儀器結構
基質輔助雷射解析電離飛行時間質譜(MALDI-TOF-MS)是近年來發展起來的一種新型的軟電離生物質譜，其無論是在理論上還是在設計上都是十分簡單和高效的。儀器主要由兩部分組成：基質附助雷射解吸電離離子源（MALDI）和飛行時間質量分析器（TOF）。MALDI的原理是用雷射照射樣品與基質形成的共結晶薄膜，基質從雷射中吸收能量傳遞給生物分子，而電離過程中將質子轉移到生物分子或從生物分子得到質子，而使生物分子電離的過程。因此它是一種軟電離技術，適用於混合物及生物大分子的測定。TOF的原理是離子在電場作用下加速飛過飛行管道，根據到達檢測器的飛行時間不同而被檢測即測定離子的質荷比（M/Z）與離子的飛行時間成正比 ，檢測離子。
作用
MALDI-TOF-MS具有靈敏度高、準確度高及解析度高等特點，為生命科學等領域提供了一種強有力的分析測試手段，並正扮演著越來越重要的作用。
未來預測
有人這樣預測:“這個世紀將是TOF和FT的世紀！”
分子量是有機化合物最基本的理化性質參數。分子量正確與否往往代表著所測定的有機化合物及生物大分子的結構正確與否。MALDI-TOF是一種軟電離技術，不產生或產生較少的碎片離子。它可直接套用於混合物的分析，也可用來檢測樣品中是否含有雜質及雜質的分子量。分子量也是生物大分子如多肽、蛋白質等鑑定中首要的參數，也是基因工程產品報批的重要數據之一。MALDI-TOF的準確度高達0.1%~0.01%，遠遠高於目前常規套用的SDS電泳與高效凝膠色譜技術，目前可測定生物大分子的分子量高達600KDa。
