危害因素種類繁多，在啟動食品安全風險評估程式前，首先要經過篩選，以確定需要評估或優先評估的危害因素。危害識別是食品安全風險評估的第一個步驟，即確定人體攝入危害物的潛在不良作用，這種不良作用產生的可能性，以及產生這種不良作用的確定性與不確定性 。
目的
根據所有現有毒性和作用模式數據的評估結果，對不良健康效應進行證據權重評價。它主要解決兩個問題：①任何可能引起人體健康危害的某種因素的屬性；②可能出現一種明確危害的條件 。
數據來源
危害識別基於對多種數據的分析，這些數據來源於人類和家畜的觀察性研究、動物實驗研究、實驗室體外研究，直至對結構-活性關係的分析。從現有的實驗性和觀察性研究，可以確定任何毒性和不良健康效應的屬性及毒性作用的靶器官或靶組織 。
最直接反映有害物質毒性的是人群流行病學資料，包括從發生過的污染事件中觀察到的健康損害報導或臨床病例資料。但通常情況下，只有嚴重污染才會導致明顯的健康損害，因此流行病學和臨床資料相對較少，要更全面地了解有害物質的危害，就要採用動物毒性實驗、體外實驗、定量構效關係分析等方法。以上各種資料的重要性依次為: 流行病學資料>動物毒理學資料>體外毒理學資料>化學物構效關係資料 。
化學物的基本信息
食品中常見的化學性危害因素主要包括天然毒素、食品添加劑、農藥和獸藥殘留、重金屬、污染物等。對化學物質進行危害識別，首先要了解其基本信息，包括物質的名稱、結構、組成(包括同分異構體)、理化性質(分子式、分子量、密度、熔點、溶解度等)、實驗室分析方法等。
毒性資料
化學物的毒性資料可通過查詢相關毒理學文獻、資料庫等途徑獲得。常用資料庫包括聯合國糧農組織和世界衛生組織下的食品添加劑聯合專家委員會(JECFA)的食品添加劑資料庫、TOXNET毒理學網路資料庫、美國環保署(EPA)毒物釋放目錄(TRI)資料庫、日本既存化學物毒性資料庫、國際毒性風險評估資料庫等。
過程及內容
吸收、分布、代謝、排泄研究
實驗初期應首先進行物質的吸收、分布、代謝和排泄(ADME)研究，這有助於為動物實驗的進行確定合適的實驗動物種屬和毒理學實驗劑量。應儘可能全面而準確地了解受試動物與人在ADME方面的定性或定量差異，這能夠為識別暴露造成的危害及後續的風險評估過程提供重要信息 。
動物實驗
由於流行病學研究費用昂貴，過程複雜，資料往往缺少或難以獲得；較之體外實驗，動物實驗通常能提供更為全面的毒理學數據，因此危害識別中絕大多數毒理學資料都來自於動物實驗。動物實驗可以提供以下幾個方面的信息：一是毒物的吸收、分布、代謝、排泄情況；二是毒物的毒性效應指標、閾值劑量或未觀察到有害作用劑量等；三是毒物的毒性作用機制及其影響因素；四是物質之間的相互作用；五是機體對毒物的代謝途徑、參與代謝的酶和代謝產物等；六是慢性毒性發生的可能性及其靶器官或靶組織。常用於危害識別的動物實驗主要包括：急性毒性實驗、重複給藥毒性實驗、生殖發育毒性實驗、遺傳毒性實驗等 。
體外實驗
體外毒理學實驗主要用於毒性篩選以提供更全面的毒理學資料，也可用於局部組織或靶器官的特異毒效應研究。常用於危害識別的體外實驗主要包括：急性毒性實驗替代方法、遺傳毒性/致突變實驗體外方法、重複劑量染毒實驗體外方法、致癌性實驗體外方法、生殖發育毒性實驗體外方法等。分子生物學、細胞組織器官培養等生物技術的突飛猛進，為體外實驗的開展提供了良好的技術支撐 。
流行病學資料
流行病學調查所得到的是人體毒性資料，對於食品中危害因素的識別十分重要，是危害識別最有價值的資料。數據可能來自人類志願者受控實驗、監測研究、不同暴露水平的人群流行病學研究以及在特定人群中進行的實驗或流行病學研究、臨床報告、個案調查等。風險評估採用的流行病學研究必須按照公認的標準程式進行。在設計流行病學研究或套用流行病學研究陽性數據時需考慮人體敏感性的個體差異，還要考慮遺傳、年齡、性別、社會經濟、營養狀況等可能影響易感性的因素以及其他混雜因素 。
定量構效關係
構效關係即結構—活性關係，用以表示物質的生物學活性與其結構和官能團之間的關係。當利用已知的結構類似化學同系物的資料或用確定的靶點資料來預測化學物的活性時，該方法十分有效。定量構效關係分析可採用定量結構-活性關係(QSAR)模型，它可用於篩選、了解和預測化學物的活性，估測化學物的理化特性及毒性，並可採用分級法優選化學物來進行下一步的實驗。但該模型也存在一定的局限性，如模型預測結果僅可用於被選為相關性基礎的活性類型；建模時要求具備說明標準效應的生物學數據，因為實驗條件不同(如溫度、pH、離子強度、種屬、年齡等)，可能會影響生物學效應之間的可比性；QSAR 模型能夠預測一組具有相同作用機制的化學物的活性，卻無法預測一種非預期的活性類型等。
結構—活性關係分析廣泛套用於危害識別，如潛在的遺傳毒性、生態毒性等。根據大量現有化學物的毒性分析結果，利用結構—活性關係分析可預測某種新的化學物的潛在毒性。目前，這種方法已套用於對包裝材料遷移物和香料的評價 。
