寶石鑑定有色寶石市場在國內並不算成熟，其鑑定規範和標準還都不像國際市場那樣嚴格，大家對鑽石的級別等級之類都比較了解，卻不熟悉有色寶石應該符合哪方面的標準，那么寶石在實驗室會怎樣鑑定呢？
通常送往IGI申請鑑定的寶石都是比較貴重的品種。寶石被送檢方送到IGI實驗室的時候，都已經附上了寶石最基礎的幾個指標和數據，但是實驗室會將寶石重新個別包裝，不會將送檢方附的資料作為參考。
有色寶石仍然需要像鑽石一樣進行克拉重量、切割形狀等基本記錄，並且分配給特殊編號，這個編號系統和鑽石完全分開管理，不可混淆。
接下來，寶石將近過一系列與鑽石完全不同的鑑定，首先是寶石折射率的鑑定，這個部分很關鍵，可以初步鑑別寶石的類別品種。然後是精密地確定寶石的比重，假如寶石已經經過鑲嵌，那么比重將無法測量，只能依靠其他儀器，例如多色鏡、濾色鏡、偏光儀等等，每種儀器都能夠測定寶石的一種特定性質，與現有的寶石圖例一一對照。IGI的寶石學家曾說，寶石鑑別工作就像拼圖，通過一系列的測試，測試出寶石不同方面的性質，然後將這些性質進行組合，來分辨出是什麼類別的寶石。
寶石鑑別中有兩項很重要也非常有效的手段：顯微鏡和色譜。當實驗室初步確定寶石的類別以後，仍然需要鑑定寶石是否經過人工的最佳化或者是否為合成寶石。有色寶石的品種繁多，各種最佳化方法也遠遠多於鑽石，所以這樣的鑑定是十分必要的。但是合成或者最佳化的寶石，在色譜測試中就會顯現不同的圖譜，並且在顯微鏡下可以發現與天然寶石完全不同的特徵，這些通過IGI有經驗的寶石專家細心鑑定，就能一覽無遺。一旦寶石為合成或者最佳化，將明顯體現在證書上。
寶石經過鑑別後，也需要等級鑑定。有色寶石的分級主要在其顏色，對於有色寶石等級的判別，寶石學家需要對顏色十分敏感。顏色的濃度，亮度，飽和度，描述方法等等，都有專業的術語。
最後，寶石將被置於專業的不加任何美化的寶石專用燈光下，拍攝照片，這樣的照片會出現在最後的IGI有色寶石鑑定報告書上，以做到一與一對應。
這樣，一份完整的有色寶石報告就產生了，從報告上，消費者可以發現有色寶石的信息也能做到像鑽石一樣透明。如果國內的寶石市場規範標準也能夠做到和國際標準看齊，那么顯然有色寶石市場會有長足的進步。
