發展歷史
歷史沿革學院其歷史可追溯到原國立中央大學園藝系（1921年）和原金陵大學園藝系（1927年）。
1921年，國立東南大學（後為國立中央大學）在國內首先創辦園藝系。
1927年，私立金陵大學設立園藝系。
新中國成立後兩所大學分別更名為國立南京大學和公立金陵大學。1952年，國立南京大學農學院和公立金陵大學農學院合併成立南京農學院，原兩校園藝系的主要師資調往浙江農學院（後更名為浙江農業大學，現併入浙江大學）和山東農學院（即現山東農業大學），僅保留部分師資成立南京農學院果蔬教研組，歸併入農學系。
1958年，恢復第一屆果樹蔬菜專業本科生招生。
1965年，從農學系分開，成立南京農學院園藝系。
1972年1月，南京農學院與當時的蘇北農學院合併成立江蘇農學院時，設園藝系建制。
1979年復校至1984年，學校更名為南京農業大學，一直設有園藝系。
1982年，學校經國務院學位委員會批准獲得蔬菜專業碩士學位授予權。
1983年，學校經國務院學位委員會批准在農業院校中第一個恢復觀賞園藝本科專業。
1985年，學校建立中藥材學科，2年制專科開始招生。
1986年，學校經國務院學位委員會批准獲得果樹專業碩士學位授予權，獲得蔬菜專業博士學位授予權。
1989年，學校經國務院學位委員會批准獲得觀賞園藝專業碩士學位授予權。
1992年，學校建立果樹專科班。
學院活動1993年，學校建立園藝與花卉專科班，蔬菜學科 被評為農業部重點建設學科。
1994年，學校蔬菜學科被評為江蘇省重點建設學科，中藥材生產二年制專科升格為四年制本科專業。
1999年，學校果樹學設立博士點，果樹、蔬菜、觀賞園藝三個本科專業合併為園藝專業。
2000年10月8日，學校撤系建院，成立南京農業大學園藝學院，園藝學一級學科獲批博士學位授權點。
2001年，學院與農學院共同組建了作物遺傳與種質創新國家重點實驗室，“園藝科學與套用”學科群被列為“十五”“211工程”學校八大重點建設學科群之一，果樹學、蔬菜學、園林植物與觀賞園藝學、中藥材科學四個教學機構調整為園藝學系、園林學系、中藥材科學系等三個系。
2002年，學院蔬菜學科被評為國家重點學科。
2003年，學院獲準設立“設施農業科學與工程”本科專業，2004年開始招生，增設觀賞園藝博士點（自主設定）、中藥學設立碩士點。
2004年，學院增設藥用植物學、設施園藝博士點（自主設定）。
2005年，學院在建築學一級學科下，設立了“城市規劃與設計（含風景園林規劃與計）”二級學科碩士點。
2006年，學院果樹學科被列為江蘇省重點建設學科，園藝專業被評為江蘇省特色專業。
2007年，學院蔬菜學科在國家重點學科考核評估中進入新一級建設行列。
2008年，學院成立農業部南方蔬菜遺傳改良重點開放實驗室，園藝學一級學科被認定為江蘇省重點學科，“園藝科學與套用”被列為“211工程”三期建設項目，園藝專業升格為江蘇省品牌專業點。
2009年，學院園藝專業被確立為國家特色專業建設點，園藝學一級學科被認定為江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點，教育部批准成立“園藝作物種質創新與利用工程研究中心”，農業部批准建設“國家果梅楊梅種質資源圃”。
2013年，學院設中藥學碩士學位授權一級學科點。
辦學條件
院系設定
截至2014年5月，學院設園藝學系、園林系、中藥材科學系、設施農業科學與工程系、茶學系5個教學系，設有6個本科專業。
| 系 | 專業 |
| 園藝學系 | 園藝學 |
| 園林系 | 園林、風景園林 |
| 中藥材科學系 | 中藥學 |
| 設施農業科學與工程系 | 設施農業科學與工程 |
| 茶學系 | 茶學 |
| 資料來源： | |
師資力量
截至2014年5月，學院有教職工147人，其中教授36人、副教授53人；有專任教師121人，其中高級職稱教師占73.55%，具博士學位教師占85.95%，具有海外一年以上學術經歷的教師占46.7%；有“長江學者獎勵計畫”特聘教授1人，國家百千萬人才工程入選人員1人，“國家傑出青年基金”獲得者2人，教育部新世紀優秀人才9人；江蘇省“333人才”工程第一層次1人，第二層次3人，第三層次4人；江蘇省特聘教授1人；江蘇省雙創人才4人；校鐘山新秀4人；江蘇省優秀教學團隊1個。
江蘇省優秀教學團隊：園藝作物育種學教學團隊（2010年）
| 國家百千萬人才工程入選人員：陳發棣 教育部新世紀優秀人才：吳俊等 “長江學者獎勵計畫”特聘教授：陳發棣 江蘇省特聘教授：陳發棣 青年長江學者：吳巨友 江蘇省“333人才”工程第一層次：張紹鈴 江蘇省“333人才”工程第二層次：陳發棣、柳李旺、吳俊 江蘇省“333人才”工程第三層次：吳巨友、蔣甲福、滕年軍、吳俊 |
教學建設
截至2014年5月，學院有1個國家級特色專業，1個江蘇省重點專業，1個江蘇省品牌專業；國家精品課程1門，國家雙語示範課程1門，江蘇省精品課程1門。
國家級特色專業：園藝
江蘇省品牌專業：園藝
江蘇省重點專業：園藝
國家精品課程：園藝作物育種學
國家雙語示範課程：園藝作物育種學（雙語）
江蘇省精品課程：園藝作物育種學
學科建設
截至2014年5月，學院有1個博士後科研流動站，1個一級學科博士學位授權點，6個二級學科博士學位授權點，1個一級學科碩士學位授權點，6個二級學科碩士學位授權點和3個專業學位碩士授權點；其中1個二級學科國家重點學科，1個農業部重點學科，1個江蘇省級重點學科，1個江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點，1個江蘇省優勢學科。
•學科授權目錄
博士後科研流動站：園藝學
一級學科博士學位授權點：園藝學
二級學科博士學位授權點：果樹學、蔬菜學、觀賞園藝學、茶學、藥用植物學 、設施園藝
一級學科碩士學位授權點：中藥學
二級學科碩士學位授權點：果樹學、蔬菜學、觀賞園藝學、茶學 、風景園林學、設施園藝學
專業學位碩士授權點：農業推廣、風景園林、中藥學
•重點學科
二級學科國家重點學科：蔬菜學
農業部重點學科：蔬菜學
江蘇省級重點學科：果樹學
江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點：園藝
江蘇省優勢學科：現代園藝學
學術科研
科研平台
截至2014年5月，學院有教育部工程研究中心1個，農業部重點實驗室1個，農業部重點開放實驗室1個，江蘇省級科研機構2個，校級科研機構7個，江蘇省現代農業產業技術創新團隊3個，江蘇省“青藍工程”科技創新團隊培養對象1個。
教育部工程研究中心：教育部園藝作物種質創新與利用工程研究中心
農業部重點開放實驗室：農業部南方蔬菜遺傳改良重點開放實驗室
農業部重點實驗室：農業部華東地區園藝作物生物學與種質創製重點實驗室
江蘇省級科研機構：江蘇省果樹品種改良與種苗繁育中心 、江蘇省花卉培育工程技術研究中心
校級科研機構：南京農業大學果樹研究所、南京農業大學蔬菜研究所、南京農業大學茶葉科學研究所、南京農業大學花卉研究所、南京農業大學中藥材研究所、南京農業大學設施園藝工程技術中心、南京農業大學園林景觀規劃設計研究所
江蘇省“青藍工程”科技創新團隊培養對象：梨樹功能基因組學與套用創新團隊
江蘇省現代農業產業技術創新團隊：“十字花科蔬菜育種”創新團隊、“設施蔬菜高效栽培”創新團隊、“特種花卉品種”創新團隊
科研成果
2006-2010年，學院獲“國家技術發明二等獎”、“國家科技進步二等獎”，江蘇省農業推廣獎一等獎，江蘇省科學技術獎一等獎，教育部技術發明一等獎各1項。
截至2014年，學院共承擔國家級科研項目120項，部省級科研項目160項，其中“863”計畫1項，科技部“973”計畫2項，國家自然基金61項；獲得了19項省部級以上的獎勵，其中3項成果獲國家科技進步二獎等獎。獲得國家發明專利47項，育成果、菜、花、茶新品種83個。
2015年，學院2項科研項目獲江蘇省“333工程”資助。2016年，學院3項成果獲2015年度教育部科技獎勵。
| 時間 | 項目名稱 | 獲獎類別 |
| 1985年 | 不結球白菜品種資源收集、整理和周年系列新品種的選育推廣 | 國家科技進步二等獎 |
| 1992年 | 不結球白菜豐產多抗優質“矮抗1、2、3號”系列新品種選育推廣和育種技術的研究 | 國家科技進步二等獎 |
| 2005年 | 不結球白菜優異種質創新方法及其套用 | 國家技術發明獎二等獎 |
| 2007年 | 菊花新品種選育與推廣套用 | 農業部中華農業科技獎二等獎 |
| 2008 | 菊花種質創新與新品種選育 | 教育部科技進步二等獎 |
| 2011年 | 梨自花結實性種質創新與套用 | 國家科技進步獎二等獎 |
| 2011年 | 主要商品盆花新品種選育及產業化關鍵技術與套用 | 國家科技進步二等獎 |
| 2013年 | 梨高光效樹型及花果管理關鍵技術研究 | 教育部技術發明一等獎 |
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文化傳統
院訓
勤於園，精於藝，厚於德，勇於新
院訓院徽
院徽釋義：院徽圖案來源於“園藝”的篆文，去園的外框象徵一片綠色園地，取藝字象徵人類栽培植物的技藝，兩字結合以表現“園藝再現美好自然”的寓意及園丁培育人才的辛勤勞動，同時也表達藝術來源於生產和生活的哲學理念。
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 黨委書記 | 陳勁楓 |
| 院長 | 吳巨友 |
| 黨委副書記 | 韓鍵 |
| 副院長 | 房經貴 |
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