1895年日治後,台灣總督府改清領時期之府為縣,府轄之縣(廳)為支廳,但澎湖廳仍維持建制直屬總督府管轄,直至大正九年(1920)與阿猴廳(今屏東縣及旗山地區)及台南廳一部分(今高雄市及岡山鳳山地區)合併為高雄州設立澎湖郡,大正十五年(1926)再獨立復設定澎湖廳,1945年二戰結束前共管轄二支廳。
行政區分
支廳馬公支廳馬公街
湖西莊
白沙莊
西嶼莊
望安支廳
望安莊
大嶼莊(今七美鄉)
人口
昭和16年當時的統計
總人口 69,387人
詳細包含
日本人 3,619人
台灣人 65,694人
其他 74人
醫療
台灣總督府澎湖病院 (今署立澎湖醫院)
警察
昭和20年(1945年)當時設有澎湖廳警務課
教育
1922年設立馬公街立馬公水產補習學校(今國立澎湖高級海事水產職業學校)
1943年設立澎湖廳立馬公高等女學校(今國立馬公高中)
港灣
昭和13年(1938年)當時馬公港
神社
澎湖神社