內設機構
市衛生和計畫生育委員會內設20個處室。
辦公室、組織人事處、規劃與信息處、財務與審計處、政策法規與宣傳處、疾病預防控制處、衛生應急辦公室、醫政醫管處（體改辦）、基層衛生管理處、婦幼健康服務處、綜合監督處、計畫生育基層指導處、流動人口計畫生育服務管理處、計畫生育家庭發展處、科技教育處、血吸蟲病地方病防治處（市人民政府血吸蟲病地方病防治領導小組辦公室）、中醫藥處（市中醫藥管理局）、行政審批服務處、機關黨總支、監察室。
下屬單位
南昌市第一醫院、南昌市第二醫院、南昌市第三醫院、南昌市第九醫院、江西省精神病院、南昌市洪都中醫院、江西省皮膚病專科醫院、南昌市新華醫院、南昌市衛生學校、南昌市疾病預防控制中心、南昌市衛生監督所、南昌市男科醫院、南昌市婦幼保健所、南昌急救中心、南昌市血站、南昌市健康教育所、南昌市幹部保健管理辦公室、南昌市人口和計畫生育宣教服務中心、南昌市人口和計畫生育藥具管理站、江西衛生材料廠。
主要職責
（一）貫徹執行國家和省、市有關衛生和計畫生育事業發展的法律法規和方針政策，負責起草我市衛生和計畫生育事業發展的地方性法規、規章草案，擬訂政策規劃，組織制定有關標準和技術規範。負責統籌規劃衛生和計畫生育服務資源配置，指導各縣區衛生和計畫生育規劃的編制和實施。
（二）貫徹執行國家疾病預防控制規劃、國家免疫規劃，制定嚴重危害人民健康的公共衛生問題的干預措施並組織落實，制定衛生應急和緊急醫學救援預案、突發公共衛生事件監測和風險評估計畫，組織和指導突發公共衛生事件預防控制和各類突發公共事件的醫療衛生救援，授權發布法定報告傳染病疫情信息、突發公共衛生事件應急處置信息。
（三）負責制定職責範圍內的職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生、公共場所衛生、飲用水衛生管理規範、標準和政策措施，組織開展相關監測、調查、評估和監督，負責傳染病防治監督。組織開展食品安全風險監測、評估。
（四）負責組織擬訂並實施基層衛生和計畫生育服務、婦幼衛生髮展規劃和政策措施，指導全市基層衛生和計畫生育、婦幼衛生服務體系建設，推進基本公共衛生和計畫生育服務均等化，完善基層運行新機制和鄉村醫生管理制度。
（五）負責制定醫療機構和醫療服務全行業管理辦法並監督實施。制定醫療機構及其醫療服務、醫療技術、醫療質量、醫療安全以及采供血機構管理的規範、標準並組織實施，會同有關部門制定和實施衛生專業技術人員準入、資格標準，制定和實施衛生專業技術人員執業規則和服務規範，建立醫療服務評價和監督管理體系。貫徹落實國家藥物政策和國家基本藥物制度，執行國家基本藥物目錄。
（六）負責組織推進公立醫院改革，建立公益性為導向的績效考核和評價運行機制，建設和諧醫患關係，提出醫療服務和藥品價格政策的建議。
（七）負責完善生育政策措施，組織實施促進出生人口性別平衡的政策措施，組織監測計畫生育發展動態，提出發布計畫生育安全預警預報信息建議。制定計畫生育技術服務管理制度並監督實施。制定優生優育和提高出生人口素質的政策措施並組織實施，實施計畫生育生殖健康促進計畫，降低出生缺陷人口數量。
（八）負責協調推進有關部門、民眾團體履行計畫生育工作相關職責，建立與經濟社會發展政策的銜接機制，提出穩定低生育水平政策措施。組織建立計畫生育利益導向、計畫生育特殊困難家庭扶助和促進計畫生育家庭發展等機制。
（九）制定全市流動人口計畫生育服務管理制度並組織落實，建立流動人口衛生和計畫生育信息共享和公共服務工作機制。
（十）組織擬訂全市衛生和計畫生育人才發展規劃，指導衛生和計畫生育人才隊伍建設。加強全科醫生等急需緊缺專業人才培養，建立完善住院醫師和專科醫師規範化培訓制度並指導實施。
（十一）組織擬訂衛生和計畫生育科技發展規劃，組織實施衛生和計畫生育相關科研項目。參與制定醫學教育發展規劃，組織實施畢業後醫學教育和繼續醫學教育。
（十二）指導各地衛生和計畫生育工作，完善綜合監督執法體系，規範執法行為，監督檢查法律法規和政策措施的落實，組織查處重大違法行為。監督落實計畫生育一票否決制。
（十三）負責衛生和計畫生育宣傳、健康教育、健康促進和信息化建設等工作，依法組織實施統計調查，參與市人口基礎信息庫建設。
（十四）制定全市中醫藥中長期發展規劃，將其納入全市衛生和計畫生育事業發展總體規劃和戰略目標，並組織實施。
（十五）負責我市保健對象的醫療保健工作，負責市級部門有關幹部醫療管理工作，負責重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作。
（十六）承擔市政府血吸蟲病、地方病防治領導小組的具體工作，組織協調各有關部門開展血吸蟲病、地方病的綜合防治和科研監測工作。
（十七）擬訂全市衛生和計畫生育行政許可、審批、審核、登記發證工作的規範性檔案；組織、指導、協調全市衛生行政許可、審批、審核、登記發證的監督管理；承擔職權範圍內的行政許可、審批、審核、註冊登記及有關證照的發放管理。
（十八）負責推進、指導、協調、監督本部門、本系統的政府信息公開工作。
（十九）承辦市人民政府交辦的其他事項。
其他事項
（一）指導市計畫生育協會的業務工作。
（二）與市發展和改革委員會的有關職責分工：市發展和改革委員會負責研究提出全市人口發展戰略，擬訂全市人口發展規劃和人口政策，研究提出人口與經濟、社會、資源、環境協調可持續發展．以及統籌促進人口長期均衡發展的政策建議。市衛生和計畫生育委員會負責擬訂全市計畫生育政策措施，研究提出與計畫生育相關的人口數量、素質、結構、分布方面的政策建議，促進計畫生育政策與相關經濟社會發展政策的銜接配合，參與制定全市人口發展規劃和政策，落實人口發展規劃中的有關任務。
（三）與市食品藥品監督管理局的有關職責分工。1.市衛生和計畫生育委員會負責食品安全風險評估和食品安全地方標準制定。市衛生和計畫生育委員會會同市食品藥品監督管理局等部門制定、實施食品安全風險監測方案。市食品藥品監督管理局應當及時向市衛生和計畫生育委員會提出食品安全風險評估的建議。市衛生和計畫生育委員會對通過食品安全風險監測或者接到舉報發現食品可能存在安全隱患的，應當立即組織進行檢驗和食品安全風險評估，並及時向市食品藥品監督管理局通報食品安全風險評估結果。對於得出不安全結論的食品，市食品藥品監督管理局應當立即採取措施。需要制定、修訂相關食品安全地方標準的，市衛生和計畫生育委員會應當儘快制定、修訂。2.市食品藥品監督管理局會同市衛生和計畫生育委員會建立重大藥品不良反應和醫療器械不良事件相互通報機制和聯合處置機制。
