1919年2月，學校設附屬同德醫院於青島路，供學生臨床實習，推張近樞為醫院院長。同年學校建立解剖、化學、病理等實驗室，添置各項教學設施。
1920年2月，德醫學會決定，學校獨立，由江逢治、沈雲扉、張近樞、黃鐘等組成學校委員會，主持校務。江逢治聘請社會名流康有為、錢新之、陳光甫、周宗良、江上峰、黃季植、袁履登、袁觀瀾組成董事會，康有為為主席董事，呈北洋政府教育部備案。
1924年秋，學校委員會因校長人選問題，意見不一，發生矛盾，經董事會調停，改推黃鐘為校長，黃鐘聘周宗琦為教務長，龐京周為事務長，鄭邦彥為附屬醫院院長。因原址被江逢治改稱“崇德醫學專門學校”，乃另租麥根路33號為校舍。不久，崇德醫專宣告結束，校政重行統一。
1925年秋，黃鐘辭職，由龐京周負責。龐重組董事會，聘中法藥房經理黃楚九為主席董事，董事會推龐京周為校長兼附屬醫院院長，曾立群為教務長，朱仰高主持醫院業務。經不足，乃向黃楚九商借同孚路（今石龍一路）67弄1號房屋一幢作為校址，並自行籌款在其空地上添造教室及病房，1927年6月新屋落成正式啟用。
1930年，教育部頒布新制，同德醫學專門學校申報改為醫學院，但因校舍不符合規定要求而未能獲準。龐京周無奈於1932年辭職，時值“一二?八”事變，無法召開董事會，乃由教務長曾立群召集教師商議，成立由吳憶初、沈謙、金問淇、尤彭熙、顧毓琦、曾立群6人組成臨時校務委員會，推顧毓琦為主任委員暫維校務。
顧毓琦聘請邵力子、李大超、潘公展、吳敬恆、顏福慶、虞洽唧、毛和源、王心如、陳星五、余雲岫、周邦俊、程慕頤、李元善、范守淵、龐京周暨院務委員共22人組成新校董會，推邵力子為主席董事，顧毓琦為院長。1934年成立同德醫學院新校舍募建委員會，校董、教職工、校友、學生家長紛紛捐資相助，並向銀行借貸一部分，購得江灣翔殷路五畝土地建造新校舍。於1935年夏竣工，是年9月經批准立案，正式改為私立上海同德醫學院，學制為六年。新學年開始，一、二、三年級學生遷入新址上課，四、五年級仍在同孚路附屬醫院。
1937年“八?一三”戰事起，同德師生辛苦建設起來的校園除教學樓外，在日軍炮火下蕩然無存，勉強擠在同孚路附屬醫院，另租附近樂群中學四間教室上課。1937年11月，國軍西撤，同濟大學、上海醫學院（今上海醫科大學）奉命內遷，但兩校教授學生因往內地交通阻塞而留滬者仍不少，重慶教育部囑令學生到同德借讀，以完成學業。當時上醫留滬教授周誠滸、樂文照、粟宗華、高日枚、張鋆、李亮、鄒仲等也到同德兼課。1941年底日軍進入市區，上海與內地交通隔絕，滬上高中畢業生到同德報考者甚多，學校盡力擴增新生名額，當年在校學生為551人。
1945年抗戰勝利後，教育部派員來滬辦青年輔導班，即指令借同德翔殷路校址。青輔班結束，該部又令同濟大學借用，同德因此而未收回江灣院址進行重建。
戰後，改組董事會，仍推邵力子為主席董事出有因。同德醫學院得到了善後救濟總署分配的美制100張病床的野戰醫院全套設備以及撥款擴建病房，添置20架顯微鏡。
1949年解放後，華東軍政委員會教育部頒布《華東區私立高等學校董事會組織暫行綱要》，顧毓琦與學校工會、校友會協商，推薦新的董事會人選，報華東教育部審核。新董事會成員有邵力子、榮毅仁、吳蘊初、朱恆壁、余氵賀 、陳邦典、陳王善繼、蘇復、鄭定竹、錢士良、陳建晨、王世偉、馬永江、林有泉、高日枚、蘇祖雯、黃鐘強、楊保俶、李元善、龐京周、沈謙、吳憶初、曾立群、顧毓琦等24人組成，仍推邵力子為主席校董。
1951年1月，邵力子到上海，召開院董事會議。根據華東教育部的指示，仍由顧毓琦任院長，並改組行政機構，設教務處、總務處、取消訓育處、進行人事調整，由楊保俶任教務主任，童致棱為副主任，謝大任為總務主任。華東教育部還撥款給同德醫學院，用以購置教學設備、藥品、器材和圖書，以改善教學條件。
同德的專業課程設定。在1918年—1935年的17年間是一個醫療專業的專科學校，學制五年。和德國人早年所創辦的同濟醫科相似，前期二年，設解剖、組胚、生理、物理、化學、生物及外國語（德語及拉丁文）等基礎科目；後期三年包括臨床實習在內，科目有病理、細菌、寄生蟲、診斷、放射、衛生、藥理、處方學以及內科、外科、兒科、婦產科、皮膚性病、精神神經、眼、耳鼻喉等科。第五年除聽力外在附屬醫院實習。五年期滿考試及格者予以畢業。
1930年，同德醫專受江蘇高等法院之委託，特設法醫專修班，定名為“同德醫學專門學校附設法醫講習所”，學習期限為一年，辦了一期結束。
後階段的同德醫學院，即1935年—1952年的17年間，學制改為六年，在科目上前期添了高等數學、普通化學、生物學和國文，後期增設實驗診斷、物理診斷、泌尿科、骨科及整形外科。
同德醫學院附屬醫院病床不到100張，只能供部分學生分批見習。臨床實習基本由學生自找醫院，大部分到市立醫院和有一定基礎的私立醫院實習，也有一些學生去南京中央醫院、鼓樓醫院、蕪湖弋磯山醫院實習。實習一年結束考試及格者準予畢業，並授予醫學學士學位。
1952年原系調整是，同德醫學院有教職工58人（其中教學人員38人，職工8人，工友12人）、學生429人，師生一起合併到上海第二醫學院。附屬同德醫院仍維持私立性質，仍由顧毓琦任院長。1955年該院與浙紹醫院、尚賢堂婦孺醫院合併成立上海北站醫院，顧毓琦任北站醫院院長。
同德建校後就成立學生會，參加了“五四”學生運動。1925年“五?卅”運動，共產黨人惲代英曾兩次借同德開會發動工人罷工、學生罷課，抗議日本帝國主義的暴行。1940年學校開始有了中共地下黨員，他們在學生中廣交朋友，培養積極分子，發展進步力量。1944年成立學生自治會，學生會成為黨領導的全校性公開合法組織，為開展學生運動創造了條件。1945年初建立黨支部，同年夏建立學生自製會黨團，進一步加強黨對學生運動的領導。同德學生參加了全市性一系列愛國民主運動，經受了鍛鍊和考驗，不少學生如王希孟、吳滌蒼等解放後成為上海市衛生局的黨政領導。
同德醫學院是一所國人自辦的私立學校，在坎坷中發展，34年總共培養畢業生1055人，對我國醫療衛生事業的進步與發展做出了貢獻。
