該院下設有農田水利研究所、水文水資源研究所、結構材料研究所、土工研究所、水工研究所、建築設計室、微機自動化研究所和科技信息中心。管理科室有黨政辦公室、人事科、計畫財務科、經濟技術開發部、物業管理辦公室、監察室和離退休辦公室。
院總部以外建有四大試驗基地,分別是梅山高速水流試驗室、淮河河工試驗基地、新馬橋農水實驗站和五道溝水文水資源實驗站。經省科技廳批准,農水實驗站和水文水資源實驗站被列為“安徽省水利水資源重點實驗室”。另有安徽省建築工程質量檢測監督站,安徽省水利工程質量檢測中心站,淮河流域水工程質量檢測中心,安徽省大禹工程建設監理諮詢部,安徽省水利廳閘壩安全檢測中心和安徽水利科技推廣服務中心等檢測、監理機構。
2003年年底,全院有職工305人。在職人員171人,其中教授級高工5人,高級工程師38人,工程師42人,固定資產總值5800萬元。全年共簽訂技術契約365項,收入達2600餘萬元,比2002年增長15%,新增固定資產1247萬元。
該院依靠自身的科研技術實力,先後承接了一些大中型水利工程試驗研究項目。與四川大學共同承擔的國家自然科學基金項目—“氣泡尺寸及其機率分布在摻氣減蝕中的作用”,已完成試驗水槽設計及摻氣流速儀的研製。承接“十五”水利科研建設項目及重大建設推廣項目7項。其中《安徽淮北井灌研究》和《節水灌溉工程效益與管理模式研究》通過驗收評審,並達到國內領先水平;淮北第三發電廠水資源論證、淮北市200萬t甲醇工程水資源論證、淮北市水土保持規劃等3個項目通過評審,取得了很好的社會效益和經濟效益。同時,還承接了安徽省節水灌溉發展模式研究、安徽省大中型灌區渠系及末級渠系調研報告、安徽省灌溉用水定額編制評價、安徽省淮北平原灌溉工程建設與管理等項目。是年,省水科院還有一批項目獲得了省部級獎勵,其中:“火/核電廠循環供水管道系統局部阻力及其相鄰影響研究”獲中國電力科學技術二等獎,“江淮丘陵區節水灌溉技術研究”“淮北地區作物-水模型與最佳化灌溉制度研究”獲省科學技術三等獎。30篇論文參加“安徽省第三屆自然科學優秀論文評選活動”,分別獲二、三等獎。在國內公開出版的學術期刊上發表科技論文60餘篇。《PIC系列單片機的開發套用實戰》《水文水資源分析研究》兩部專著公開出版發行。
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