定位
該重點實驗室以滿足國家飲用水水源地管理需求為導向，以解決南方高強度開發地區飲用水水源地保護關鍵問題為目標，針對飲用水水源地污染防控技術、水質改善技術、水質監控預警與數值模擬技術等方面存在的重大科學問題開展基礎性、前瞻性研究和套用性技術研發，探索符合我國國情的飲用水水源地安全評價體系和管理體系，建成我國飲用水水源地現場科學實驗研究基地和技術研發中心，為國家飲用水水源地保護管理及綜合決策提供有力的科學依據和技術支撐。研究方向
根據我國飲用水水源地存在的問題與管理決策需要，結合本領域的新興前沿研究方向和科技發展趨勢，國家環境保護飲用水水源地管理技術重點實驗室設以下五個研究方向：（1）飲用水水源地水質監控技術與數值模擬系統研究：主要開展污染物識別與監測技術、污染物毒性評估、水質數值模擬技術及系統研究。
（2）飲用水水源地污染防控與水質改善技術研究：主要開展非點源模擬、水污染防治及水質改善與生態修復技術研究。
（3）飲用水水源地污染事故預警與應急體系研究：主要開展水污染事故預警應急技術研究。
（4）飲用水水源地安全評價體系研究：主要開展安全評價指標體系、評價標準體系和評價方法研究。
（5）飲用水水源地管理體系研究：主要開展保護區劃分與規劃的技術與方法、水質基準體系及水質標準、政策法規研究。
