國民革命軍北伐時期
該軍編成後，隸屬左翼軍繼續北伐。9月中旬，該軍策應北伐軍中路攻擊武漢，先後攻占公安、黃金口和陡湖堤等。此時川軍楊森與直系盧金山組成川鄂聯軍，企圖反攻鄂西。在國民革命軍第十軍和國民革命軍第八軍配合下，第九軍擊敗川鄂聯軍，並攻占宜昌。
1927年2月5日，唐生智以“蹂躪江西，與吳、孫勾結”罪名扣押彭漢章。第一師被改編為獨立十五師；第二師被編為國民革命軍第十一軍第二十六師；第三師被國民革命軍第二十五軍收編。8月13日，唐生智槍殺彭漢章，第九軍番號撤銷。
1926年秋天，滇軍金漢鼎經朱培德同意，在江西贛州編成獨立第十六師。1927年5月初，獨立第十六師擴編為第九軍，金漢鼎任軍長，下轄第二十八師，師長韋杵；第二十九師，師長周志群。是時，武漢國民政府北伐，第九軍留守江西九江。8月1日，中國共產黨南昌暴動後，該軍將原滇軍楊如軒部編成第二十七師，隸屬該軍鎮壓中共部隊。
1927年9月，寧漢合流，金漢鼎第九軍改為第31軍；南京國民政府將第一軍第三師、第十四師、第二十一師合編為第九軍，顧祝同任軍長，衛立煌任副軍長。下轄第三師，師長顧祝同兼；第十四師，師長衛立煌兼；第二十一師，師長陳繼承。12月，該軍編成後，參加第二次北伐，在安徽三界打敗孫傳芳部守軍，占領鳳陽後，先後攻克徐州、台兒莊、濟南等。
1928年7月25日，該軍第三師、第十四師與國民革命軍第十七軍第二師縮編為國民革命軍第二師。顧祝同任師長，下轄第四旅、第五旅、第六旅；第二十一師與國民革命軍第三十二軍縮編為國民革命軍第三師。
第一次國共內戰時期
1929年4月，蔣桂戰爭爆發後，蔣為討伐桂系，以第四十七師、第五十四師與新編第四師合編組成第九軍，隸屬討逆軍第三軍團，何成濬任軍長，下轄第四十七師，師長王金鈺；第五十四師，師長郝夢齡；新編第四師，師長劉桂堂。12月，何成濬升任武漢行營主任，由王金鈺任軍長。
1930年5月，參加中原大戰。在此次大戰中，新編第四師棄陣由河南逃回山東。7月，上官雲相調任軍事參議，王金鈺回任軍長。
1931年，上官雲相任第五路軍總指揮，該軍隸屬第五路軍，參與第2、第3次圍剿中央蘇區。
1932年，王金鈺被免職，由郝夢齡接任軍長。下轄第四十七師，師長上官雲相；第五十四師，師長郝夢齡兼。同年8月至1934年11月，該軍先後參加對鄂豫皖蘇區和第4、第5次圍剿中央蘇區和三個月清剿等。
1935年初，該軍第47師調歸豫皖綏靖公署，參與對鄂豫皖地區紅軍游擊隊之清剿。軍部率第五十四師追剿長征紅軍。5月，紅一方面軍長征離開貴州後，駐守貴州之第九十九師奉命列入該軍序列，第四十七師脫離第九軍。此時，該軍轄第五十四師，師長郝夢齡兼；第九十九師，師長傅鍾芳。
中國抗日戰爭時期
1937年7月，在中國抗日戰爭中，該軍第九十九師留守後方，軍部率第五十四師北上抗日。10月初，該軍抵達太原後，隸屬傅作義國民革命軍第七集團軍，參加忻口戰役。10月16日，郝夢齡在率部抗擊日軍時陣亡。11月初，由郭寄嶠繼任軍長、裴昌會任副軍長，下轄第五十四師，師長孔繁瀛；第九十九師，師長傅鍾芳。山西淪陷後，該軍轉至黃河南北兩岸作戰。
1938年6月，國民政府軍事委員會決定以第九十九師為骨幹擴編為國民革命軍第九十九軍，第四十七師重歸第九軍。
1939年，參加冬季攻勢。
1940年6月，該軍隸屬第二戰區。郭寄嶠升任第三戰區參謀長，由裴昌會任軍長，陳瑞珂任副軍長，下轄第47師，師長郭貽衍；第五十四師，師長王晉；同時國民革命軍第九十七軍殘部編為新編第二十四師撥歸該軍，張東凱任師長。
1941年5月，該軍改隸第一戰區，參加晉南會戰。
1942年3月，裴昌會升任國民革命軍第十四集團軍副總司令，由陳瑞珂任軍長，張東凱、郭貽衍任副軍長。同年下旬，第四十七師撥歸第一戰區直轄，另將戰區直轄之獨立第五旅調歸該軍。
1943年8月，陳瑞珂因違犯軍紀被革職，由王晉暫代軍長。10月，由國民革命軍第三十七集團軍副總司令韓錫侯兼任軍長，黃永安任副軍長，隸屬國民政府軍事委員會，下轄第五十四師，師長王晉（後史松泉）；新編第二十四師，師長宋子英；獨立第五旅，旅長馬雄飛。
1944年4月，參加豫中會戰。6月，韓錫侯免去兼職，由陳金誠接任軍長，黃永安、張東凱任副軍長。不久移防貴州，改隸黔湘桂邊區。
1945年4月，該軍被裁減，原轄第五十四師改隸國民革命軍第十三軍，新編第二十四師被裁減。第九軍番號第四次被撤銷。
第二次國共內戰時期
再次組建第九軍，前身是建國豫軍樊鍾秀部。1930年5月，建國豫軍樊鍾秀部在中原大戰中被蔣系軍隊擊敗，樊鍾秀陣亡後殘部投蔣，一部被改編為國民革命軍新編第五軍。1931年，該軍縮編為新編第二十師，不久後改為第一六六師。1937年7月，該師編入國民革命軍第八軍。1947年8月，國民政府為加強膠濟鐵路中段守備力量，將第八軍第一六六師與新編第三師在山東合編為第九軍，軍長黃淑，下轄第三師，師長周藩；第一六六師，師長黃淑兼。該軍編成後，即守備膠濟鐵路中段。
1948年4月，由整編第八軍的第三師，師長周藩；第一六六師，師長蕭超伍；253師，師長王青雲。整編為國民革命軍第九軍，軍長黃淑，開往秦皇島、葫蘆島；7月底，該軍南調，守備津浦鐵路中段，隸屬第十三兵團。軍長黃淑，副軍長李藎宣、蕭超伍，參謀長顧隆筠。11月初，該軍參加淮海戰役。
1949年1月，在陳官莊覆沒。
