歷史沿革
1906 吉隆坡閩粵紳商捐資創校。
尊孔學校的前身為尊孔學堂，倡議於1906年，原址吉隆坡甘榜亞答街門牌20至22號。
1907 尊孔學堂於5月24日在吉隆坡甘榜亞答街門牌20至22號店屋正式開學，首任校長為聶少雲，教職員8名，學生73名。
1907年5月24日正式開學，首任校長為聶少雲，每年結業成績向廣東學務處稟報。
1907 南洋新式教育先鋒。尊孔學堂於5月24日在吉隆坡甘榜亞答街門牌20至22號店屋正式開學。
1908 依循清朝保皇學制。 鍾卓京接任校長職後，學生增至153名。創辦人陸佑及尊孔學堂分別名列清政府表揚馬新辦學人士及學堂之褒獎名單中。
1908年3月1號鍾卓京接任校長職，學生增至153名，共分甲乙丙丁戊五學級。
1911年1月1號辛亥革命學潮頻起。辛亥革命成功，中華民國正式成立，並繼承清朝教育體制；尊孔學堂則因校長與學生政治立場不同頻頻引發學潮，兩年間經歷五名校長離任、生源遞減，直至陸佑聘請宋木林擔任校長始告平息。
1916年1月1號 宋木林請購校地謀發展。宋木林校長接任力求校政革新，將“尊孔學堂”改為“尊孔學校”，在校內推行軍國主義教育，並慮及教學未來發展，勸請董事會另置校地。在校方成功購下位於八達嶺山的校地後，他親自帶領學生披荊斬棘， 在校舍施工期間盡心規劃教學空間。
1916年陸佑力邀宋木林出任尊孔校長， 改“尊孔學堂”為“尊孔學校”，除保留國民國小，亦先後開辦乙種商科、夜間商業講習科與通俗教育夜課；在校內推行軍國主義教育，勸請董事部另尋校地。
1917 革新學制普及教育。宋木林除了為建校事宜籌款奔波之外，也致力改良學制，保留國民國小，以乙種商業科取代高級國小，推行補助教育、戲劇教育；因環境所需，再設夜間商業講習所及通俗教育夜學班供社會人士報讀，同時組織校友會和創辦教師會。
1922年1號22號尊孔八達嶺校舍建竣，全體師生齊集新校舍行開學禮。
1924年停辦乙種商業科，改辦國中。
1935年秋及1936年春先後增辦高級中學及簡易師範科。
1938年增設幼稚班，並向中國國民政府僑務委員會註冊為“尊孔中學”。
1941至1945年太平洋戰爭淪陷時期，校舍被日寇占作軍部，所有設備蕩然無存。
1945年光復後，尊孔學校董事聘請林連玉先生為校務委員會主席，連同餘思慶、饒小園、趙伯悅及梁成業4位委員開展復校工作，先是借柏屏、州立兩國小複課。
1946年1月遷回校本部 國中部複課。
1947年高中部複課。
1955年校務發展進入高峰，學生共達3800名，教職員120餘名，為馬來亞中部規模最大的學府。
1957年8月31號馬來亞獨立，教育管理權歸由馬來亞政府自行管理。
1958年國小接受改制，中國小行政分立。餘思慶校長致力於中學校政，國小則由林啟東出任校長。
1961年，馬來西亞政府頒布《1961年教育法令》。法令內規定自1962年起，只有接受改制成為國民型中學的學校才可獲得教育津貼。由於上述法令過於強調國語至上，華人社會擔憂華文受到漠視，因此群起反對。
1962年2月28日，本校董事會召開贊助人緊急大會，商討尊孔接受改制事宜，僅27人出席。結果大會以15比8票通過接受改制為國民型中學的提案，同意以英文作為教學媒介語，下午則開辦獨中以收容改制中學不能收容的超齡及落第生。
1963年尊孔獨立中學校政由梁鴻德署理校政。
1965年，餘思慶接任校長，高國中共20餘班，學生有1000餘名，教職員30餘名。
1970年，尊孔獨中僅存8、9班，學生300餘人，是獨中最困難的時期。
1973年為挽救華文獨中慘澹經營的局面，全馬各地掀起獨中復興運動浪潮。
1975年餘思慶校長榮休，教務主任嚴崇仔出任署理校長，學生人數增至1000餘名。
1976年林晃昇先生出任董事長。
1978年黃仕芳出任校長，同年高二及高三實行文理分科制。
1983年董事會聘請農業大學講師莊迪君博士出任校長。莊校長積極推廣民主治校理念，亦先後開辦電腦班、星國大輔導班、商專班等。此外，為改善教職員福利，莊校長更極力開展系列籌款活動，並促成家教協會的成立。
2017年5月24日 -尊孔國中董事會鄭福成向本校董事長黃位寅發出律師信，就尊孔校地權益提出要求，雙方進入訴訟階段。
1987年因參與抗議“華小高職事件”，林晃昇董事長與莊迪君校長遭政府動用《內安法令》逮捕，扣留長達15個月。
1989年林晃昇與莊迪君先後被釋放，為重振士氣，全校師生、校友、董事及各界人士齊心協力，號召“重建尊孔”，為籌建新校舍開展許多大型籌募活動。
1991年，校友劉世民接任董事長，教務主任曹南彧升任校長。
1992年拿督斯里林敬益部長蒞校主持新校舍動土禮，並宣布獻捐10萬元作為建校基金。
1996年10月新校舍舉行落成典禮。
1997年獨中由舊校舍遷至新校舍，增設課外活動處。
1998年增設事務處，全面實施全日制，在課程內增設自習課，以培養學生的自學能力。是年為加強獨中與國中的兩校情誼，首次舉辦聯合運動會。
2000年曹南彧校長榮休，吳建成接任校長。
2007年創辦烘焙技職班。
2008年英語中心正式啟用，試行Cambridge ESOL課程。高中烘焙班易名為“餐飲管理班”，採納C&G ESOL課程。
2010年3月1號黃奕成校長離職。董事會委任鄭金鳳副校長任代校長。
2010年11月20號舉辦104周年校慶暨歡送吳建成校長榮休晚宴；推介《尊孔的故事》漫畫。
2010年12月1號黃奕成接任校長職。
2011年7月1號潘永強出任校長。
2013年8月2號舉辦“第二屆馬來西亞華文獨中特輔教育研討會”。
2013年升“特輔部”為“特輔處”。 出版《行政手冊》與《學生手 冊》。全校教職員在周六的上班日，採取隔周上班制度。班級命名改用具中華文化特色的漢字。
2013年獲得TUV SUD集團之亞太公司認證部頒發ISO 9001:2008證書。
2014年中國駐馬來西亞特命全權大使黃惠康蒞校參觀，捐贈價值一萬令吉的書籍。
2015年舉辦尊孔行，籌獲105萬令吉建校基金。
2016年3月潘永強校長離職；鄭金鳳副校長任代校長。
2016年6月余德林接任校長。
2016年7月1號余德林校長離職，張發財副校長出任代理校長。
2017年拆除兩棟三層樓舊校舍。
歷任校長
| 1907 年首任校長 | 聶少雲 |
| 1908 年 | 鍾卓京 |
| 1916年 | 宋木林 |
| 1958年 | 餘思慶校長致力於中學校政，國小則由林啟東出任校長。。 |
| 1963年 | 中學校政由梁鴻德負責 |
| 1965年 | 餘思慶 |
| 1975年 | 嚴崇仔 |
| 1978年 | 黃仕芳 |
| 1983年 | 莊迪君 |
| 1991年-2000年 | 曹南彧 |
| 2000年 | 吳建成 |
| 2010年3月1號 | 代理校長鄭金鳳 |
| 2010年12月1號 | 黃奕成 |
| 2011年7月1號 | 潘永強 |
| 2016年3月 | 代理校長鄭金鳳 |
| 2016年6月 | 余德林 |
| 2016年7月1號 | 代理校長張發財 |
以上參考資料來源
