工作經歷
工作初期
1952年，孫琦琳在莊河第二中學任教導主任和校長。期間，他經常深入教學第一線，及時發現和總結經驗教訓，認真貫徹黨的路線、方針、政策。
1956年加入中國共產黨。
1958年，孫琦琳任莊河高中校長。期間，他經常同教師一起備課，研究教學方法，給教師講示範課。
1960年教學改革工作中，他組織教師學習黑山國小教改經驗，聯繫本校實際，親自總結出“抓住本質，精講多練”的經驗，推廣全校。
1959年和1961年，他當選為縣政府第一屆和第二屆委員會委員。
“文化大革命”期間
“文化大革命”期間，孫琦琳受到迫害，仍堅信黨的領導，忘我為黨工作。他身體患病，僅住院半年，就要求出院工作。1977年，莊河縣委給他平反，恢復他的黨籍，他高興地流出熱淚。他不顧自己患有肝硬化重病，更加忘我工作。
黨的十一屆三中全會後
黨的十一屆三中全會後，他積極投入撥亂反正，集中全力全面貫徹黨的教育方針，引導教師端正辦學思想。他要求學校要做到“三個堅持”：堅持“德、智、體一起抓”，保證學生全面發展；堅持“上、中、下一起抓”，爭取教學大面積豐收；堅持知識與能力一起抓，處理好二者辯證統一關係，交給學生更多的學習自主權。他主張以課堂教學為主，發揮教師主導作用，並將這一主張寫成論文，在1978年《遼寧教育》上發表。
教育觀點與貢獻
80年代初，孫琦琳針對高考中的問題，對本校高考複習提出改革，要求高考複習做到“不脫離課本，不突擊備考，不準提前結束課程，不準自習時間講大課”，並採取“諸葛亮會”方法，集中智慧，群策群力，鞏固學生學習效果。改革後，莊河高中學生高考連續幾年在大連地區居於上游。他因教學改革成果突出，先後被評為大連市勞動模範和模範共產黨員。1981年10月3日，《遼寧日報》以《莊河高中全面貫徹黨的教育方針，面向大多數，對每一個學生負責到底》為題，介紹了莊河高中的教學改革經驗。
孫琦琳抓教學工作，堅持三點：
一是加強教育理論學習，組織教師學習《教育學》、《心理學》，並親自講課；
二是加強備課，堅持領導檢查教案制度；
三是加強工作計畫與總結，年、期、月、周教學工作都按計畫運作。他要求教師每學期寫出一份教學經驗，先在教研組交流，推選典型，後在全校經驗交流會上介紹。許多教師按照他的這個要求，在教學研究上脫穎而出。
孫琦琳病危期間仍念念不忘學校教學改革。臨終前，他在病床上堅持工作，寫了《不要找錯根源》、《改革高考辦法是當務之急》、《責任制在學校》等文章，將畢生精力獻給了教育事業。
