現代定義及其來源
現代的宗教自由的定義的基礎是《世界人權宣言》的第十八條：
宗教自由人人有思想、良心和宗教自由的權利；此項權利包括改變他的宗教或信仰的自由，以及單獨或集體、公開或秘密地以教義、實踐、禮拜和戒律表示他的宗教或信仰的自由。
作為一份條約性的檔案它在簽署國內有法律的地位，因此現代的宗教自由是一個法律概念。這個概念的根源在於民權與神權的分離：一個國家管理社會的總體，但它不介入每個人的信仰和政治觀念，它保障每個人自己建立自己的世界觀的權利。
歷史上各個國家和地區有過不同的類似於宗教自由的概念、條約和法律，但宗教自由作為一個國際性的人權概念是在20世紀中產生的。最初正式提出這個新概念的是美國總統富蘭克林·德拉諾·羅斯福。1941年他在美國國會上建議聯合國的成立的發言中提出了四個自由，其中包括“信仰自由”，後來被明確為宗教自由。而羅斯福將這個自由提高到這個地位則來自於美國《美國權利法案權利法案》和美國歷史上對宗教的一貫開放和自由的態度。
0世紀前的歷史
古希臘和古羅馬
歐洲古希臘和古羅馬的多神教使它們比較容易吸收和融合來自其它地區的神和儀式，因此當時的宗教衝突比較少。雖然如此，褻神罪在希臘和羅馬都存在，對神表示不敬或甚至嘲弄可能被流放或處死（比如亞里士多德就以此罪名而被流放）。羅馬帝國時代威脅到皇帝地位的宗教（比如猶太教和基督教不承認皇帝神的地位）受到打擊和迫害。
歐洲中世紀
在西歐中世紀大部分時間裡天主教是大多數國家的國教，持其它信仰者被看作異教徒。宗教迫害極其嚴重。宗教不容忍也是十字軍東征的起因之一。猶太人被容忍，但經常受到迫害。
從1480年延續到1780年的迫害“女巫”惡潮，席捲歐洲300年。良家婦女一旦被誣為“女巫”，立刻被斬首示眾，然後焚燒屍體，刀下冤鬼多得難以統計。這是歐洲中世紀歷史以及人類文明史上黑暗的一章。天主教會將任何敢於質疑其權威的人士和團體扣上巫術、異端等名號，加以血腥殺戮，同時奪取其財產。
宗教改革後在天主教和新教國家間爆發了多次宗教戰爭。1555年的奧格斯堡和約中神聖羅馬帝國皇帝查理五世第一次允許帝國內的領地統治者們自由選擇他們自己的宗教。他們的臣民則隨其君主選擇其宗教。
1789年法國大革命的《人權和公民權宣言》受美國《獨立宣言》影響宣布法國公民享受信仰自由。隨著歐洲其它國家神權與民權的分離這個概念也漸漸在其它歐洲國家普及。
中國
中國傳統宗教中缺乏一神教的專一性，即使在三皇五帝時期也有類似一神論的信仰，同時在宗教組織的結構上也沒有統一的宗教領袖和教條理論，道教的教義也比較寬鬆，因此對其它外來的宗教比較寬容。中國民間信仰始終有將各個宗教混在一起的趨勢。不過漢代以後，儒家思想始終是主流，與忠孝等準則不符的宗教信仰全部要加以改動來適應中國社會。即使虔誠的佛教徒依然保持祭祀祖宗、祭祀天地等信仰。《西遊記》中也說過“沒有不忠不孝的神仙。”
但同時宗教鬥爭和迫害也有發生，佛道之爭從民間一直延續到朝廷。比較著名的大規模的宗教迫害有唐武宗滅佛和北周武帝滅佛。同時從教義和組織上有可能威脅到統治者地位的宗教也往往被打為邪教而受迫害，比如白蓮教。
另外，一如所有層次較低卻更能普推的信仰，中國民間本身對外來宗教不可避免的也會有抗拒的反應，產生了很多歧視甚至是實際迫害。例如在義和團事件中，不少中國新教徒及天主教徒被殺死，甚至是傳教士也不能倖免。另外，伊斯蘭教一直也不能在漢人之間流傳，也是因為漢人認為這只是回族等“外族”的宗教，即使到了近代，信奉伊斯蘭教的回族也常和漢人發生宗教衝突。
0世紀以後
美國
美國在《憲法第一修正案》中規定了美國政府不能“確立國教或禁止信教自由”，確立了政教分離與宗教自由的原則。在美國，天主教和新教的信仰是自由的，然而在2001年的9·11事件後，美國政壇對伊斯蘭教與穆斯林的宗教自由進行了一定的干涉。智庫“美國進步中心”發表的一份報告顯示，2001年至 2011年之間，美國有7個基金會斥資在美國煽動反穆斯林的仇恨，花費超過4200萬美元。美國人對穆斯林的好感度逐年下降。皮尤研究中心的研究數據表明，超過一半的美國穆斯林因自身的宗教信仰受到美國情治單位的特別監控，其調查表示，超過四成的受訪者稱自己曾受過騷擾。
法國
法國的穆斯林人口在二十世紀七十年代後穩定增加。21世紀的伊斯蘭教已經是法國第二大宗教。法國政府在2002年後對穆斯林的行為作出法律限制，包括不得在公共場所穿著蒙面罩袍，以及禁止穆斯林在街邊祈禱。不少穆斯林婦女與人權組織認為這些政策侵犯了宗教自由。
荷蘭
荷蘭政府在2011年立法禁止穆斯林婦女穿著蒙面罩袍，被穆斯林女性認為侵犯了宗教自由。
中國
中華人民共和國憲法第二章第三十六條規定：
中華人民共和國公民有宗教信仰自由。
任何國家機關、社會團體和個人不得強制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧視信仰宗教的公民和不信仰宗教的公民。
國家保護正常的宗教活動。任何人不得利用宗教進行破壞社會秩序、損害公民身體健康、妨礙國家教育制度的活動。
宗教團體和宗教事務不受外國勢力的支配。
在中國，穆斯林和基督徒的宗教自由受到充分保障。
我國宗教自由的基本政策
我國宗教信仰自由政策的基本內容有以下幾個方面：
宗教自由(1)公
民有信仰宗教和不信仰宗教的自由。每個公民既有信仰宗教的自由，也有不信仰宗教的自由；有信仰這種宗教的自由，也有信仰那種宗教的自由；在同一宗教裡面，有信仰這個教派的自由，也有信仰那個教派的自由；有過去不信教而現在信教的自由，也有過去信教而現在不信教的自由。既尊重和保護信教的自由，也保護不信教的自由，這是最基本的內容。依據我國憲法，信教的公民與不信教的公民享有同等的權利和義務，任何國家機關、社會團體和個人不得限制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧視信仰宗教的公民和不信仰宗教的公民。全面正確貫徹宗教信仰自由政策，一方面要求尊重每個公民信仰宗教的自由和不信仰宗教的自由。任何組織和個人都不得強制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧視信仰宗教的公民和不信仰宗教的公民。對不尊重公民宗教信仰自由權利和損害宗教界合法權益的錯誤行為，必須堅決予以糾正。另一方面要求堅持權利和義務的統一。宗教信仰自由不等於宗教活動可以不受任何約束。宗教界人士和信教民眾首先是中華人民共和國的公民，要把國家和人民的根本利益放在首位，承擔遵守憲法、法律、法規和政策的義務。
(2)宗教必須在憲法、法律和政策範圍內活動。公民在行使宗教信仰自由權利的同時，有遵守憲法和法律的義務。任何國家機關、社會團體和個人不得損害宗教界的合法權益，干預正常的宗教活動：任何人也不能利用宗教破壞社會秩序、損害公民身體健康，更不允許利用宗教進行反對黨的領導和社會主義制度，破壞國家統一和民族團結。
(3)各宗教一律平等。我國的佛教、道教、伊斯蘭教、天主教和基督教不論信眾多寡、影響大小，在法律面前一律平等，沒有占統治地位的宗教。政府對這些宗教一視同仁，不加歧視。
(4)宗教與國家政權分離。按照這一原則，任何人都不得利用宗教干預國家的行政、不得干預司法、學校教育和社會公共教育；不得干預婚姻、計畫生育等等。國家政權也不能被用來推行或禁止某種宗教。
(5)國家保護一切在憲法、法律和政策範圍內的正常的宗教活動。各宗教團體自主地辦理各自的教務，並根據需要開辦宗教院校、印發宗教經典，出版宗教刊物，舉辦各種社會公益服務事業。在登記的宗教活動場所內和按宗教習慣在教徒自己家裡進行的正常宗教活動，受到國家法律保護，任何人不得加以干涉。國家保護宗教團體的合法權益，保護宗教教職人員履行正常教務的權利。
(6)無神論與有神論之間相互尊重。任何人都不應到宗教活動場所進行無神論的宣傳，或者在信教民眾中展開有神還是無神的辯論；任何宗教組織和教徒也不應在宗教活動場所外布道、傳教、宣傳有神論、散發宗教傳單和其它未經政府主管部門批准出版發行的宗教書刊。
(7)宗教團體和宗教事務不受外國勢力的支配。我國宗教事務由中國人自己來辦，不受外國勢力的干涉和控制，成為我國各宗教共同遵循的一個原則。我國的宗教團體在堅持獨立自主自辦的方針下，實行自治、自養、自傳。獨立自主自辦的方針並不排斥在互相尊重、平等友好的基礎上與世界各國宗教組織或宗教人士進行交往。對出於宗教感情的外來援助、捐贈等只要不附帶干涉我國內部事務包括宗教事務的條件，宗教組織可以接受。
