研究院現設四個部門:研究部、辦公室、事業部和《產業經濟研究》雜誌編輯部。現有正式工作人員9人。博士學位獲得者5人,其中教授1名、副教授1名、講師三名,均畢業於國家985工程大學。同時,研究院聘請了多位著名經濟學家擔任兼職研究員,有效提高了研究院的科研水平。
研究院設有區域經濟學碩士點,招收和培養區域經濟發展與區域產業政策研究、區域市場與區際商品流通研究和區域經濟發展模式研究三個方向的碩士研究生。
近年來,研究院先後獨立或合作完成一批國家、省部級研究課題,同時還廣泛與各級政府部門企事業單位合作,承擔完成多項橫向研究課題。由南京財經大學主辦、研究院主編的《產業經濟研究》入選CSSCI目錄。此外,研究院從2006年起,連續五年編寫《江蘇產業發展報告》,引起了廣泛的社會反響。
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