實證研究方法的特徵
1.數理實證研究
數理實證研究比較適合研究較為複雜的問題。社會經濟制度之間存在著極為複雜的相互作用機制，而運用數學計量工具可以將有關影響因素予以固定，從而把握複雜現象之間的內在聯繫，消除變數內生性、異方差和多重共線性問題。但數理實證研究對於數據質量相對要求較高，數據錄入和操作錯誤往往會導致錯誤的分析結果。這就需要研究者在數據錄入中保持高度警覺，有意識地避免操作失誤。
不僅如此，在數理統計意義上的相關關係在現實中有可能未必存在。比如太陽黑子在過去20年間逐年增長，中國經濟在過去20年間逐年增長，但如果有人從中得出中國經濟成長導致了太陽黑子增多或者太陽黑子增多導致了中國的經濟成長的之類的結論，大家也許感到可笑。這一結論只不過是把兩個同樣有時間趨勢的事情聯繫在了一起，從趨勢上兩者確實是一起移動的，但實際上卻沒有什麼關係。這種現象在計量經濟學中被稱作偽回歸或者偽相關。在三農研究領域，如果不熟悉農業和農村相關狀況，就很容易出現類似錯誤。
2.案例實證研究
案例研究可以分為單個案研究和多個案研究。個案研究不僅有助於積累不同廣泛而深入的個案資料，形成對於問題的實感，也可以為調查者獲得第一手資料，從現實獲取靈感源泉。中國作為一個大國，全國各地差別很大，如果沒有廣泛而深入的個案調查經驗，不可能對中國三農問題的狀況有一個真實的判斷。不僅如此，在許多個案調查的基礎上，可以為構建三農理論框架提供堅實基礎，在這一基礎上提出的相關對策，就會既具有深度，又具有前瞻性和現實針對性。就我國三農研究來說，在個案的蒐集和整理方面已經取得了相當成績。但也存在著憑藉個案研究試圖推導出具有普遍性結論的問題。如何將個案研究獲得的實感與理論構建結合起來，是當前三農研究必須解決的重大問題。
由於個案研究容易犯以偏概全的錯誤，導致對於三農相關問題的判斷失誤。而通過多案例研究就有可能彌補單個案研究的不足，不僅可以有效擴展對於三農問題了解的全面性，而且可以在更大範圍內驗證個案研究的結論，防止以偏概全。在農村經濟領域，上世紀80年代杜潤生先生領導下的中央農村政策研究室針對農業和農村做了許多極具針對性的研究，不僅取得了許多重要研究成果，甚至直接推動了中國農村改革進程。近年來，趙樹凱對於鄉村治理、白南生對於農民工問題、于建嶸對於農村社會衝突、賀雪峰對於鄉村治理、肖唐鏢針對南方農村的宗族問題所做的一些深入研究，均堪稱三農研究領域實證研究的典範。
儘管實證研究方法在三農研究中得到了較為普遍的套用，但對於實證研究的錯誤理解導致了偽實證和形式實證在三農研究中大行其道。所謂偽實證，也就是研究者用理論預設或價值偏好來剪裁經驗事實的做法，它本質上是以實證研究為標榜的非科學方法。研究者開展社會調查的目的不是去發現事實，研究結論是事先就有的。先有觀點再找證據，而不是先尋找證據，再得出結果。研究者希望尋找到一些經驗材料來證實自己已經形成的理論預設，甚至是是價值偏好。因此這種實地調查獲取的事實就不是客觀的事實，而是經過裁剪或過濾的事實，調查結果就往往與真實情況相差甚遠。形式實證是指研究者通過形式主義的調查、走馬觀花式的調研，或者在資料的蒐集和使用過程中對於有關數據和資料，特別是官方數據和資料缺乏甄別和處理的情況下直接套用於研究的做法。偽實證和形式實證都會使得實證研究停留在膚淺觀察層次上，難以對現實做出更有價值的分析。
就三農研究而言，無論是運用數理實證，還是運用案例實證，都需要對於三農問題具有相當程度的了解和理論層次的把握。不熟悉農業、農村和農民，不能夠從理論層次上把握有關問題的邏輯關係，在運用數理實證就容易犯偽相關的錯誤，運用案例實證就容易犯偽實證或者形式實證的錯誤，而研究方法的錯誤必然導致分析錯誤，最終使得相關研究成果和結論沒有價值。而錯誤研究方法所做出的研究對於社會科學的發展也不會有真正的貢獻。
