福清少林寺坐落在福清市東張鎮新寧里肖林村。肖林村原名少林，《八閩通志》、《三山志》、《福州府志》等均有福清少林寺的記載。流傳於福清民間的《請神薄》上有“少林寺伽藍”之名。少林寺遺址位於新寧里彌勒山南坡，寺院依山而建，有八座層次分明的平坦地台，第二殿右側有馬廄、練功場、少林僧人墓葬等遺蹟。寺前約400米的石板橋有刻著“少林院沙門謹募眾緣，共發心德，舍造下洋石橋一間”條石一塊，可作為福清少林寺的佐證。1993年，福建省武協派人對福清少林進行考察，並結合文獻記載，認定福清少林寺確實存在，其依據有五： 1.福清少林寺於清乾隆以後消失，與傳說中康熙年間毀少林之事吻合。2.福州府無福田縣，仰為福清縣之謬。 3.福清地屬福州府，地理位置恰為閩中，與《少林拳術秘訣》中南少林在“閩中”相符。 4.福清古代亦有武僧，《後村大會集》中“得法於鐵鞭韶”的德誠和尚，便是福清高僧。 5.莆田無九連山，福清少林遺址坐落在與永泰、莆田交界處的九連山脈，極有可能是“真正”的“南少林”。
1993年7月13日，《福建僑報》率先發表《福清也有少林寺》一文，由此引出福建省境內的第三座少林寺—福清少林寺。
