人物生平
早年仕途
孫士毅是乾隆二十六年（1761年）進士，以知縣的身份歸班等待授官。乾隆二十七年（1762年），乾隆帝南巡，特召孫士毅入前參加考試，被授為內閣中書，充任軍機章京，不久遷移為侍讀。
乾隆三十四年（1769年），大學士傅恆督師征討緬甸，以孫士毅掌管章奏。戰後敘功，孫士毅被授為戶部郎中，又被提拔為大理寺少卿。出為廣西布政使。不久又被提拔為雲南巡撫。 乾隆四十五年（1780年），雲貴總督李侍堯因為貪贓被罷官，孫士毅因為沒有事先彈劾李侍堯而被牽扯，因此被罷職，被發往伊犁，抄錄家產，變得不名一錢。 之後乾隆帝嘉獎他為官清廉，命他纂校《四庫全書》，被授為翰林院編修。《四庫全書》修成之後，孫士毅被提拔為太常寺少卿。
之後孫士毅復出為山東布政使，又被提拔為廣西巡撫，不久遷移到廣東。初到廣東，孫士毅就上疏說：“廣東一省海洋交錯，容易藏納匪徒。自身惟有潔以持身，嚴格約束下級，不敢因循諱飾，才能做好地方官。”乾隆帝下諭他一定要效仿廣東巡撫李湖的風格，李湖因為雷厲風行被上級所賞識。
總督兩廣
《御製平定台灣二十功臣像贊》之孫士毅不久孫士毅署理兩廣總督。陝甘總督福康安向清廷建議練兵，乾隆帝下詔雲、貴、四川、兩廣、福建諸行省仿行。孫士毅上疏奏請廣東練水陸兵二萬八千五百三十二人，廣西練兵一萬一千二百九十六人，選人材精壯、技藝嫻熟的進行訓練，責令各地督、撫、提、鎮實心訓練；並嚴立科條，以革除多年的積習。 乾隆帝下詔說：“這些事可以慢慢地實行，但是一定要做好。”不久仍回巡撫任上。
廣東的民風剽悍，有很多未繳的賦稅，州縣吏有的向上級奏報，有的以自己的私財應付，但是該地民眾也大多抗稅不繳。孫士毅詳細地清查之後，派遣幹吏到欠稅最多的州縣，根據各地的賬冊進行清查。以自己私財墊付的官員，以清查所得的銀子補償。 乾隆帝嘉獎他的才能。茭塘是群盜所聚的地方，他們抗拒官兵並且傷害官員。孫士毅擒拿了叛軍的首領，殺了之後巡示當地。乾隆帝再次嘉獎他的功勞，賜給他頂戴花翎。 兩廣總督富勒渾縱容他的僕人貪污受賄，事泄之後孫士毅按律處置，富勒渾受牽連被罷官。乾隆帝因為孫士毅為人持正，將其授為兩廣總督。富勒渾上疏討論廣東的鹺政，請求增加運艘，按季徵收稅銀，恢復三十九個商埠。孫士毅到任之後，上疏說：“增加當地運艘，應當取消封印的弊端，制定長久的規矩，使新舊船隻都得到滿足；按季徵收稅銀，應當恢復以前的成例，歲末進行上奏；三十九埠的運商因為欠稅被罷免，中鉛山、南康、上猶、英德四埠應當先行恢復，清查虧欠的稅銀應當先自三十九埠開始。”他的這些建議朝廷同意後實行。
乾隆五十二年（1787年），台灣林爽文發動起義，孫士毅親自到達潮州進行戒備。大軍出發之後，孫士毅遣兵助剿，牛馬飼料、器械孫士毅立馬辦理，清廷加封其太子太保，賜雙眼花翎、一等輕車都尉世職。
用兵安南
乾隆五十三年（1788年），台灣平定之後，孫士毅圖像被掛於紫光閣。適逢安南國王黎維祁被臣子阮惠所逐，他的妻子、母親、王子及宗族二百餘人在大臣阮輝宿、黎炯的保護下，由高平府登舟，逃至廣西太平府龍州斗奧隘對河求救，並冒死涉水登北岸。孫士毅知道之後，督兵前往龍州以防衛鎮南關，乾隆帝嘉獎他知輕重、識大體，命他帶兵自廣西進入安南，並且派遣雲南提督烏大經自蒙自挺進安南。
安南之役阮惠知道後派兵到壽昌江抵禦清軍，又分兵屯駐在嘉觀。孫士毅率領大軍到達之後，擊破了阮惠派遣的軍隊，清軍成功渡過壽昌江，然後進至市球江，阮惠措手不及。孫士毅下令表面上在市球江下游架設浮橋，假裝要渡江的樣子；實則秘密派遣總兵張朝龍自上游渡江，進攻安南軍隊的後方，安南軍隊大亂。孫士毅率軍乘筏渡過大江，安南軍隊慌亂而走。孫士毅率軍進擊，許多安南士兵掉進江里淹死。清軍游擊張純等也擊敗了阮惠在嘉觀的駐軍，副將慶成等設伏擒住了阮惠的部將。清軍再進至富良江，江的南岸就是黎城，阮惠下令將所有的戰艦收集起來停在南岸拒守。孫士毅的士兵用木筏渡江，令提督許世亨率領二百人在夜裡過江，奪取了阮惠的數十艘小舟，清軍輪流渡過了江。到了黎明，有兩千多清軍渡過了江。阮惠的軍隊乘船慌忙逃走，張純率軍追上，焚燒了他的船隻並殲滅了所部安南軍隊，趁機攻入了黎城，阮惠敗走富春。黎維祁到了軍中，孫士毅奉乾隆帝的旨意封其為安南國王。清廷聽聞捷報後封孫士毅為一等謀勇公，賜紅寶石頂。孫士毅請辭，朝廷不許。命孫士毅班師，孫士毅猶豫再三，沒有立即開拔。
乾隆五十四年（1789年），阮惠又率領他的部眾攻打黎城，黎維祁再次帶著家眷逃走了。孫士毅已經率軍北上，渡過了市球江，駐紮在江北。阮惠的軍隊追上之後，清軍總兵李化龍殿後，過浮橋的時候，墮水而死；浮橋被截斷，提督許世亨等都戰死。孫士毅回軍進入鎮南關，黎維祁與他的妻兒到了，將他們安置在南寧。乾隆帝以為孫士毅不遵詔班師，才造成了這次變亂，於是罷免了他的爵位，並撤回了所賜紅寶石頂、雙眼花翎，解除總督任，讓福康安代替他。 適逢阮惠追擊清軍到了富良江，孫士毅想要再次渡江與之決戰，許世亨力諫，說是會有損大國臣子的臉面，讓千總薛忠挽著他的韁繩退軍。於是他上疏自劾，清廷令他仍然駐在鎮南關任事。不久阮惠遣使來朝請求內附，福康安到了之後，與孫士毅嚴斥阮惠使臣。但是孫士毅也認為黎維祁不堪扶植，不如冊封阮惠為安南國王，乾隆帝認為可行。不久召孫士毅回到京師，授他為兵部尚書，充任軍機大臣，入直南書房。同年冬，命他署理四川總督，過了一年，免除了總督之職。不久，兩江總督書麟因為高郵書吏用假印冒收稅銀被治罪，清廷以孫士毅代替他，讓他在江南認真辦差。
遠征後藏
乾隆五十六年（1791年），清廷下詔授孫士毅為吏部尚書、協辦大學士。 廓爾喀侵略西藏，清廷命孫士毅署理四川總督，負責監督大軍的餉銀。孫士毅自打箭爐而出，駐紮在察木多。清軍進入後藏，他又親自到達前藏，監督餉銀的運輸狀況。因為他辦事得力，清廷再次賞賜雙眼花翎。
乾隆五十七年（1792年），廓爾喀平定之後，孫士毅的圖像再次被掛於紫光閣。不久清廷授他為文淵閣大學士，兼禮部尚書。他又與福康安、和琳駐紮在前藏商議善後事宜。福康安率金川土司入覲乾隆帝，命孫士毅再署理四川總督。福康安不久遷移為雲貴總督，和琳代替了福康安。乾隆帝令孫士毅留在四川打理清軍征討廓爾喀之役的軍需奏銷，孫士毅上奏將福康安、和琳留任，乾隆帝不許。
剿亂病死
乾隆六十年（1795年），湖南的苗匪為亂，進入四川秀山境內，孫士毅率兵駐守當地擊賊。嘉慶元年（1796年），湖北的白蓮教匪為亂，進入四川酉陽境內。孫士毅又移軍來鳳剿賊，屢戰屢勝，因功被封三等男。
白蓮教匪被擊敗後駐紮在茶園溪，大雨下了半月有餘，探查之後得知叛匪無備。於是孫士毅在夜裡派兵襲擊叛匪，清軍手持短兵器與叛匪廝殺，清軍千總張超執長矛率先攻克叛匪堡壘，斬殺了叛匪的頭目，追殺了四十餘里。叛匪退據旗鼓寨，孫士毅率軍前去追殺。嘉慶元年（1796年）六月，孫士毅卒于軍中，清廷贈公爵，追諡文靖。
主要成就
孫士毅一生戰績卓著。乾隆五十二年（1787年），孫士毅設防潮州，防阻台灣林爽文起義軍進入廣東。乾隆五十三年（1788年）率軍平定安南阮惠之變，出謀定策，指揮得當。孫士毅統兵出關，一路勢如破竹，各守隘軍隊望風奔遁。後封一等謀勇公，授兵部尚書，立軍機大臣。乾隆五十六年（1791年）攝四川總督，保證了平定西藏廓爾喀之亂的糧餉供應。後又率軍鎮壓苗民起義和白蓮教起義。
軼事典故
獻寶被盜
孫士毅任兩廣總督時，回京述職，遇到和珅勒索而斷然拒絕。總督被稱為“封疆大吏”，掌管省級的行政和軍事。地方上的大臣進京的時候，一般都會攜帶一些珍稀之物，作為貢品進獻給皇上。孫士毅前往金鑾殿面君，在宮門之外偶遇時任吏部尚書的和珅，和珅看到他手中拿著個東西，就向他要來一看，原來是一個用珠子做成的鼻煙壺，大如雀卵，雕刻精巧，晶瑩剔透。和珅一見，便愛不釋手，口中連連稱讚，把玩了一會，就對孫士毅說：“孫大人如果不嫌棄在下的話，能否把這個玩意送給在下呀？”孫士毅見和珅竟然當面索要，不知如何是好，只得如實說道：“此物原為進獻皇上，而且下官已經向皇上奏明了，和大人喜愛，本當贈給和大人，不過下官不好向皇上交代了，望和大人見諒。”和珅沒想到孫士毅竟然拒絕了他，覺得很沒面子，只好掩飾說：“我只不過是一句玩笑罷了。”
過了幾天，和珅突然來到孫士毅那裡說：“巧了，我也弄了個鼻煙壺，但是不知道好不好，你幫我看看。”孫士毅一看，大吃一驚：這正是自己送給皇上的！孫士毅是個細心的人，他悄悄查閱了皇上的賞賜登記簿，近期並無任何賞賜記錄。時間久了，孫士毅懂了，和珅可以隨意出入宮廷任何一個禁區，如同在自家一樣。
秉公執法
乾隆四十八年（1783年），身為廣西巡撫的孫士毅上奏，當年廣西鄉試取得第一名的岑照，是土知州岑宜棟之子，其家庭財產豐厚，一向沒有學識方面的名氣。檢查岑照歲考及錄遺卷，與三場墨卷核對，文理相去懸殊。這次中舉的試卷，斷非本人所作，必有傳遞代倩夾帶等舞弊行為。（“代倩”指代替考試）經檢查岑照平日文理，與闈中試作懸殊，其為舞弊幸中，立即將岑照革去舉人。科場大典，掄取真才，對舞弊行為要徹底根究。在發現兩廣總督富勒渾縱恿其僕人收受賄賂後，身為巡撫的孫士毅毅然進行查處，上報朝廷後，富勒渾因犯罪而被貶謫。乾隆帝因孫士毅持正，即升為兩廣總督。通判葉文麟在通州任知府，巡撫閔公憎恨其剛直，借驛站傳遞的事件，唆使司道彈劾其遲誤公文，把他革職，葉文麟含冤忍耐多年，待孫士毅到任，方投牒申訴。孫士毅不動聲色，立發五百里馬遞，取某年月日驛站號薄，送轅呈驗，遂無俟發訊而葉文麟冤案得到昭雪，得復原官。
歷史評價
總體評價
孫士毅一生戰功卓著，先隨大學士傅忠勇王師征緬甸，後平台灣林爽文反，又討閥安南國阮惠謀反，西藏廓爾喀用兵督糧，打擊黔楚苗叛、湖南白蓮教反等。但孫士毅“能不自恃，貴不自矜”。老成端謹，練達有為。丹赤一心，為國效力。
其他評價
•《清史稿》：士毅入安南，度重險，寀入其庭。是時諸將多驕侈，士毅獨廉，蓋亦有不可沒者。
•《御製平定台灣二十功臣像贊》：兩廣總督一等輕車都尉孫士毅。粵閩接境，唇齒相依。資鄰守己，均合時機。向任部員，曾隨出師。文武幹才，超錫允宜。
•《孫士毅墓志銘》：公之為治，廉敏而仁強；意在合人情，宜民事。凡居處省約，輿從減少。
•乾隆帝：所見正大，深合朕意。
•嘉慶帝：士毅克黎城，皇考命班師。士毅意在貪功，遲延失事，兵潰入關。所奏多有虛飾。朕體皇考遺意，未予追求。今均既病廢，士毅原授伯爵當裁撤，並令均出旗歸原籍。
•袁牧：每日晨起除校簿書、見屬吏外，一切章奏尺牘，親自操觚，灑灑千言，詞藻法書皆可付諸石刻。
家族成員
•孫子：孫均。
史籍記載
《清史稿·卷三百三十·列傳一百十七》
藝術形象
2002年電視劇《夢斷紫禁城》：洪宗義飾孫士毅。
