車站結構
車站樓層
本站共有3層，地面為港前大道、南沙客運港及附近建築，地下一層為站廳；地下二層為預留15號線月台，以及來往站廳及4號線月台的緩衝平台；地下三層為4號線月台。
站廳
南沙客運港站現時乘客從站廳前往4號線月台時，需要下樓至緩衝平台後再下樓到月台層，亦可以通過連通三層的專用電梯（升降機）從站廳直接前往月台。
值得一提的是，為配合本站的設計理念，商店設計採用流線型透明鋪面設計，與一般車站的鋪面設計不同；由於車站開通時間不長，車站商店尚未有任何商家進駐。
車站藝術
本站是廣州捷運2017年新線開通車站中，其中一座設定“嶺南文化”主題站的車站（另外三站為南海神廟站、廣州北站、知識城站）。
本站的車站色係為雖然為海藍色，但為了突出本站其“一帶一路”的主題設計，柱子則採用光亮處理的設計，車站瓷磚也採用獨特的藝術石材設計，同時站廳中央的藝術品寶船，以及車站上方採用類似海鷗的燈具設計，使得整個車站具有獨特的視覺衝擊力 。值得一提的是，“寶船”側身設有多組售票機，是為本站特色。
月台
本站4號線設有兩個側式月台，位於海港大道地底；同時本站預留有一個島式月台供規劃中的15號線，位於港前大道南地底。
另外，4號線月台東端設有一組交叉渡線，供4號線列車在正常運營時進行站後折返工作；而4號線月台西端同樣設有一條渡線供4號線列車進行站前折返工作。由於站後雙存車線岔區由於線路限界的原因，接觸軌有幾個斷口。因此該處上空架設剛性接觸網，在列車所有受電靴都處於接觸軌斷口無法取得電力時，能夠通過降靴升弓從接觸網取電，從而自行恢復動力。
本站4號線兩個月台均設有公共洗手間和母嬰室，均設於站台西端。
出入口
南沙客運港站設有7個出入口，目前共開放6個出入口供乘客進出車站。
| 出口編號 | 出口指示 | 建議前往的目的地 |
|---|---|---|
| 出口A | 科技大道 | （暫未啟用） |
| 出口B | 港前大道南 | 蒲州花園、南沙灣公交總站 |
| 出口C | 港前大道南 | |
| 出口D | 科技大道 | 商貿南二路 |
| 出口E | 科技大道 | |
| 出口F | 科技大道 | |
| 出口G | 港前大道 | 南沙客運港、南沙客運港公車站 |
地理位置
該站位於南沙區科技大道和港前大道交叉路口地底，附近有南沙客運港、南沙天后宮景區、南沙濱海公園、蒲洲花園和英東中學。
鄰近車站
南沙客運港站是4號線的南端終點站，乘客可乘坐往黃村列車，往返廣州市區，大學城、番禺區以及南沙區各地。
利用狀況
南沙客運港站另外，車站南面附近有多所中國小校，以及住宅區；而北面的蒲州高新技術開發園區等辦公區，因此吸引了上述地方的乘客乘坐捷運。同時也吸引了虎門大橋北面的住宅區利用巴士接駁至本站乘坐捷運。但目前周邊正在開發中，因此本站除工作日平日較為冷清外，其餘時間會出現較為可觀的出入站客流。
由於車站距離南沙天后宮較近，因此在每年農曆三月廿三媽祖文化節，以及農曆新年期間，會有來自廣州市各地的乘客使用該站前往南沙天后宮拜祭媽祖以祈求平安。
值得一提的是，由於本站與其它新開通的車站設計較為獨特，被部分傳媒稱為“廣州最美捷運站” ，因此在本站啟用初期，吸引了許多來自廣州各地的乘客前往本站進行拍照紀念。
接駁交通
本站附近設有南沙客運港巴士站、南沙灣巴士總站等巴士站 。同時車站附近的南沙客運港亦方便乘客使用客輪前往香港澳門。
巴士
| 編號 | 起訖點 | 備註 | ||
|---|---|---|---|---|
| 南3 | 黃閣公交總站 | ↔ | 南沙灣 | |
| 南5 | 花語陽光花園 | ↔ | 南沙灣 | |
| 南18 | 南沙灣 | ↺ | 南沙灣 | 循環線 |
| 南19 | 南沙灣 | ↺ | 南沙灣 | 循環線 |
| 南53 | 南沙兒童公園 | ↔ | 南沙灣 | |
渡輪
•南沙客運港 ↔香港海天客運碼頭
歷史
本站早在2003年規劃中，設定本站為4號線南沙一端的終點站。由於當初規劃4號線經南沙北岸一帶布置，因此車站位置設於港前大道處，與現時的位置不同。同時也規劃與捷運11號線（南沙捷運環線，即如今的15號線）進行換乘。但在2011年規劃中，4號線南延段改為沿中部的南沙舊鎮行走後，雖然仍設有本站，但4號線的車站位置則調整為海港大道地底。並在地下二層預留了15號線的島式月台結構。
2014年4月21日，本站正式開工建設，是4號線南延段工程中最後一個開工的車站 。2016年7月25日，本站主體結構正式封頂 。
2017年12月28日，本站隨4號線南延段通車而啟用。
未來發展
15號線將於南沙客運港站設站，與4號線換乘。南沙客運港站在建設之時同時預留了一組島式月台供15號線使用，預計15號線開通後，地下二層的預留站台亦會啟用。
榮譽
2019年4月26日被評為“2018－2019十大最美捷運站獎”、最受公眾歡迎獎。
