解碼取決於平衡源自反密碼子—密碼子與能量相互作用所產生的能量，這種能量是tRNA、EF-Tu和30S核糖體亞基變形，從而使其能夠高效互動做必需的。這些構象變化使得EF-Tu能夠水解GTP，這讓tRNA能夠被接受，同時導致氨醯組從tRNA向新生多肽鏈的轉移。因此，突變減少了變形所需的能量——例如使tRNA變得更加柔韌，從而導致胺基酸的錯誤插入，如同一個錯配的反密碼子—密碼子對能夠為發生的構象變化提供足夠的能量。
為了檢驗這一想法，作者使用了兩種經過充分研究的具有反密碼子外部突變的Trp tRNA突變體。它們是G24A tRNA （也被稱為Hirsh抑制基因tRNA）和A9C tRNA，它們都能夠識別終止密碼子UGA以及Trp反密碼子UGG。Schmeing等人在來自嗜熱菌的EF-Tu和70S核糖體複合體中解決了野生型、G24A和A9C tRNA tRNA的X射線晶體結構。在用抗菌的黃色黴素進行GTPase水解作用後直接得到了這種複合體，從而使分析變形的tRNA稱為可能。作者發現，兩種變異都通過有利於變形tRNA的形成來刺激了錯編密碼，但它們以不同的方式達到這一目的。G24A突變體只有在tRNA被變形的情況下允許一種額外氫鍵的形成，這意味著它能夠更容易地採用變形地構造。A9C突變體破壞了tRNA中的氫鍵，這使得tRNA更具柔韌性，並且能夠更容易地變形。這兩種變化意味著來自反密碼子—密碼子錯配的能量損失尚不足以避免錯編密碼。
這些研究結果表明，整個tRNA的準確結構以及形成相互作用的潛力對於精確的解碼是至關重要的。此外，作者的分析表明，每個tRNA會形成一個微妙的不同構象，並且核糖體解碼的能量在進化過程中被小心地平衡著。
