機構設定
委員會下設辦公室和三峽工程移民開發局。1996年11月，國務院三峽工程建設委員會監察局正式成立。2002年1月，原三峽建委辦公室、移民開發局和監察局合併，重新組建國務院三峽工程建設委員會辦公室(國務院三峽工程建設委員會三峽工程稽察辦公室)，為國務院三峽工程建設委員會的辦事機構，具體負責三峽建委的日常工作。
工作職責
(一) 組織提出三峽工程（樞紐工程、輸變電工程、移民工作）的有關政策建議，起草有關法規草案，就三峽工程重大問題與有關省、直轄市和中央有關部門進行協調；研究制定三峽工程移民工作管理辦法；負責三峽建委全體會議以及辦公會議的準備工作，督促、檢查會議決定事項的落實。
(二) 控制三峽工程投資總量，監督三峽工程靜態投資計畫執行情況；提出三峽工程年度投資規模，協調落實資金籌措，負責計畫、資金和工程進度的相互協調、綜合平衡，審查年度投資價格指數和價差；安排移民搬遷年度大類計畫；審核需報三峽建委審批的預備費項目和投資結餘使用項目計畫；申報、審核由於政策調整增加的工程投資。
(三) 管理三峽庫區移民搬遷安置工作，監督移民搬遷安置規劃的實施；協調並推動三峽工程移民外遷、對口支援、經濟技術協作、生態建設、泥沙研究等方面工作；負責三峽樞紐工程概算中安排的壩區以外生態建設、環境保護科技攻關工作；管理三峽工程移民科研、移民工程建設及監理、三峽工程淹沒區及遷建區文物保護以及移民概算資金中安排的環境保護和地質災害治理工作；組織、指導三峽工程移民培訓工作。
(四) 組織協調三峽工程中重大方案性問題、爭議較大的技術問題以及國際招標中重大方針政策問題；審查初步設計的重大變更；研究提出三峽工程重大裝備的技術裝備政策，協調三峽工程重大裝備的技術攻關和自主化（國產化）工作。
(五) 研究協調三峽樞紐工程運行管理體制和三峽工程綜合調度方案的有關工作；研究三峽水庫管理的有關制度，協調三峽工程建設期三峽水庫的管理工作；提出三峽水庫水、土（含消落區）、岸線資源管理和移民後期扶持的政策建議。
(六) 負責三峽工程（樞紐工程、輸變電工程和移民工程）稽察工作；組織三峽工程驗收工作；組織協調湖北省、重慶市以及安置外遷移民的省、直轄市紀檢監察部門對移民資金進行監督檢查；負責機關及相關單位黨風廉政建設工作。
(七) 負責組織三峽工程重大信息的收集、整理和發布，提出三峽工程對內對外宣傳口徑，組織協調有關重大宣傳活動。
(八) 組織協調三峽工程與外國政府機構、組織間的合作與交流，管理機關及相關單位外事工作。
(九) 承辦國務院和三峽建委交辦的其他事項。
