沿革
1913年，台灣當時為日治時代中期，教廷將台灣從廈門代牧區獨立出來，成立獨立管區台灣監牧區。1949年12月31日，教廷將台灣的天主教會劃為台北監牧區、高雄監牧區兩大管區，台灣東部分屬兩個監牧區管轄。1952年8月7日，台灣的聖統制度正式建立，教廷再將西部平原地帶的雲林縣、嘉義縣（市）、台南市、台南縣、澎湖縣等6個縣市獨立出來，設定嘉義監牧區，由陽穀教區主教牛會卿擔任監牧。1961年3月21日，教廷再將台南市、台南縣、澎湖縣劃出，成立台南教區，羅光神父擔任教區首任主教。1970年，教廷又將澎湖縣劃出台南教區，獨立設定澎湖宗座署理區，為教廷直屬的教會管區，惟目前澎湖縣已回歸台南教區管轄。
堂區
台南教區共管轄47個堂區（Parish）、13個兼管區（非獨立堂區），整個教區另劃分為五個總鐸區（deanery），每個總鐸區由區內各堂區的主任司鐸（Pastor）之中選出一位總鐸（Dean），以利於教務管理，並作為各堂區與教區之間的連繫橋樑。
