背景設定
《合金彈頭6》是《合金彈頭》系列10周年紀念作品，是SNK PLAYMORE公司於2006年2月推出。本作在保留了系列的4位熟悉的角色Marco、Tarma、Fio、Eri外，額外增加了早期SNK經典遊戲《怒》系列的人氣主人公拉爾夫和克拉克。本作的故事劇情是銜接在《合金彈頭 3》之後，因此可以說是《合金彈頭3》的續作。文字和前幾作不同的是本作中每一名角色都加入了各自的能力設定，所以可以根據每一名角色的能力來選擇角色。
角色設定
Marco
初期裝備，手槍的攻擊力是其他人的2倍，EASY模式的H的攻擊力也有加成，是一個容易上手的新手向角色。
Tarma
乘坐超兵器後機關槍和加農炮的攻擊力為1.5倍。並且超兵器的耐久度和加農炮的補給數增加到2倍。還可以進行超兵器的自動連射以及方向固定(Vulcan Fix)，在有超兵器的地方尤其是最終BOSS戰是最有優勢的角色。
Eri
初期手榴彈所持數以及手榴彈補給數2倍，投手榴彈時可以用方向鍵來調整投手榴彈的方向。由於合金6並未減少手雷的補給，所以eri是最暴力的人物，速通以及破台的不二之選，亦是強力人物的最佳代表。
Fio
初登場以及死命後除了手槍外還有一個H（EASY模式下FIO初始武器則是大H）同時子彈補給數為1.5倍。
Ralf
格鬥攻擊速度快，移動速度較慢，可以抵擋一次敵人的攻擊（但在此後移動速度更慢）。對任何敵役都可以進行格鬥近身攻擊，並且可以釋放必殺技機炮拳。但與其他人物不同，其他角色再有優勢的同時沒有劣勢，而RALF卻擁有致命的劣勢，所有武器的彈藥數都只有正常的1/2，撿到的BOMB增加量也只有正常的1/2，這在彈藥補給量大幅減少的6來說是致命的，因而上手度最差，通關壓力最大，是一個極度不適合新手玩的角色。
Clark
用其擅長的投技SAB(KOF中的指令投)可以將一部分敵人一擊必殺（包括紅色的金星人，但無分）。並且連續成功SAB後會有額外的獎勵分。在SAB後有一段無敵時間，利用好一擊必殺以及無敵的特性可以輕鬆應對後期關卡的任何亂點場景。是最強的貪分角色，並與TARMA類似，是限定場合下的最強角色。
物品道具
武器攻擊力/描述，以Hard難度為基準，Easy難度彈藥量加倍。下面依次為名稱、載彈量、攻擊力/分數、描述。
手槍：Handgun：無限發，1/100分、最原始的武器，撈分最好。胖子狀態體積變大。
小刀/軍斧/T型棍：Knife/Tonfar：無限發，只對非機械單位有效，3/500分、比手槍更好的撈分武器。
手榴彈：Grenade：初始值10發，10/100分，煙霧2次/0.1/100分每次，且只對非機械單位有效。
燃燒瓶：Firebomb：+10手雷數，約2-4/200分(延燒)，約5-8/100分(直接爆炸)、威力不好算，特點是對付大範圍敵人有效。當它直接砸在坦克等物上直接爆炸也有類似煙霧的擴散傷害。
C槍：Enemy-chaser：10發，3/100分，煙霧1次/1/100分且只對非機械單位有效，分數100分。自動跟蹤飛彈，能自動追尋目標攻擊，但是有時候不大聽話。
D槍：Dropshot：10發，3/100分、煙霧0.1/100分，彈球彈，在某些特殊地形有效，也能熏分。
F槍：Flameshot：10發，傷害最大可達到25，分數可達1000，在火焰放出1秒後不再加分，但仍可造成傷害。大F攻擊範圍增大，攻擊力增加。
G槍：Super-Grenade：10發，10/100分、煙霧5/100分且只對非機械單位有效。威力強大的榴彈炮，射速很快。
H槍：Heavy Machinegun：100發，1/100分、最常見的武器了，和手槍一起成為撈分工具，特點是能全螢幕幕掃射。大H子彈體積增大，攻擊力增加。
I槍：Iron Lizards：10發，3/100分、煙霧三次/1/100分且只 對非機械單位有效，前兩次煙霧範圍小，第三次煙霧範圍大。直接翻譯是鋼鐵蜥蜴，能沿著地表前沖攻擊敵人，對空不是很好。
L槍：Lasergun：100發，一次4發，每4發500傷害1000分，利用點射能賺取更多的分數。L槍的威力不可小視。大L子彈體積增大，攻擊力增加。在6代中也可以全螢幕掃射，而且是真正意義上的360°全螢幕。（但是存在硬直）
R槍：Rocket Launcher：10發，3/100分、煙霧三次/1/100分且只對非機械單位有效，前兩次煙霧範圍小，第三次煙霧範圍大。能大範圍“殺傷”敵人，而且不用過於在乎瞄準，因為在發射過程中可以自己向敵人偏斜，偏斜角度可超過30度。大R子彈體積增大，攻擊力增加。
S槍：Shotgun：10發，20/100分、霰彈槍，威力大射程短，能穿破障礙。大S子彈體積增大，攻擊力增加。6代的S取消了閃光效果。
2H：2-machinegun：200發，一次4發，每發2枚子彈，傷害一枚為1，得分1枚100分。
Z槍：Zantetsu sword：6代新出的武器，10發，攻擊3次，一次傷害10/100分。能砍斷任何東西包括子彈，也可以穿透障礙。【備註：實際不能稱作是槍，SNK某一個遊戲中有名為Zantetsu的人物，意為斬鐵，因此Z的全稱意思是斬鐵劍】
加農炮：Cannon：初始值10發，20/100分、煙霧5/100分且只對非機械單位有效。平拋出來的炮彈，射程有限。
（自6代開始，大型武器的攻擊力是原版的1.5倍）
特色系統
合金彈頭6與前作相比在系統上再次做出了大幅改動，是繼2-X後改動最多的。
新系統
武器存儲系統：是指玩家獲得武器之後，只要不死、不將子彈打光就可以將該武器存儲起來繼續使用。在彈藥數目奇少的6代，這一系統成為了保存實力對付皮厚單位（如BOSS）的救命稻草。
Rush Blast系統：從合金彈頭6開始，主角下方會出現一個槽。隨著打倒敵人，槽會不斷擴充，最多可以攢到4個槽，每加一個槽打敗敵人的分數會依次增加，依次為2、4、8、16倍。攢到4個之後，槽會開始慢慢減少，此時打死敵人後分數為16倍，並且敵人會不停地掉金幣。使用不同的武器增加槽的速度有所差異。
新模式
軍校模式（僅PS2可用）：從合金彈頭6開始加入的新模式。玩家可以不斷地完成目標擊斃、俘虜營救、物資回收等任務，從而練習通關能力。
鑑賞模式（僅PS2可用）：分音樂庫和圖庫兩部分，收集了從合金彈頭1開始到合金彈頭6的數百幅原畫手稿和所有的原聲音樂，被彈頭冬粉贊為合金彈頭6“最有誠意的部分”。
新按鍵
本作的按鍵除原有的攻擊（A）、跳躍（B）、投彈（C）、特殊攻擊（D）之外，還新增加了一個按鍵——武器更換（E），且特殊攻擊（D）的功能也不再局限於機車的自爆。特殊攻擊和攻擊鍵同時按下，可以讓主角做出靜止近戰攻擊（如Marco那讓人覺得韌帶不好的腿踢和奇葩的背包拳套、Fio的賣萌推和Ralf恐怖的拳頭），而特殊攻擊和投彈鍵同時按下則可以讓主角丟棄在手的武器（當然，不能是用過的武器），Ralf和Clark還可以通過↑+D+A來發動特殊近戰攻擊——Ralf的機炮拳和Clark的SAB投。
全局變動
合金彈頭6的一個最大的全局變動就是利用乘物無敵這一特性的難度變大了。由於判定進入Slug機車的範圍大幅變“矮”，主角在跳起後要經過更長的時間才能進入機車，況且進入機車後機車的無敵時間被削減了一半以上（此前進入機車之後閃光無敵的部分被全部移除），想要通過跳進跳出機車來保全自己的難度變得非常之大。此外，此前作品中Slug機車能夠下降到判定主角摔死地形的BUFF也被移除，取而代之的是機車一旦下降到判定主角應該摔死的地形，那它就會自動爆炸，連帶炸當機車內的主角。
彈藥數的變動也十分明顯。Hard難度下，武器拾取的彈藥數變成和Bullet物品增加的彈藥數一致（2H除外），這使得武器彈藥數大幅下降，如何分配有限的彈藥來最大化打擊效果也成為了通關時要考慮的問題，而當蜂擁而上的敵人將原本就少的彈藥迅速消耗完畢後，拼的就是誰的按鍵速度更快、保持更持久了。這一設定在7代改了回來。
此外還有一些小的變動，比如主角在移動時上半身上下抖動的效果移除，跳起時腿不彎（這一違背力學原理的設計在7代也改了回來）等。當然也修復了前作的一些BUG，如2H的Bullet只加10點等。
遊戲原聲
| 01 | Last Resort (Soldier Select) |
| 02 | Main Theme from MS6 (Mission 1-1) |
| 03 | Cliff and Cave (Mission 1-2) |
| 04 | Steel Beast 6+7 Beets (Boss 1) |
| 05 | Carry Out [MS6 version] (Mission Complete) |
| 06 | Inner Goldfield (Mission 2) |
| 07 | Asian Impact (Mission 3) |
| 08 | Biotoxic (Boss 2) |
| 09 | Gravestone [MS6 version] (Game Over) |
| 10 | Bridge 256 (Mission 4-1) |
| 11 | Aim High Chase Fast (Mission 4-2) |
| 12 | Final Attack [MS6 version] (Final Mission) |
| 13 | Unavoidable Duel (Boss 3) |
| 14 | Awesome Rush (Final Boss 1) |
| 15 | Discharge (Final Boss 2) |
| 16 | The Military System [MS6 version] (Mission All Over) |
| 17 | The Survivor (Ending) |
| 18 | Critical Maneuver (Staff Roll) |
遊戲攻略
人物篇
Marco Rossi
手槍的攻擊力是其他人的2倍，EASY模式的H的攻擊力也有加成，由於本作彈藥補給過少（外加初學者很容易丟命），手槍攻擊加倍的Marco即使在彈藥緊缺的情況下也可以靠著手槍優勢站住腳，是一位比較適合初學者上手的新手向角色。
Tarma Roving
乘物的機槍和炮彈威力×1.5，乘物的血量×2，加農炮補給量是其他人的2倍，此外以往家用版本才能使用的 "乘物定向射擊"（Vulcan Fix）在街機MS6成為他的專利（任何乘物都可），所有的加成都在乘物身上，在與最終BOSS決戰的時候會有著突出的優勢。在6代，由於乘物都基本聚集在BOSS戰處，故沒到BOSS戰時，Tarma就無法發揮出自己的優勢。但在最終關的最終BOSS戰中，Tarma的優勢則是最為突出的。
Eri Kasamoto
炸彈初始持有量以及補給量是其他人雙倍，炸彈的攻擊方向可以通過控制方向來調整，在極度惡劣的複雜地形或者碰到多個大型重裝甲型敵兵攔截時，能發揮出巨大的優勢，充足的炸彈能夠輕而易舉的逆襲，由於炸彈量龐大而能控制方向的關係（外加本作當中並未消減補給的炸彈量），eri是本作中最強的暴力人物，任何場景均可靠龐大的炸彈量的優勢輕鬆翻盤，亦是速通以及破台的最佳之選。
Fio Germi
武器的彈藥補給數是其他人的1.5倍，EASY模式有無限的加強型H（俗稱大H，攻擊力是普通H的1.5倍），HARD模式Mission一開始或是掉命後也有H使用（150發）。
Ralf Jones
近身攻擊是他的強項，可以對任何可攻擊到的兵種以及BOSS進行近戰攻擊，刀砍速度很快，跑步速度很慢，一關內中彈2次才算死（不過起身後速度會變的更慢慢）過關後會恢復，但是摔死或者被使身體消失的攻擊打到還是會直接死，他的必殺技機炮拳（↑+D+A）攻擊力高，破壞速度較快（人機通殺，但有硬直）。但是彈藥入手量是其他人的一半，是最難上手的角色。由於本作槍枝彈藥量極其稀少，每個人物在擁有自己長項的同時並無劣勢，而Ralf卻在彈藥以及炸彈數量上存在減半，故因此Ralf的通關是壓力最大的，使用Ralf一定要合理運用彈藥手雷。
Clark Still
可以通過抓小兵背包(↑+D+A)來大幅掙分，抓背包期間無敵，所有可以摔的敵人都是一擊必殺（紅色的金星人亦可被一擊必殺，但無分）是最強力打分角色，即使不打分，也可以利用背摔無敵和一擊必殺的特性來作為輔助並且起到化險為夷的效果，尤其是在亂點場景，是全人物中最安全簡單的清場角色（例如第四關亂點區域及最終關）。利用背摔的一擊必殺和無敵的特性可以輕鬆的穿梭於各種雜兵之間，在第二關以及之後的關卡利用自身優勢可以發揮重要的作用，在雙打配合中也是一位安全可靠的重要隊友，與TARMA類似，是限定場合下的最強角色。
系統篇
本作是Metal Slug歷史中按鍵最多的一作,有5個按鍵,A為主角和乘物的槍械攻擊,B為主角和乘物的跳躍(↓+B為跳出乘物),C為主角的手雷和乘物的加農炮,D為特殊攻擊鍵(Metal Slug Attack),要和其他鍵合用,D+A為近身攻擊,D+C為將手中的武器扔出(每次只能扔出你彈藥的入手量,小於這個數字,此按鍵無效),↑+D+A為特殊攻擊(僅限Ralf和Clark),使用此技能不必每次都3鍵一期按,可以長按↑+D,在需要時在按A,這樣可以避免輸入錯誤,E為武器的切換,本作可以存貯武器,通過E可以切換使用。
本作還加入了能量槽,通過攻擊敵人可以增加能量槽,可以使得分乘以當時能量槽的倍率(獎分道具除外),MAX為16倍,MAX狀態下消滅敵人會出現金幣,所以合理的控制能量槽是打分的關鍵。
本作還可以在開始遊戲時選擇EASY和HARD模式,EASY模式默認武器由手槍改為無限H槍,彈藥入手量是HARD的2倍，關卡只有4關。所以要玩通本作，必須要選擇HARD。雖然本作設定可同時攜帶兩個武器，但由於Hard難度下的彈藥量實在太少（比如第三關，假如用Ralf，在從工地上跳下來後，將撿到的D和I都用完都不能打爛那個吐泡泡炸彈的機器），而且本作載具也少得可憐，跟3代沒法比，所以如果各位沒設定連發的話，就要做好苦按按鈕或手柄到手抽筋的心理準備了。
關卡篇
Mission 1-1
跳傘後，向前走救出第一名人質,得到H槍100發,收起不要用,繼續向前出現一輛炮彈戰車,擊毀後出現一輛運輸車,此時上方的隱藏物品攻擊判定出現,繼續向前出現第二輛炮彈戰車和Morden兵若干,可以先跳上高台(有2個箱子的地方),等到炮彈戰車出現後,跳下去消滅,然後慢慢消滅Morden兵。繼續向前出現滾雷戰車,此處先將5名Morden兵消滅後,站在架子上可安全過關(有木箱的地方)。就在滾雷戰車後面的樹上有一隱藏物品。進度到此場景最後一處,會出現大型運輸車群,如果全部擊毀可以得到一堆金幣,方法如下:到此處你手中應該持有10發C槍和100發以上的H槍,先使用8發C槍打第一節(一定要打第一節,第一節摧毀後第二節自己會爆炸,如果打第二節,那第一節是不會自爆的),然後用剩餘的2發C和H加手雷攻擊後面的運輸車,一直到Metal Slug的出現,乘物的一發炮彈可以一次摧毀3到4節,全部摧毀後就會出現一堆金幣
Mission 1-2
救出第一名人質獲得I槍,收起(如果後面你不走上面的分支,可以不收),在如圖位置有數條魚。前面就是本關的分支點,此處有一架直升機和21名Morden兵,可以等到直升機飛到炸藥包處,然後擊毀炸藥包可秒殺它,箭頭方向就是上行分支。分支處上行後，在大坡下方的小坡用I射擊，會出現數枚金幣。上行的路只要注意不要摔死就可以了。
Mission 1-3A(上行分支)
在此分支一開始的地方(有很多人質和蝙蝠的地方),有4名Morden兵,如果在營救任一人質並消滅任一Morden兵之前將蝙蝠全部消滅,人質一個也不能救出(可以釋放),就會出現100名Morden兵。
Mission 1-3B(下行分支)
此分支在取得F槍之後的大石處,此處圓圈處有火焰判定時,方塊處會出現攻擊判定,取得方法先跳起,在要著地的一瞬間發射F,然後立即向上射擊,有數枚藍寶石。在前行至3名人質處,出現Morden兵,此處上空有2隻黑蝙蝠和一隻金蝙蝠,在不殺死黑蝙蝠的情況下,殺死金蝙蝠,吃掉它得分30000,此時又會飛出一隻金蝙蝠,再殺了吃掉,又會飛出一隻,總共3隻(這裡有時間限制,如果版面可以動了,金蝙蝠就不會在出現)。再向前走走到版面不動時立即向後走,可以救到5名人質(這5名人質正在逃離版面，所以動作要快)。
BOSS
本關boss是一輛大型挖掘車,有2種形態。第一形態有3種攻擊方式,第一種從底部放出一顆類似I槍的飛彈,可打掉獲得H槍。第二種Morden兵放高射炮,只要靠近boss就可以躲掉,但不要靠的太近,否則boss會輾你。第三種是投石,只要靠近boss或遠離boss就可以躲掉,也不要離太遠,離太遠boss會前進,你的活動空間就會變小。等到將boss的盾牌打掉後,boss拿出它的鑽頭(第二形態),首先它會投石把你的路封掉,然後用鑽頭進行攻擊,鑽頭分上段攻擊和下段攻擊,上段攻擊只要下蹲就能躲過,下段攻擊要跳躍過去(鑽頭和boss之間的連線桿無攻擊判定)。Boss還有一種攻擊是斜向鑽,它會往45度的方向鑽,天空種會有落石出現,只要用H槍掃就可以,如此循環就可將boss摧毀
TIP：每關boss用乘物自爆摧毀可得基本分30000，乘以當時的倍率，最大可得480000分。
Mission 2-1
任務開始後,此區域內在圖1至圖3圖示紅圈位置各有3條魚,此處的敵人只有斧頭幫,看上去他們很耐打,其實只要你是一直在攻擊,他們是不會反抗的。在擊破火箭車後跳到火箭車所在的平台上，蹲下慢走，當掉到下一個平台上時立刻往回走，可救得3名隱藏人質和一隻50000分的青蛙（注意躲避食人魚）。救完後不要急著離開，在人質左下角有隱藏點，藏有3條50000分的魚。此關卡最後一處,只要在最右邊往左射擊就能安全通過。
Mission 2-2
此場景開始後，在山坡的樹上有一個鳥巢。在規定的時間內走到第一名棕色外星人之後，如果隱藏點未擊出且外星人未死，就會出現一架戰鬥機，這是取得鳥巢的關鍵。方法如下:戰鬥機出現後將棕色外星人消滅,然後對著樹上扔一顆bomb,然後立即站到坡口，等到戰鬥機發射飛彈後,跳到飛彈上,飛彈會帶你去吃那個鳥巢(1000分或50000分)。此場景看上去最難的地方就是最後一處,外星人,飛刀手,飛碟,坦克一起出現,難度對初玩的人來說很難。但只要騎著毛驢在最左邊不斷地射擊，在飛碟到來時稍微往前挪動一點，配合加農炮的範圍傷害，就可輕鬆解決它們。樓架上的人質要跳到驢車上才能救得。
TIP:此場景最後敵人消滅後，自爆驢車可得一堆金幣。
BOSS
本關boss是一輛大型裝甲戰車,有2種形態：第一形態有3種攻擊方式,第一種是大型飛彈,發射後會在空中稍作停頓,然後開始攻擊,躲避這類飛彈,最好從彈頭向彈尾方向躲。第二種是小型交錯飛彈,只要躲在圖中紅圈位置,在此位置只要躲一顆飛彈。第三種boss會放出2門小炮,只要躲在圖中紅圈位置,迅速將該位置得小炮摧毀,boss得攻擊就結束。第二形態的攻擊只有一種:超大型飛彈,發射後畫面會被縮小,視野變大,只要站在某一位置,等到畫面放大時朝另一方向躲就可躲掉,值得注意的是發射飛彈時,boss還會撒小球,此小球有攻擊判定。使用Z+手雷快速解決為宜。
Mission 3-1
由於第二關結束時的情節,本關敵人都是全新的異星人(以下簡稱ET),有被感染的吉普車等等。真正的戰鬥才剛剛開始。本關開始時會遇到一群外形酷似蛤蟆的ET,它們會吐自暴蟲(這次自暴蟲從開始自暴到結束都有攻擊判定)、用頭撞你和翻滾,但還是比較好對付。接下來會遇到被感染的吉普車,它會撞你並向你射擊,躲法和前幾作的吉普一樣。此場景還有一種敵人像只蜘蛛,會從大腦里放出分裂反彈球,這類敵人只要近身就可以安全(你離它很高時還會放高射炮彈,距離無限)。本場景中有7根白蘿蔔，第一根在降落傘下來後左邊燈籠處，第二根在上坡後的一個空調處，第三根在打開H和S箱子後的大平台的中部，第四根在機槍車場景的“影業”二字中間，第五根在爬上建築工地後場面右移後的第一個平台上，第六根則在第一次右下掉落時的上方，第七根則在第二次右下掉落時的上方。全部打出後，在此場景最後的大宅門處有攻擊判定，打到後會出現一大群ET和2名人質，而且都是連滾帶爬的。如果沒有S或者Z或者這兩個武器的彈藥數加起來不超過5，且你對自己的手速沒自信（8難下即使你對你的手速再有自信除非Marco也沒法僅用小米打過），建議不要打出，會死的很難看。如果7根白蘿蔔一根也沒打出,在此處攻擊後可得30000分寶石,此處也是本關的分支處。
Mission 3-2A(分支上行)
此場景為一廢墟,此處的敵人都是空中飛行的寄生物,它們會寄生在場景中慌忙的人身上,寄生後的怪物會扔bomb,會轉寄生,但基本還是沒什麼可以難倒主角的。在得到S槍之前出現的寄生物是不會襲擊主角的,但是之後,它們也會襲擊主角,這裡還是有難度的,到了這塊地方馬上走到最右邊的最上方,下蹲向左射擊,可以安全通過此處。通過此處後,在左圖位置用S槍或Z槍(只能用這2種槍)向紅圈處發射5槍,當到達第二個ET所站的平台上時,上面會掉下一堆金幣和人質一名。
Mission 3-3A
本場景的敵人以ET為主,而且有很多ET都是翻滾著出現的,只要不沖的太快,通過此處不難。走到右圖的地點,這裡的最後一波ET的攻擊比較有難度,彈藥充足的情況下可以全部殲滅,彈藥不夠時可以站在如圖位置。之前的場景都有上下2條路可以走,總共有4塊,如果按照上下下上的方法通過這條路,在通過右圖的地方後,會掉下50000分的獎分熊。此場景最後一個出現的敵人是新的敵人,它會在污水中吸取很多垃圾,它會將這些垃圾一個個砸向你,只要跳起便可躲過,打到發狂後,它會把整團垃圾砸向你,有難度,但只要它發狂後靠近它,把整團垃圾引到靠近它的地方,然後人躲到版面最左邊就可以躲過。當然也可以用攢到此處的S或者版面提供的Z快速解決。此處還要注意後面出現的ET,但這裡有Z槍的助陣,還是可以順利通過的。
Mission 3-2B(分支下行)
此場景救出第一名人質後到達本場景最具難度的地方（即一個凸起物地形的固定畫面）。通過這個畫面的要素是使得螢幕中沒有寄生物，而ET會反覆無限出現，因此只要在畫面剛固定下來時迅速往右再往左扔一顆雷分別擊中從右邊和左邊飛入的寄生物即可通過。而如果沒能迅速擊殺它們，就會陷入較為持久的戰鬥。不要輕易跳起，隨意跳起只有被ET翻滾刺死和被寄生物抓住吸乾兩種結果。在擊殺ET的空隙迅速結果寄生物，以達到通過條件。在這塊地方有3名隱藏人質,出現條件為在第一名人質不解救的情況下就會出現,方法是先將第一名人質拖到版面最左邊然後釋放，釋放後以最快速度往右走，等到3名人質出現後再救出第一名人質。本場景最後一處(有2隻彈球怪),此處一個敵人也不殺,等待10秒(現實10秒)後,會掉下50000分的獎分熊。
Mission 3-3B
此場景和Mission3-3A最後一段類似,打法也一樣。這裡也會有一名隱藏人質,出現方法和前一個場景一樣,2名人質釋放後不要解救,走到最後就會出現。
BOSS
本關boss是大型宇宙機器人,有4種攻擊方式：一種方式自它瘋狂以後會一直放(從大腦里發射腦電波球),這種攻擊方式會在空中停留片刻後(在空中停留時無攻擊判定)根據主角的位置來定位的,版面停止時,是落到發射時主角所站的位置,但在版面運動時,落點會是發射時版面上主角的位置(攻擊時,如果主角在右邊,球會對著右邊發射,而不會因為版面運動的問題而朝左邊偏移),是有區別的。boss的第二種攻擊為正弦波,在箱子的左邊和boss身體下方是盲點,可以利用跳出乘物時的無敵時間躲到boss身體下方,但要注意上方下襲的光球。第三種攻擊為投擲車輛,只要蹲在箱子的右邊就可以了,上方的光球也打不到。第四種攻擊是高壓電波,必須站在箱子上才能躲過,而且此時上方的光球離主角很近,所以這種攻擊可以說是最難的,要掌握好時間跳起。boss戰中,如果離boss很近,boss會發射地鏟波,如果多次靠近boss後,boss的2隻手會開始擺動（被主角弄煩了吧……），也會出現攻擊判定，此時活動空間變小，難度大幅上升。
TIP ：本關boss的乘物對於所有人都有"乘物定向射擊"(Vulcan Fix),可以杜絕乘物回頭時的硬直時間。
Mission 4-1
本關一開始的ET群，只要站在G槍的位置向左射擊即可，上方燈泡處有一名隱藏人質。通過此處後會看見9隻層疊的箱子，如果隨便打掉什麼也沒有，如果先把4個角的箱子打掉，再打中間那隻，就會出現50000分的魚，方法如下：左上角和右上角可以站在箱子上用刀砍,左下角和右下角必須靠近後用G槍往地上開槍,用G槍的煙霧把箱子熏掉。在救完2名人質後就進入本關最大難點：這裡會出現2種新敵人，飛行ET和獨眼魚怪。飛行ET會在空中發射2向或3向炮彈，獨眼魚怪會連噴5發水平氣泡,2邊還會滾出翻滾ET，難度可以說很高。這裡值得注意的是,不要站在2邊,否則會被滾出的ET所傷,獨眼魚怪和飛行ET是有數量的，而翻滾的ET是無限的,所以優先攻擊獨眼怪,如果2邊出現ET是吐蟲的，不要將它殺死,這樣2邊的翻滾ET不會再出現，收拾完獨眼怪後再解決飛行ET，最後解決地上的ET，在向前進入本關的分支。
Mission 4-2A(分支上行)
在飛機左邊的路燈上有4名人質,此分支需要注意的是優先摧毀3個並排出現的ET,其他的就靠你自己了。
Mission 4-2B（分支下行）
在進入下行分支後,要注意後面飛出的3名飛行ET,只要躲在圖2右紅圈處就可以了,同樣在盡頭的路燈上有4名人質,但這4名人質要在圖2左紅圈處打出,否則會被強制過關。
下行分支主角將乘坐火星最強兵器火星之根ROOTMARS(Metal Slug 3 最終boss)。此分支難度也頗高,還是優先打飛行ET,熟悉版面,值得注意的是ROOTMARS對於所有人都有一個特別性能:長按A可以使機槍固定,不隨主角移動而移動,長按B可以使主角不動，而可以控制機槍的方向,A和B都長按，則什麼都不動(你以為你可以像boss啊,無敵?別傻了)此處的操作可以說很難。
BOSS
boss前的戰艦在高處有3名人質。本關boss為海底不明生物,它的攻擊方式有5種:第一種是出場時的攻擊(只攻擊這一次),出現後馬上跳到boss身上,注意攻擊完後的逃跑動作,只要一直跳。第二種攻擊是從右邊出現停在半空,聚集毒液後從口中吐出,此時只有螢幕右上方和戰艦下方安全。第三種攻擊是從螢幕右下忽悠著出現,此時頭部有攻擊判定,停下後開始噴毒液,躲在圖4位置可躲過,躲過後它會發動全身的渦輪式攻擊,要算好時間從boss右邊向左邊跳,渦輪波的頭部無攻擊判定,之後開始逃跑,小心被捲入。第四種攻擊算是比較難的一種了,分為2種,第一種從左邊出現,一邊翻滾一邊發射毒泡,只要站在礁石右端,這裡只有一發會打到。第二種是從右邊出現,先站在戰艦上,跳過第一波橫射過來的毒泡,然後馬上走到戰艦下方躲過第二波橫射的毒泡,馬上找機會到戰艦下方,這裡還是只有一發會打到。隨著一聲巨響,boss進入瘋狂狀態,開始了第五種攻擊全螢幕迴旋攻擊,這種攻擊也分為2種,第一種是從左邊出現順時針轉,只要躲在你分數的十萬位就可以躲在boss身體裡(既不被壓死,也不被毒液射死)。第二種是從右邊出現逆時針轉,只要躲在你分數的千萬位就可以躲過,2種躲法都要注意boss在水裡向外發射的這一輪和攻擊結束後的殘餘毒泡。但在8難情況下這些躲法會全部失效，只能站在版面中間來回跳來躲過，一旦跳慢或者跳快就會被擊中，所以要想盡辦法在BOSS震響之後在BOSS發動最終攻擊之前就幹掉它。
TIP ：本關boss拖延時間可以等到6名人質,都是在boss空中吐毒泡時或最終攻擊時出現,其他攻擊均不會出現。
Final Mission 5-1
此場景出現了2種新敵人,一種是會放橄欖型子彈的機器(以下簡稱橄欖),它會發射上中下3種形式的子彈,比較好躲,要注意的是它會晃點你:它準備發射上部子彈時突然調轉槍頭髮射下部。一種是會飛的漲肚蟲,它會飛到你頭上,然後砸下來攻擊(飛在空中時無攻擊判定)。這裡開始的路都有台階,翻滾的ET你只要躲在台階下就可躲過(泛指有N種敵人同時攻擊時)。到達左圖的場景,取得S槍後,優先攻擊左邊出現的彈球怪,然後跳到中間的台階上,消滅跳下來的彈球怪,最後消滅橄欖。接下來的場景建議慢慢拖,個個擊破。在右圖的地方,3個木箱上方和紅框處總共有4處判定,全部打出後出現30000分寶石,跳上此台階的方法是:前面有個什麼都沒有的箱子,不破壞掉,跳到箱子上可以跳上此台階。最後一處(2邊會出現橄欖的地方),只要注意橄欖衝出來時是可以把它封在版面外,可以攻擊它,而它因為走不到位而永遠不會攻擊,打完一邊的就慢慢打另外一邊的。
Final Mission 5-2
乘坐鑽地車進入地下,這裡只要注意慢慢拖就可以了,沒什麼難度,鑽地車摧毀後主角就死一命,鑽地車的鑽頭無攻擊判定,不能向上鑽。
Final Mission 5-3
此場景開始解救人質,人質均為火星人。本場景會出現紅色的ET,此ET的HP很高,而且從開始翻滾就不會停,也不會滾出版面之外,但它滾一段時間後就會自暴,如果打掉可以得到10000分。此場景有一個隱藏的路線,此路線可以引出金色的獨眼魚怪,這個敵人逃跑速度極快,打一槍會掉一個金幣,擊毀後可以得到50000分。出現方法如下:到達如左圖的地方,下蹲進入隱藏路線,紅圈處有3個30000分的寶箱,進入後,再下蹲行走可進入第二條隱藏路線,沿著紅箭頭方向走到右圖,此時,金甲敵人出現。此場景最後一個獨眼魚怪不要太快消滅,否則會強制過關,人質救不到。
Final Mission 5-4
此場景出現的橄欖不會像前面的發射3段攻擊,而是發射超大的橄欖彈,但是軌跡都是通過跑步可以躲過的(後面會出現一個軌跡不能通過跑步通過的橄欖)。當摧毀第二個橄欖後,會出現一名新的敵人:3隻巨大的獨眼魚怪,它會向天空發射降落傘飛彈(可以擊毀),還會把你逼死在版面左邊,所以要快速擊毀(只有眼睛是弱點)。第一隻是單槍匹馬出現的,第二隻還伴隨3隻ET,第三隻伴隨9隻ET(打暴ET注意地上的自暴蟲)。走到倒數第二層會出現前面提到的一個軌跡不能通過跑步通過的橄欖,它發射子彈後,要跳到此處的台階上看準時機跳過,建議最好快速解決,否則援軍飛碟會將上面的一個人質釋放,此人質一但著地就救不到了。此場景有4塊地方有隱藏的骨頭，分別位於打完大獨眼怪後版面上移後最右側平台上方，第二次版面上移後人質上方和第三次版面上移後的人質上方。全部打出三個隱藏點才能打第四個隱藏點——在最後一次版面上移後立即左跳出大S，或者在最後一次版面上移後立即左移下降到最左邊，然後稍微右移往左跳並出大R可擊中隱藏點掉出骨頭（當然一般吃不到），打出全部四個隱藏點後在最後一個機器人處會出現給Bullet的人質。進入小boss戰,在類似光頭將軍的戰場上對決洗腦同伴(因為多次失敗,光頭下崗了),此boss的攻擊方式和你一樣,出刀比3代的複製人快很多,但還算好對付,但此boss的難度是他的機槍,跳起發射6向機槍，暴走後還會發射多發機槍，很難躲；RP差的時候還會近身發射機槍。建議攢大S或Z然後得到Bullet加彈藥後迅速消滅。這時。解救洗腦同伴後會出現金色的METAL SLUG(如果長時間不乘坐,在下層會出現500000的獎分,並且強制過關)。
BOSS
本關boss是異星人的首領,分為2種形態,第一形態boss本身不會攻擊,只靠4個角上的洞裡跳出ET來攻擊主角,打到瘋狂狀態後會出現紅色ET。打敗此boss後,在morden兵的歡呼雀躍,boss第二身出現,此為boss的正身,如果沒有METAL SLUG,難度滿高。Boss的攻擊方式有4種:第一種是搖頭晃腦的發射霰彈,在半邊用蹲走找準空擋可以躲過,第二種攻擊純熟破壞地形的攻擊,只要不站在中間就不會被打到。第三種攻擊是從雙眼順序發射追蹤雷射,當它發射雷射時跳起,將雷射向上引,然後朝另外一個方向跑,就可以躲過。第四種攻擊比較難,從四面八方發射圓月彎刀,這種攻擊大體上是向主角所站的位置攻擊,有少數會向主角的前後位置攻擊，在沒有Slug機車的情況下需要靠人品躲避。另一種是平行攻擊的彎刀,比較好躲(不要站在中間,如果boss發連招,發射第二種攻擊你就完了)。打敗boss後,進入逃亡階段,boss會發射各種各樣形態的彎刀,如果當時有METAL SLUG的話只要站在版面的左下角,將槍桿調整到75度方向就可以輕鬆通過，如果沒有Slug機車，則需要先左右躲開，在發射一線彎刀時可以在彎刀即將攻擊到你時發射大S（彎刀會在0.2秒後炸毀），或者用H掃射，或者依照右（小幅移動）→雷→左（大幅移動）的順序給自己留出口子。
合金彈頭6TIP ：每關無論分支怎么走都有20名人質，總數100名。
