土司始置於元朝，用於封授給西北、西南地區的少數民族部族首領，明朝、清朝沿用。古零土司於明朝嘉慶七年（公元1528年）設立。管轄古零、那學、通感、下畔四城堡，包括現今的馬山縣古零鎮、古寨鄉、加方鄉，上林縣的鎮圩鄉、西燕鎮以及塘紅鄉、澄泰鄉、大豐鎮、三里鎮一部分。古零土司歷經明、清、民國三朝共延續了387年。傳承了十六代土司官員。
古零土司《白山司志》的有關記載。嘉靖六年（1527年），廣西思恩府、田州府原土目盧蘇、王受造反。總督姚鏌不能平定，朝廷詔命守仁（王陽明）以大明王朝南京兵部尚書的官職兼左都御史，總督兩廣兼巡撫前往戡亂。嘉靖七年（1528年），王守仁（王陽明）率湖廣兵抵達南寧，平定“思田之亂”和鎮壓八寨農民起義後，在思恩府下設定興隆、白山、定羅、安定、古零、舊城、那馬、下旺、都陽九個土巡檢司。覃益被朝廷授予古零土司第一任土巡檢，準世襲。
覃益（公元1486～1558年），原名/族名覃日益，字東橋，壯族，明代廣西馬山縣人。祖籍山東青州府益都縣人，明朝中期廣西地方著名政治家、軍事家。明嘉靖三年因南征交趾有功被委以思恩府（今武鳴府城）哨官。嘉靖六年（1527），思田地方土官土目盧蘇、王受造反，對抗明廷改土歸流。覃益忠於朝廷，盡力保衛思恩府城，並協助王守仁戡亂有功，於嘉靖七年（1528）被委為古零土司世襲土巡檢，是古零土司始祖。經王守仁奏請，於嘉靖七年（1528年）授予覃益古零土司第一任世襲巡檢。當地漢、壯、瑤民皆稱其為公益。後世尊稱為古零祖師。
追溯古零土司歷史，古零土司延續了387年，總計傳承十六代世襲土司官，古零土司是古零地區的民族史，也是中國邊疆少數民族發展歷史的縮影，古零土司官員嚴格推行中央政府政令，同時也主動上奏朝廷減少轄區各種稅賦，減輕百姓負擔，不乏愛民如子，深得民心的官員。明代天啟年間古零土司第四代世襲巡檢覃大欽更是在民間口口相傳，享有很好的口碑。為古零土司轄區的社會穩定和發展做出了重要的貢獻，也為古零土司世襲制度順利傳承將近四百年提供了民意基礎。
古零土司歷經三朝延續387年，傳承了十六代土司官，即一代覃日益，二代覃文顯，三代覃祖桂，四代覃大欽，五代覃達道，六代覃應爵，七代覃恩錫，八代覃鼎翰，九代覃懋勛，十代覃積成，十一代覃廷璽，十二代覃子儀，十三代覃兆鳳，十四代覃裕昌，十五代覃宏猷，十六代覃世齡。
古零土司辛亥革命以後，中國結束帝制，民國肇始，推行改土歸流，民國四年（1915年）八月，興隆、白山、古零等3個土司及下旺土司的部分城頭、那馬的王耿城頭、安定土司的奇零地合併成立隆山縣，古零土司完成了她的歷史使命，古零土司的金字招牌隨同消逝，古零土司官員勤儉持家的家風和勤政愛民的做法得到百姓稱頌相傳。民間留下了許多頌揚土司官員的故事。
例如覃益到任古零，山匪作亂，劫掠百姓，覃益向鄉民承諾短時間內剿滅，在出師剿滅大明山土匪的時候確得不到天時相助，漫天大霧遮天蔽日，隊伍連日作戰疲憊不堪，士氣低落。後得仙人託夢，大明山向北方有座椅山，山勢若青龍纏椅而得名，鳳凰和仙人化做兩山守於兩翼，椅山頂有塊平整頑石，乃為仙人和鳳凰論道的道場，虔誠求助，必得奇效。覃益遂帶侍衛不畏艱險、披荊斬棘，終於到達山頂，一對鳳凰正在山頂池邊飲水，羽毛金光閃爍，見到來人直飛到山頂的頑石上，對著他們鳴叫，隨從說道：此乃鳳凰合鳴，吉兆也！覃益領眾虔誠行禮。
覃益被天際一響雷把驚醒，只見烏雲翻滾天昏地暗，而後長風呼嘯，風捲雲翻，漸漸的雲開霧散，碧空如洗。
古零土司覃益所見天地瞬間大變頗為震驚，詢問周邊鄉民，得知確有鳳凰山、仙人山和椅山，遂帶領身邊侍衛尋山登頂，爬到山頂見大明山全貌盡收眼底，眾山成排林立於跟前，南邊山勢緩下，湖泊環繞，山後奇陡，驚險無比，不禁驚呼：此乃風水寶地也，立足於此有如君臨天下，受百官朝拜之勢。隨從在山頂一棵參天古松下收穫巨如蒲扇的靈芝，覃益驚喜不已。向山頂虔誠禮拜，下山後眾官兵將靈芝煮水服用，仙人託夢的事情也很快訊息傳開，眾官兵士氣大振。而後進山剿匪時來運轉，無往不利。覃益深信“仙人託夢”、“ 收穫靈芝”和“剿匪獲勝”如此巧合定是上天所賜，因此每年都會擇吉日親自到椅山祭祀報恩，祈求風調雨順，國泰民安。老百姓也自發追隨前往祈福。也就是後來發展到現在九月九日重陽節當天隆重的 古零公益節的民俗活動。
天啟年間第四代世襲巡檢 覃大欽親民如子更是被廣西南寧紀委收納為弘揚主旋律的例子。
天啟九年（1629年）八月間，古零土司轄區內的六隴城頭上段嘉善團一帶（今古寨鄉的加善、加顯、隆林村）突降暴雨，山洪暴發，一夜之間嘉善團十山八 變成一片澤國。大部分房屋、田地、莊稼、牲畜都被洪水浸淹，民眾生命財產受到威脅，損失嚴重。
訊息很快傳到古零土司衙署，覃大欽聽了匯報，顧不得老母病重在床，立刻帶上侍從，乘轎前往災區視察。當他走到六隴城頭下段古寨團的古棠村時，前面的路已經被洪水淹沒了，滿山遍野茫茫一片，山里山外行人被阻，車馬斷行。覃大欽所乘的大轎因此也被停下，阻滯在古棠村路上，無法前進了。
這時，師爺和侍從們都勸覃土司說：“覃大人，眼前洪水肆虐，大水封山堵路，無路可走了，數日洪水消退後，我們再來看望災民也不遲呀。”覃土司滿面愁容，心情沉重地對大家說：“不行，現在災區民眾正處於災難之中，民眾期待我們去幫他們出主意，解決燃眉之急的問題，我們不能半途而返。一定要克服障礙，可以不乘轎，大家徒步前行。”侍從們聽了覃大人的話，跟著他棄轎徒步，一步一步跋涉在崎嶇的羊腸小道上，前往災區。
他們一行走到嘉善團團部後，聽了藍團總的匯報，覃大欽覺得災情嚴重，立即和藍團總走村串戶去了解災情。當他看到山中的翠竹、莊稼、房屋、牲畜等都被浸泡在一片汪洋中時，他痛心不已，滿眼淚花。他和藍團總到半山腰一個岩洞查看到岩洞裡避險的潘氏人家，看到他家空蕩蕩無一家資時，覃大欽命師爺拿出一些碎銀子來給他們，並命藍團總立即去籌一斗糧來給他們解決無米之炊的困境。潘氏人家對覃土司的慰問和關懷，感動得淚涌涕流，全家人激動得向覃大欽行大禮，表示感謝。
覃大欽一行走到一個地方，看見一大戶人家敞開門庭，庭前貼有兩張告示，告示內容是：“因發大水，田畝被淹，顆粒無收。誰家哪戶缺糧斷炊者，可向我買糧或借糧。賣糧者糧價比平時高出一倍，借糧者還糧時也要加倍賠還。”聽說可以借糧，災民們高興非常，人人背袋挑籮前往，但到此戶門前，大家都望糧止步，不敢問津。如此高倍償還，誰擔當得起呢？因此，災民高興而來卻悻悻而去。覃大欽知道這一情況後，和大家微服前往，了解行情。
原來這家主人名叫潘某，是當地有名的豪紳，平時精於算計，會做賺錢的生意而發財。覃土司明白，這個人又要藉此洪水來發難民們的財了，如今一無所有、貧困交加的災民哪能要得起他的糧食呢？但若不要他的糧食，災民又怎樣度過這段缺糧少食的日子呢？他決定去和這個潘某交談。
覃大欽對潘某動之以情，曉之以理，千方百計說服潘某能以平價給災民們買糧或借糧，先解決當前燃眉之急。起初潘某傲氣十足，寸步不讓。當他知道在他面前的原來是古零土司覃大欽時，覺得自己也理虧，乘人之危來發財，有悖於良心。另外，潘某覺得如果不聽覃土司的勸告，日後有什麼不測風雲，土司不會放過自己，想發財也不得，日子不好過呀，權衡利弊，不得不考慮再三。最後潘某向覃大欽保證，同意平價向災民們賣糧、借糧。覃大欽一行也向潘某表示感謝，災民們得以買糧和借糧渡過災荒，覃大欽一樁心事終於落下。
入夜，藍團總帶著覃土司一行到琴堂屯歇息。聽說覃土司來到山裡視察災情，慰問災民，山民們宰了一隻大肥羊來招待。入席時，覃土司看到廳堂上擺了兩三桌香噴噴的羊肉宴，痛心地對大家說：“災民無糧飢，吾輩酒肉香。”遲遲不動筷子，心中憂慮如焚，擔心災民們日後生活怎么過。最後，他對藍團總和山民們鄭重地宣布：“凡是此次受災絕收或減收的農戶，今年免交皇糧國稅。”訊息一傳出，災民們振臂歡呼。後來，在加善至古寨的山道上，有人在路旁的一塊大石頭上用刀淺刻幾個大字：“土司棄轎徒步，勤政視民如子。”褒揚覃大欽土司的功績。後來因拓寬山路，人們在修路時，把這塊石頭炸掉了。
萬曆三十年（1602年），覃大欽因安撫受災流民有功，被朝廷晉封為顯武將軍。
隨著時代的變遷，黨和各級政府越來越重視對歷史文化遺產的挖掘和保護。為加強對土司文化遺產的保護，充分發揮少數民族文化遺產在傳承中華文化和促進經濟社會發展中的作用，更多的地方人大立法工作計畫研究起草《土司文化遺產保護條例》，我們相信古零土司精華文化在不久的將來將重換光芒。
