奧托二世之子。995年親政以前,由他的母親狄奧凡諾 (拜占庭的)和祖母阿德萊德攝政。 奧托三世996年進入義大利,冊立自己的堂兄格里高利五世為教皇,後者成為歷史上第一位德國籍教皇。格里高利五世隨即為奧托三世加冕(5月21日)。
奧托三世醉心於恢復羅馬帝國,長期駐紮在義大利。1001年,奧托三世因羅馬市民發動暴亂才從義大利撤離。他在第二年於義大利去世。
雖然奧托三世曾經質疑過《君士坦丁御賜教產諭》的真實性,但該檔案一度被視為真實檔案。在12世紀的《教會法匯要》中該檔案依然為教宗用來加強其在義大利的政權。