創辦
國立中正醫學院由生理學家林可勝博士首先提出創建。當時中國最頂尖的醫學教育如北京協和、湖南湘雅、四川華西等幾乎都是外國人創建,林可勝希望中國能獨立創建一所頂尖的醫學院。同時林可勝倡議“公醫制度”,認為國家應免費為國民提供衛生醫療的服務,這也需要一所國立醫學院。江西省政府主席熊式輝贊成林可勝的主張,故選擇南昌作為校址,並堅持校名需冠以“中正”二字,國立中正醫學院遂於1937年在南昌創建。第一班班錄取正取生100名,備取生30名,實際報到108名,1937年9月在南昌正式上課。國立中正醫學院院長是原湘雅醫學院院長王子玕,教務長由生化教授唐寧康擔任,秘書長由英語教授汪西林擔任。
創辦後設有6個系科:(1)解剖;(2)生理及藥理;(3)病理(包括法醫);(4)內科(包括放射學);(5)外科(包括婦產科);(6)公共衛生。
南遷江西永新
中正醫學院甫一成立,抗日戰爭即已全面爆發。南昌頻遭日軍空襲。1937年12月著手遷移,選址贛西永新縣(王子玕的家鄉)。永新教室完工前,學生暫借用吉安白鷺洲中學上課。1938年初學院遷往永新。
西遷雲南昆明
1938年秋間,戰事失利,同年11月4日,教育部下令該學院遷設昆明。11月6日,首批人員出發,同年12月,全部人員抵達昆明。此時,教育部統一招生分發本學院新生71名。1939年1月,購買昆明城郊白龍潭地基,興工建築臨時院舍。同月,奉教育部招考平津滬學生,取錄23名。同月19日借昆明青年會為教室,又開始上課。1939年3月,建成昆明白龍潭臨時院舍,同月即遷入新院舍。1939年5月,聯絡國立同濟大學醫學院、國立上海醫學院、國立雲南大學醫學院及雲南省立醫院商討滇南醫學教育、衛生機關合作辦法。1939年8月,該院取消秘書處,改設教務、訓導、總務3處,教務處主任由王子玕兼任,唐寧康為訓導處主任,陳充恩為總務處主任。1939年9月10日,雲南大學醫學院教職員代表來院商討醫學教育合作辦法。同月25日舉行學期考試。同月,與上海醫學院聯合,在昆明市設市門診處。1939年10月,教育部統一招生委員會分撥該院新生62名。1940年2月,劉南山任教務主任,同年8月,趙以炳為教務主任。
東遷貴州鎮寧
1940年8月,日本帝國主義的魔爪有伸向昆明的趨勢,同月24日,教育部電令該院遷移黔西一帶地區,在差不多同時,教育部下令該院學生享受公醫生待遇。1940年9月,該院遷設貴州鎮寧縣城,修理鎮寧縣城東嶽廟,租賃民房為臨時院舍。因城鎮較小,醫院實習發生困難,該院將四年級學生送去貴陽國立湘雅醫學院暫時借讀。1940年10月,教育部統一招生,分發本學院新生60名。回遷永新
1941年初決定回遷江西永新。1941年暑假,學院開始搬遷。院部設在永新舊址,以泰和的省立醫院作為實習基地。南遷南康及福建長汀縣
1944年7月,長沙失守,學院奉教育部令遷往南康縣,高年級學生住縣城,低年級學生住唐江鎮。1945年1月又遷往福建長汀縣。
回遷南昌
1945年抗日戰爭勝利。1946年1月始將四、五年級學生遷回南昌市原校址。同年7月11日,全部師生遷回南昌。
新中國成立後
1949年5月,國立中正醫學院由南昌市軍管會文教接管部接管,8月1日,改名為南昌醫學院。10月1日,南昌醫學院與四野醫科學校合併為華中軍區醫學院。1950年10月改稱中南軍區醫學院。1951年12月15日改稱第四軍醫學院。1952年11月改稱第六軍醫大學。1954年第六軍醫大學遷往重慶併入第七軍醫大學,1975年改稱第三軍醫大學。