地理位置
位於青函隧道北段上，原本是作為意外時緊急疏散用途的吉岡海底全站皆位於海床底下的地底深處，海拔負149.5米的標高使它成為全日本位置最低的鐵路車站。
吉岡海底站行政上位於日本北海道渡島支廳松前郡福島町境內的吉岡海底站，與鄰近另一個海底車站龍飛海底車站。（竜飛海底駅，位於青函隧道南端、青森縣境內）
主要作用
臨時車站
為了作為隧道建設與營運時，容納各式所需的機械設備，與在緊急事件發生時可以臨時疏散乘車旅客的臨時用車站。
展覽用途
吉岡海底站內設有海底隧道建設的相關導覽和哆啦A夢廣場，而龍飛海底車站則被改為海底隧道博物館使用。每年夏季還設有特別的觀光導覽行程，旅客只需購買已包含車票與入場券價格在內的套票（稱為“海底車站見學整理券”），就可以搭乘列車至這兩個海底車站參觀。
然而，伴隨北海道新幹線開工，需要利用海底車站的空間作為建設材料的儲放空間，因此在2006年3月18日公布的列車班次表修正中，中止了所有定期列車的停站，只留特定的活動用臨時列車停靠（營運期間為同年的7月15日至8月27日）。
而在2006年8月27日最後一班臨時特急哆啦A夢海底列車駛離吉岡海底站後，吉岡海底站的參觀行程也劃下了句號。
至於對岸的龍飛海底車站，則繼續保留作為博物館使用。
大事記
1988年3月13日 - 海峽線通車，吉岡海底站也同時啟用。
2006年3月18日 - 由於北海道新幹線的修築，所有定期列車皆不再停靠此站，只有指定列車才會停站。
2006年8月27日 - 臨時特急哆啦A夢海底列車停止運行，不再有列車停靠吉岡海底。
經過列車
白鳥 / 超級白鳥
哆啦A夢海底列車（ドラえもん海底列車）
臥鋪急行濱梨（はまなす）
臥鋪特急仙后座（カシオペア）
臥鋪特急黎明特快（トワイライトエクスプレス）
臥鋪特急北斗星
臥鋪特急榆（エルム）
