簡介
2000年，民進黨政府上台後，將多數運動的內涵加以實踐，並於2006-2008年間到達高峰。泛綠“正名運動”的本質在區別“中國”與“台灣”的關係。
由於正名運動的目標為去除所有表示本國代表“中國”的名稱，因此多數內涵與中國國民黨的政綱本質互異，引發在野的泛藍政治人物與其支持者強烈反對，認為是斬斷“中華民國”和“台灣”與“中國”的關係。一般認為正名運動除了去蔣化這類的正名運動外、是屬於台獨運動的一部份，但中國共產黨及中國國民黨會認為全部都屬於台獨運動。
正名事件
“正名運動”顧名思義就是把“不正確的名稱改正”，但所謂“正確名稱”是一主觀字眼。泛綠人士認為“中國”只指在中國大陸的中華人民共和國，世界大多數國家均承認中華人民共和國為“中國惟一合法政府”，所以在台灣的所有政府機關公司行號名稱不應有“中國”相關字眼，“正確名稱”應該有“台灣”或相關名稱。
泛綠人士的觀點被泛藍人士所反對的原因在泛藍人士不認為“中國”專指“中華人民共和國”，中華人民共和國不代表包含台灣的“全中國”，在台灣的“中華民國”也可以是“中國”，所以不認為名稱里有“中國”是錯誤名稱。
2003年起在中華民國護照封面加注台灣英文“TAIWAN”，原規劃加注“ISSUED IN TAIWAN”，但是已經引起國內外對於變更國號的疑慮。
從2003年起在國中、國小學生使用的國編教科書方面中表記首都在台北市，而1997年起國中生所使用的介紹台灣的地理、歷史、公民的教科書“認識台灣”則被視為正名運動先驅。
2004年起，政府官方所印製的地圖“中華民國全圖”不再加上政府並未實際統治的中國大陸。
2004年，民進黨籍立法委員蔡同榮指出，軍中的國防部總機叫“江蘇一號”、“上海總機”、陸軍十軍團叫“湖南總機”等稱號，不是打電話到大陸，因此沒有必要採用大陸地名當各軍事單位總機名稱。因此他在9月提案，要求國防部在年底前，將總機名稱代號“去中國化”。2005年元旦起，國防部所屬軍中總機代號，將改以區域代碼取代。
2005年7月30日，總統府及其網站上的名稱變更為“中華民國（台灣）總統府”，之後其他政府部門及駐外大使館也紛紛仿照。
2005年8月31日，《中華中藥典》更名為《台灣傳統藥典》
2007年1月29日，政府修改歷史教科書內容，將中國史和台灣史分開，並把“我國”、“本國”、“大陸”改稱“中國”。
2007年2月12日，中華郵政更名為“台灣郵政”，中國石油股份有限公司更名為“台灣中油股份有限公司”，中國造船股份有限公司更名為台灣國際造船股份有限公司。但郵局更名涉及修法，立法院未能通過，得再度改回中華郵政。2008年8月1日正式改回中華郵政。
2007年2月28日，台灣郵政發行的228國家紀念館開館紀念郵票上以“台灣郵票”取代“中華民國郵票”標記。
但另一方面，主張“台灣是中華人民共和國的一部份”的中華人民共和國政府，將台灣所進行的這項運動視為“促進台灣獨立”，因此對之極為警惕反感。並以對台灣行使武力為威脅，試圖阻止藉由正名推動獨立的進行。而在台灣境內，希望中華民國延續為“中國”主權代表的泛藍黨派全力反對正名運動。
另外，正名運動還有專門移除蔣中正與國民黨黨國符號的去蔣化與去黨國化行動，此類活動其實應該與統獨無關。泛綠人士認為黨國不分不應成為民主國家常態，蔣中正必須對國民黨在中國大陸時期、在台時期的白色恐怖負一定的責任，而二二八事件及同時期發生於中國大陸的類似事件也會追究到蔣中正，因此台灣內部的反對意見較小、反對的正當性也很低。
原住民族正名運動
另外，由於台灣經過近四百年來不同政權的治理及漢族文化思潮的影響，造成許多原本原住民地名與當地人民感情斷裂、與歷史記憶隔閡。因此在台灣原住民運動興起之後，不少地名也曾“正名”為原住民地名。例如台東縣關山鎮將“里壟鎮”正名為“關山鎮”。1988年嘉義縣“吳鳳鄉”正名為“阿里山鄉”、1992年屏東縣“三地鄉”正名為“三地門鄉”，以及2007年高雄縣“三民鄉”正名為“那瑪夏鄉”，並於2008年1月1日正式揭牌使用。此外南投縣的“仁愛鄉”也有蘊釀正名為“霧社鄉”之議。
潛移默化正名運動
潛移默化的正名運動得到一定的成效。接受此運動的對象不分藍綠統獨，其原因是在國際上中國幾乎是指稱中華人民共和國，而中華人民共和國的形象頗差；其內容有：
1.台灣人不分藍綠統獨大多以“台灣”來稱呼自己的國家，例如在外國介紹自己的國家時使用台灣，國民黨總統候選人馬英九曾表示“中華民國就是台灣”。
3.台灣人過去會使用“大陸”、“中國大陸”、“中共”來稱呼中華人民共和國，但現在也會以“中國”稱呼中華人民共和國。
問題
政府曾要求民營企業如“中國鋼鐵公司”等等應當予以改名；但企業內部則認為這類行動往往因為企業名稱沿用已久，並且在國際上已經具有一定規模，全面更名不但可能影響商譽，更名所耗費的成本亦被企業內部視為難以負擔。
而“中華郵政”的正名，也遭到工會的大規模抵制。政府也曾要求“中國醫藥大學”、“中國文化大學”、“中華大學”等9所大學改名，但遭到學校的抵制而沒有成功。
另外，由於中華航空公司過去的飛安記錄極差，因此有些正名支持者認為華航應建立飛安形象再正名，避免“台灣航空公司是全球最危險的航空公司”這種評論在國際流傳。
原因
台灣正名運動大多屬於台灣獨立運動，因此原因大多台灣獨立運動出現的原因一樣；台灣人本來大多傾向中國民族主義，可是國民黨的二二八事件及白色恐怖、因此出現想與中國劃清界限的台灣人。
中華人民共和國、其產品、其國民的國際形象每況愈下，由於中華人民共和國已經漸漸的“獨占”中國概念，因此台灣人不想要中華人民共和國拖累國際形象、也不想在出國時因為被誤認為中華人民共和國國民而引來麻煩。
正名運動其中有一部份內容是去蔣化、去黨國化、去民族主義化及教科書的描述精確化等實際上無關統獨的內涵；例如中國國民黨及蔣中正也迫害很多中國人、因此去蔣化去黨國化類似德國去納粹化及非共化；可以說這一部份是民主化的自然產物。
