這種民間交流協定已成事實，對兩地交流仍具積極與啟迪作用。有人估計，若將廈門-金門旅遊業務聯繫起來，每天開放大陸700人赴金門兩天一夜遊，一年就賺25億元新台幣，由此帶動的金廈經濟圈將會獲得重要發展。2000年台灣民間也成立了“金、馬地區兩岸交流協會”及2001年4月又成立了金門分會，以推動金廈兩地的交流，推動全面“小三通”，希望首先實現老兵、台商、金、馬旅台鄉親與大陸籍等能比照金、馬居民中轉直航大陸。
日前，金門縣政府規劃在新湖漁港設立“兩岸漁獲交易中心”與“兩岸貨品交易中心”，希望金門成為台商投資大陸的營運管理中心，促進兩地經濟交流與繁榮地區方經濟。同時，福建省正計畫在平潭建立對台經貿特區及對台開放旅遊區。若台灣民眾特別是福建地區5萬多名台商及其他地區的台商在金門設籍，前往福建及周邊地區將更快速、方便，未來很可能在兩岸全面直接“三通”前成為繼香港、澳門之後又一個兩岸中轉地，必將促進金、馬與福建沿海地區的經濟發展。因此從長遠看，“小三通”有助於福建與金、馬地區及台灣的人員往來與交流，推動兩地經濟的發展。
政治
1、海峽兩岸三通促進了各種交流，對大陸人口認識台灣很有幫助；
2、有利於促進大陸走向民主，這是潛在的政治好處；
3、三通促進了雙方相互的信任、政府機構的交流；
4、三通導致未來密切的經濟交流，有利於避免未來的軍事衝突，對整箇中華民族意義重大。
三通的發展不但在地理上縮短了差距，而且在經濟，政治，文化等各方面促進了兩岸的和平發展，和平統一十分有利。
進口流程
全球貨物發到台灣---台灣進口清關---入台灣保稅區---換櫃---台灣出口清關---駁船到廈門港或者泉州港---廈門港或者泉州港進口清關---放行
進口分類表
A類:包裝材料、化工原料、五金配件、機械零配件，B類：玩具、食品、紅酒、紙尿褲、燈飾，C類：數控機械、二三極體、服裝、鞋子，測量儀器，D類：汽車配件、玻璃片、化妝品、液晶屏、晶片。
