朱元璋為鞏固國家政權以及封建專制統治，分別從政治、法律、人民、官吏管治、文化等幾個方面採取措施進行改革。
國家機構改革
朱元璋認為元朝的制度君主不夠專制，中央不夠集權，結果導致元朝的滅亡，不是理想的制度，必須加以改革。
行政機構改革
洪武九年（1376年）下令廢除元朝創置的號稱“外政府”、事權太重的行中書省，分設承宣布政使司、都指揮使司和提刑按察使司，分管行政（包括財政）、軍事和司法，使地方機構職權專一，既加強了統治效能，又互相制肘，便於朝廷操縱。布政使司之下的地方政府也歸併為府、縣兩級，便於中央控制。在中央行政機構上，朱認為丞相雖對皇帝起著助手作用，但卻限制了皇權的高度集中，於是在洪武十三年（1380年）借胡惟庸案發，下令罷除丞相，撤銷中書省，以六部作為中央最高一級的行政機構，分理全國政務，直接聽命於皇帝。中國歷史上延續一千多年的丞相制度從此廢棄，丞相職權由皇帝兼使。為了了解下情，監督臣民，朱還特設通政使司，直接對皇帝負責，凡四方陳情建言，均實封奏聞。
軍事機構與監察機構改革
朱元璋對中央的軍事和監察機構也進行了相應的改革。洪武十三年，撤銷大都督府，改置前、後、左、中、右五軍都督府，分別統領所屬衛所軍隊，並規定都督府典兵籍，掌軍政，兵部掌軍官銓選和軍令。這樣既可防備權奸擅調兵力，又使軍權進一步集中到皇帝手裡。軍權的集中使政權的集中有了更牢靠的保證。朱元璋還封藩諸子，分鎮全國，封藩內的都司守鎮兵須同時具備御寶文書和親王令旨方可調動，他們起著為皇帝監視地方衛所軍隊的作用。
中央的監察機構御史台於洪武十五年（1382年）改為都察院，並擴大職權，負責糾劾百司，辨明冤枉，提督各道。又設立六科給事中，負責監督六部官吏，並與御史互相糾舉，彼此牽制。這些天子耳目風紀之司實為皇帝的鷹犬。為了加強對臣民的監視控制，朱元璋還於洪武十五年設立了一個直接由皇帝指揮的特務機構錦衣衛，掌侍衛、緝捕、刑獄之事，從事鎮壓“不軌妖言”的勾當。
經過改革和整頓，行政、軍事、監察三大系統的機構互相獨立又彼此鉗制，最後都直接歸屬皇帝指揮，全國的最高決策權力完全集中到皇帝一人手裡。君主專制的中央集權制度發展到了高峰，朱元璋成為中國歷史上權力最大的封建獨裁者。
制定律法
制訂《大明律》。明朝統治者以唐律為楷模製訂了《大明律》。朱元璋還匯集用嚴刑懲處官民犯罪的案例，手訂《大誥》三編和《大誥武臣》，頒行全國。明律將全國的最高立法、行政、司法大權都集中到皇帝一人手裡，使之成為最高的行政長官和審判官，並大大加重了對有直接危害封建國家行為的人的鎮壓，這一措施成為強化君主專制、中央集權的銳利武器。朱元璋還設立廷杖制度，在朝廷上對大臣施行體罰，有的大臣在廷杖之時當即斃命。由朱元璋親自指揮的錦衣衛還可直接參加司法審判，比一般司法機關擁有更大的權力。
加強對人民的統治和鎮壓
元末戰亂，全國的土地和戶口發生很大的變化，明政府展開了大規模的人口清查和土地丈量，編訂黃冊和魚鱗冊，在此基礎上制定了嚴密的戶籍制度，把全國居民劃分為軍戶、民戶、匠戶和灶戶等，不許隨意流動。同時又施行關津制和里甲制，全國各府縣的要害之處遍設巡檢司，負責緝捕盜賊，盤詰奸偽。軍民的行動一概限在百里之內，走出百里外必須事先請領路引，方可通過關津。明政府還多次實行海禁，禁止軍民私下諸蕃互市，甚至禁民入海捕魚。明初刑罰的野蠻殘酷大大超過以往的任何朝代。在笞、杖、徒、流、死（絞、斬）五刑之外，又新創了比流刑更重的充軍刑以及刷洗、秤竿、抽腸、剝皮、閹割、挑膝蓋、錫蛇游等種種新奇的非刑，並把最殘酷的凌遲刑正式列為明律的常用手段。對揭竿而起的農民起義則動用優勢的兵力進行圍剿。
強化對官吏的控制和對部分豪強地主的打擊
對全國的文武官吏，朱元璋用賞賜大量土地財富、給予優厚的爵祿和優免差役、減免刑罰等特權儘量加以籠絡。同時，朱元璋又先後頒布了許多敕令文告和條規章程，防止諸王和各級官吏越禮非分，違法亂紀。明朝官制之嚴緊，等級之森嚴，職權之清楚，律令之詳密，都達到了空前的地步。朱元璋對官吏的控制也大大超過歷代的帝王。但朱元璋仍不放心，還對臣僚大搞特務活動。他指派自己的許多心腹做檢校，並出動錦衣衛的大批人員，有時甚至親自出馬，秘密偵伺臣民的言行舉動。各地的大小衙門和官吏，就連最受朱元璋信任的開國元勛、行為最謹慎的大臣都不能倖免。
鑒於元末吏治腐敗激起農民大規模起義的嚴重教訓，朱元璋決心嚴厲整肅吏治。官吏一旦觸犯律禁立即依法處刑，並在全國範圍內對贓官奸吏進行了幾次大規模的清洗，如洪武九年（1376年）的空印案和十八年（1385年）的郭桓案，即逮捕處死七八萬人。在嚴懲貪官酷吏的同時，朱元璋也大力表彰清官循吏，獎懲並用，收到了獎廉懲奸的效果。
戰功顯赫的武將和老謀深算的文臣功高震主，威脅皇權。朱元璋為了使朱家子孫穩坐江山，決計翦除元勛宿將。洪武十三年殺胡惟庸，把與胡惟庸有親戚、同鄉、故舊或其他關係的臣屬加以連坐族誅，殺了五萬多人，摧毀了淮西集團的主要力量。洪武二十六年（1393年）又以謀反的罪名族誅藍玉，並連坐族誅一萬五千多人。兩案之外，其他開國功臣，包括朱元璋自己的義子親侄朱文正、義子親甥朱文忠等也分別被以各種罪名加以誅戮，只有少數人僥倖地逃脫了被殺的厄運。
文化專制
此外，朱元璋還大搞文化專制，藉助國家政權加強對思想領域的統治。為了控制思想輿論，朱元璋一方面用功名利祿引誘人們死讀經書，另一方面又用嚴酷的文忌文網和屠刀刑獄來對付異端思想，迫害不肯就範的士子。這種文化專制禁錮思想，扼殺人們的聰明才智，導致了科學文化的衰落。
意義與影響
朱元璋立國後的種種做法可謂威猛治國，穩定了政治局勢，調整了生產關係，人民負擔減輕，社會生產得以恢復和發展,促成了“洪武之治”的實現。但其全面地加強政權、族權、夫權和神權統治的做法，使封建專制主義更為強化，對中國人民的束縛比前更緊。在朱元璋治國的基礎上，明朝政權延續了近二百八十年之久，成為中國歷史上僅次於唐朝的第二個統治年代最長的封建王朝。
