S級大學
日本大學的第一集團
日本各大學所加入的大學聯盟，也類似中國的C9聯盟，能反應出日本哪些大學處於一流的第一集團。
（1）環太平洋大學聯盟
環太平洋大學聯盟（Association of Pacific Rim Universities），簡稱APRU，是環太平洋地區各國著名大學的聯合學術組織。聯盟目前共有37所會員學校。其中，中國大陸共有6所會員大學（北京大學、清華大學、復旦大學、南京大學、中國科學技術大學和浙江大學）。
日本的6所會員大學則為：
東京大學
京都大學
慶應義塾大學
大坂大學
東北大學
早稻田大學
（2）G30大學
日本G30是指日本文部科學省於2009年開展了名為Global 30（留學生30萬人計畫，簡稱G30）的英文授課項目，共有13所一流大學參與其中。
東京大學，京都大學，早稻田大學，慶應義塾大學，大坂大學，九州大學，名古屋大學，東北大學，筑波大學，上智大學，明治大學，立命館大學，同志社大學
（3）日本“超級國際化大學”計畫
2014年，37所高校被日本文部科技省選定為以世界頂級教育，研究為目標的“超級國際化大學”。文部科學省把超級國際化大學分為兩類：第一類大學以進入世界排名前100位，成為具有國際領先的教育、研究水平的大學為目標。第二類大學為願意引進和實施新的教育體制，以促進日本國內社會的國際化為目標。
第一類大學（A類，頂尖型，共13所）：
東京大學
京都大學
慶應義塾大學
東京工業大學
早稻田大學
大坂大學
東北大學
名古屋大學
九州大學
筑波大學
北海道大學
廣島大學
東京醫科齒科大學
第二類大學（B類，國際化牽引型，共24所）：
千葉大學 東京外國語大學 東京藝術大學 長岡技術科學大學金澤大學豐橋技術科學大學
京都工藝纖維大學奈良先端科學技術大學院大學岡山大學熊本大學國際教養大學會津大學
國際基督教大學芝浦工業大學上智大學東洋大學法政大學明治大學立教大學創價大學
國際大學立命館大學關西學院大學 立命館亞洲太平洋大學
(4)RU11
RU11，全稱學術研究懇談會，是日本的一個頂尖大學間設立的學會，由11所專注於科學研究和培養高水平人才，並正在世界參與激烈學術競爭的日本頂尖國立、私立研究型大學組成。
2009年（平成21年），該學會由東京大學、京都大學、早稻田大學、慶應義塾大學、大坂大學、東北大學、名古屋大學、北海道大學、九州大學共同創立。2010年（平成22年），筑波大學和東京工業大學也先後加入了該學會，形成了由這11所日本頂尖高校組成的學會 。
11所頂尖日本大學