主要職責
安徽省國防科學技術工業辦公室的主要職責是：
1、貫徹執行國家國防科技工業方針政策和法律法規，組織起草有關地方性法規規章草案；擬訂全省國防科技工業發展規劃和產業政策並組織實施。
2、負責武器裝備生產許可和軍品市場監督管理；負責民口軍品配套和協調整機科研工作；負責軍工電子行業管理。
3、負責全省國防技術基礎管理和軍工科技創新工作；負責武器裝備科研生產的質量、安全生產（含軍工核設施安全）、安全保密的監督管理，承擔核事故應急管理工作；負責軍工產品及配套產品研製生產的計量、情報、統計等管理工作。
4、承擔武器裝備科研生產投資管理相關工作；承擔軍工關鍵設備設施、重點實驗室、技術中心、軍品配套能力的監督管理工作。
5、推進軍民結合、寓軍於民的武器裝備科研生產體系建設。
6、負責全省民用爆炸物品行業管理及生產、流通的安全監督管理。
7、負責全省船舶工業行業管理。
8、協助國家軍工企業集團做好在皖軍工企業單位領導班子和人才隊伍建設。
9、承辦省政府及省經濟和信息化委員會交辦的其他事項。
內設機構
根據主要職責，內設處室分別為：
1、綜合處
承擔綜合協調機關政務工作；負責機關文電、保密、網站建設、保衛、機要、檔案、信訪和後勤等工作；監督管理武器裝備科研生產的保密工作；指導協調並監督檢查涉及軍工的國家安全和保衛工作。
2、發展與科技質量處
擬定全省國防科技工業的發展規劃；承擔推進軍工核心能力建設和軍工固定資產投資監管工作；負責全省國防科技工業經濟運行信息匯總、分析等工作；承擔武器裝備科研生產許可和軍品市場及民口配套能力的監督管理工作，負責軍工技術基礎管理和軍工科技創新工作，承擔軍工重點實驗室、技術中心監督管理工作；監督管理武器裝備科研生產質量；承擔武器裝備科研生產動員和軍品出口監督管理相關工作；承擔軍工電子行業管理工作。
3、軍民結合推進處
貫徹執行國家軍民兩用技術雙向轉移、軍民通用標準等軍民結合發展規劃和有關政策規定；起草相關地方性法規規章草案和政策措施並組織實施；推進軍民結合、寓軍於民的武器裝備科研生產體系建設；指導軍工行業對外交流與合作。
4、民爆物品管理處（掛安全生產監管處、核應急辦公室牌子，對外可使用省民爆物品管理辦公室名稱）
負責民爆物品的行業及生產、流通安全的監督管理；指導協調並監督檢查涉及軍工的安全生產工作，參與調查處理有關安全事故；承擔核事故應急管理和軍工核設施安全監督管理工作。
5、船舶行業管理辦公室
貫徹落實國家船舶工業發展方針政策和法律法規；擬訂全省船舶行業發展規劃並組織實施；承擔船舶工業固定資產投資項目相關管理工作；組織推進全省船舶工業技術進步。
6、財務處
負責機關財務管理工作，指導直屬單位財務工作；負責機關及直屬單位國有資產管理工作。
7、人事處
負責機關和直屬單位的機構編制、人事管理等工作；協助國家軍工企業集團做好在皖軍工企業領導班子建設工作；指導企業加強人才隊伍建設。
8、離退休工作處
負責機關離退休人員的服務管理工作，指導直屬單位離退休人員的服務管理工作。
9、機關黨委
負責機關和直屬單位的黨群工作。
10、省紀委（監察廳）派駐省國防科學技術工業辦公室紀檢組（監察室）
按照《省紀委 省委組織部 省編辦 省監察廳關於對省紀委省監察廳派駐機構實行統一管理的實施意見》的規定履行職責。
