歷史沿革
1982年經微山縣政府批准成立為縣級南四湖保護區，1996年濟寧市政府又將南四湖確立為市級自然保護區，2003年經山東省政府批准成為省級自然保護區。
地理環境
位置
南四湖省級自然保護區位於山東省濟寧市微山縣、任城區、魚台縣境內。地理坐標：3427'一3520'N，11634'一117E。
氣候
南四湖省級自然保護區屬暖溫帶季風大陸性氣候，四季分明。年均降雨且為773.6mm，年平均日照2515.5h，陸地年平均氣溫為13.8C，湖內年平均氣溫為14.3C。
水文
南四湖平均水深1.46m，歷史最高水位36.48m，最大蓄水面積12.66平方千米，最大蓄水量為53億立方米，流域跨越山東、江蘇、河南、安徽4個省32個縣 (市)，總流域面積317萬公頃，入湖河道共有53條，出湖水道主要有3條。
南四湖屬中國準河以北地區面積最大，結構完整，保存較好的內陸大型淡水草型湖泊，占山東省淡水面積的47%，是中國十大淡水湖泊之一。
區域範圍
南四湖省級自然保護區總面積127547公頃 ，其中核心區面積45107公頃、緩衝區面積40359公頃、實驗區面積42081公頃。
自然資源
植物資源
南四湖省級自然保護區風光湖區自然環境獨特、生物資源多樣，有各種植物195種，其中楊、柳、泡桐等48種，蘆葦、簏草等水生植物147種，國家級保護植物5種，在《瀕危野生動植物國際貿易公約》中受保護的有30種。
南四湖是典型的濕地生態系統，是歷史上黃河南泛侵奪淮泗以及京杭運河泗水道段淤積800餘年演替而成，植被群落有明顯的古老性、自然性、稀有性和多樣性特徵。可利用的食用、藥用、澱粉、糖類、芳香、油料和花卉等植物豐富，優勢樹種楊、柳和水生維管束植物蘆葦、蒲草等，保護利用價值高。
動物資源
南四湖自然保護區有各種脊椎動物321種。其中：魚類80種、兩棲類7種、爬行類11種、鳥類205種、獸類18種。脊椎動物中有國家Ⅰ級保護動物有大鴇、東方白鸛2種，國家Ⅱ級保護動物有大天鵝、鴛鴦、長耳鴞等24種，山東省重點保護動物35種。在《瀕危野生動植物種國際貿易公約》中受保護的野生動物有31種。另外，保護區內無脊椎動物中有浮遊動物248種、底棲動物68種、昆蟲415種。豐富的動物資源是南四湖濕地生物多樣性、典型性的重要體現。
南四湖80種魚類中，分別隸屬於9目16科53屬。其中，鯉科魚類種數最多，達55種，占總種數的68.7 %；其次是鱨科5種，占總種數的6.2 %；鰍科、鮨科各3種，分別占3.8%；其它各類共14種，占17.5%。
兩棲類1目4科7種，其優勢種為蟾蜍科的中華大蟾蜍、花背蟾蜍以及蛙科的黑斑蛙。
爬行類有3目5科11種，常見種類烏龜為山東省重點保護動物，無蹼壁虎為中國特有種類。
205種（其中水禽81種）鳥類隸屬於17目、53科。其中留鳥35種，占鳥類總種數的17.1%；夏候鳥49種，占23.9%；冬候鳥25種，占12.2%；旅鳥96種，占46.8%；廣布種有180種，占保護區鳥類總種數的87.8%；古北種有14種，占6.8%；東洋種有11種，占5.4%。
獸類有5目9科18種，其黃鼬、艾鼬、狗獾、豹貓、赤狐為山東省重點保護動物。
生態價值
社會和文化價值：湖區及周圍民眾以養殖、水稻和農作物生產為主要經濟收入。區內建有革命傳統教育基地、生態旅遊觀光區，蘊藏著豐富的“古運河文化”。
水文自然價值：抵禦洪水、減少徑流、蓄洪防旱、調節水源、調節氣候、維護濕地生態系統平衡；開展越冬水禽的保護和研究，合理開發利用自然資源和人文景觀等。
保護措施
已採取的保護措施：
①1982年建立縣級自然保護區。1996年建立市級自然保護區，2003年建立省級自然保護區;
②2004年成立“濟寧市南四湖自然保護區管理局”；
③2005年濟寧市政府出台了《濟寧市南四湖自然保護區管理辦法》、成立了以市長為主任委員的“濟寧市南四湖自然保護區管理委員會”；
④2005年一2006年在自然保護區實驗區和核心區分界處安裝了570多個界樁，界牌和浮標；
⑤積極開展國家級自然保護區申報晉升工作。編制完成了山東南四湖自然保護區綜合科學考察報告、總體規劃，2006年5月份通過了國家林業系統國家級自然保護區評審委員會的評審，對申報晉升材料進一步修改完善後，已上報國家環保總局國家級自然保護區評審委員會等待終評審；
⑥積極申報濕地恢復工程項目。申報的“山東南四湖濕地保護與恢復示範工程項目可行性研究報告”已經國家林業局批覆，總投資1433萬元，項目第一期投資資金已撥付到位；
⑦大力開展退耕、退池還林、還濕、還湖工程，累計面積11.5萬畝，營造還湖綠化帶210萬畝；
⑧微山縣成立湖上執法隊伍，負責保護區巡護工作和檢查；
⑨開展宣傳教育活動，設定宣傳牌並經常利用當地廣播、報刊、電視等宣傳保護水禽和濕地的重要性。
建議採取的保護措施：“解決保護區域地的管理權屬問題，使保護區管理機構更好地行使保護管理職權；核心區禁止一切漁業捕撈等生產活動；有計畫地遷移安置核心區內的漁民；沿湖煤礦及建設項目要依法批覆、防治污染，對破壞自然保護區自然環境和自然資源的要及時恢復治理，或給予自然保護區生態經濟補償；儘快設立自然保護區公安機構和基層管理機構等。
面臨問題
合併圖冊干擾，威脅，包括土地利用的變化和主要開發項目:
①在保護區：冬季當地漁民竭澤而漁，減少了越冬水禽的食物。
②周圍或區域範圍：周圍部分地區工業的污染，日常生活用水的污染及農業灌溉回流的污染，養殖業的發展和風景區的建設，皆對保護區生態系統產生影晌。
科研活動：保護區濕地恢復治理研究；開展鳥類環志工作；水禽種類組成調查與保護研究。
保護宣傳：利用廣播、電視，圖片和大型廣告牌。利用每年“法制宣傳月”和“愛烏周”活動等，宣傳保護水禽和濕地的重要性。
娛樂和旅遊活動：每年都有許多遊客閒暇觀光和參觀歷史遺蹟。
