統治初期
1895年到1898年的期間，行政區劃的變化很頻繁。
明治28年(1895年)5月—明治28年(1895年)8月 三縣一廳
* 台北縣
* 台灣縣
* 台南縣
* 澎湖島廳
明治28年(1895年)8月—明治29年(1896年)3月 一縣二民政支部一廳
* 台北縣
* 台灣民政支部
* 台南民政支部
* 澎湖島廳
明治29年(1896年)4月—明治30年(1897年)6月 三縣一廳
* 台北縣
* 台中縣
* 台南縣
* 澎湖島廳
明治30年(1897年)6月—明治31年(1898年)6月 六縣三廳
* 台北縣、新竹縣、宜蘭廳
* 台中縣
* 嘉義縣、台南縣、鳳山縣、台東廳
* 澎湖廳
北中南三縣
1898年到1901年期間，維持著三縣的格局。
明治31年(1898年)6月—明治34年(1901年)4月 三縣三廳
* 台北縣、宜蘭廳
* 台中縣
* 台南縣、台東廳
* 澎湖廳
明治34年(1901年)5月—明治34年(1901年)11月 三縣四廳
* 台北縣、宜蘭廳
* 台中縣
* 台南縣、台東廳
* 澎湖廳
* 恆春廳（新設，由台南縣分出）
廢縣置廳
明治34年(1901年)11月—明治42年(1909年)10月 二十廳
* 台北廳、基隆廳、深坑廳、宜蘭廳、桃仔園廳、新竹廳
* 苗栗廳、台中廳、彰化廳、南投廳
* 斗六廳、嘉義廳、鹽水港廳、台南廳、鳳山廳、蕃薯寮廳、阿猴廳、恆春廳
* 台東廳
* 澎湖廳
明治42年(1909年)10月—大正9年(1920年)8月 十二廳
* 台北廳、宜蘭廳、桃園廳、新竹廳
* 台中廳、南投廳
* 嘉義廳、台南廳、阿猴廳
* 台東廳、花蓮港廳
* 澎湖廳
廢廳置州
大正9年(1920年)9月—大正15年(1926年)7月 五州二廳
* 台北州
* 新竹州
* 台中州
* 台南州
* 高雄州
* 台東廳
* 花蓮港廳
大正15年(1926年)7月—昭和20年(1945年) 五州三廳
* 澎湖廳（恢復，原高雄州澎湖郡，由高雄州分出）
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