合川古名墊江（原為褻江，取嘉、涪二江在城北鴨咀的匯合之水如衣重疊之意，《漢書·地理志》誤記為墊江並沿襲至今），在巴人入川前是濮族人主要居住地，合川古城邑“巴子城”（今城區銅梁山下）曾是巴國別都。公元前314年始設墊江縣，縣域轄今合川、武勝、銅梁、安岳、岳池縣地，隸屬巴郡，治所在今合川。
南朝元嘉年代升墊江縣為宕渠郡，西魏恭帝三年（556年）改為合州，轄墊江、清居、東遂寧、懷化4郡及郡屬石鏡（合川）、漢初（武勝）、清居（南充市南）、方義（遂寧城區）、德陽（遂寧市中區東南）、長江（蓬溪）、始興潼南7縣。
隋開皇十八年（598）年，合州更名涪州，大業三年（607年）又改名涪陵郡，唐武德元年（618年）復名合州。宋淳祜三年（1234年）為抗蒙兵，在州城之東5公里的釣魚山築新城，州治所遷居釣魚城。元至元二十年（1283）年返回原址。以後，合州轄縣陸續劃出，至清雍正六年（1728年）成為不再轄縣的單州，屬重慶府管轄。
民國二年（1913年），合州改名合川縣。
1950年，合川屬川東行署壁山專員公署轄。
1951年，壁山專區更名江津專區，合川屬江津專區轄。
1952年4月劃出合川縣城關區增設合川市。
1958年1月，經國務院批覆，合川市建置撤銷，原合川市所轄地域改為合川縣城關鎮。[
1983年3月，重慶市和永川地區合併，合川縣屬重慶市轄。
1992年8月4日，民政部（民行批[1992]89號）批覆同意撤銷合川縣，設立合川市。
2000年6月26日，重慶市人民政府（渝府[2000]131號）批准同意合川市人民政府駐地由合陽城蘇家街31號遷至南津街中南村。
2000年，合川市轄6個街道、50個鎮、8個鄉。
2001年6月5日，重慶市人民政府同意合川市將原有的50個鎮、8個鄉、6個街道辦事處調整為36個鎮、3個街道辦事處。調整後，鄉鎮平均面積由調整前的37.7平方千米擴大至60.7平方千米，鄉鎮平均人口由調整前的2.2萬人增至3.6萬人。
2002年，合川市轄3個街道辦事處、36個鎮，95個居委會、529個村委會。年末戶籍總人口150.99萬人，其中非農業人口26.32萬人。
2005年4月19日，重慶市人民政府《關於合川市行政區劃調整方案的批覆》同意合川市將36個鎮、3個街道辦事處調整為27個鎮、3個街道辦事處。
2006年2月23日，根據重慶市人民政府《關於合川市部分村跨鎮調整的批覆》又對合川市部分村進行了跨鎮調整。
2006年10月22日，國務院批准：撤銷合川市，設立重慶市合川區。以原合川市的行政區域為合川區的行政區域，合川區人民政府駐南津街道。
