吳秉元於1961年中央人民公安學院畢業後留校工作,1953年開始從事幹部哲學教學工作。
1954年3月調馬列主義學院(後改稱中共中央黨校)哲學教研室工作(曾在本校理論班進修3年),先後任助教、秘書、副教授、副主任等職。
1982—1983年在中國社會科學院哲學研究所副研究員。1983年底以來,一直在鐵道部黨校任教授、哲學教研室主任、校學術委員會副主任等,併兼任中國管理科學研究院教授、領導科學所副所長,中國歷史唯物主義學會常務理事,中國企業文化研究會理事,中國鐵路系統哲學學會會長、名譽會長等職。40多年來在幹部哲學教學和研究中積累了豐富的經驗,對於幫助中高級幹部樹立科學的世界觀,提高思想政治理論水平和工作能力方面作出了貢獻。他主編的幹部培訓教材《哲學與社會主義現代化建設》,曾被鐵道部評為一等獎。他主編出版的著作有《思想方法與工作方法》等十餘部,發表論文120餘篇。他曾多次被評為優秀教師、先進工作者。