主要職責
根據《中共江蘇省委、江蘇省人民政府關於印發〈南京市機構改革方案〉的通知》（蘇委[2001]143號）和《中共南京市委、南京市人民政府關於南京市市級黨政機關機構改革的實施意見》（寧委發[2001]35號）的規定，保留市政府辦公廳 ，為市政府工作機構，市政府研究室與其合署辦公。
一、主要職責
（一）負責市政府會議的準備工作，協助市政府領導同志組織會議決定事項的實施。
（二）協助市政府領導同志審核或組織起草以市政府、市政府辦公廳名義發布的檔案、電報；
負責起草市政府領導同志部分講話稿和其他文稿。
（三）辦理黨中央、國務院、省委、省政府及有關部門和城市傳送市政府的檔案、電報；研究市政府各部門和各區縣人民政府向市政府請示的問題，提出審核處理意見，報市政府領導同志審批。
（四）根據市政府領導同志的要求，協調市政府有關部門的工作。
（五）協助市政府領導同志組織處理需由市政府直接處理的突發事件和重大事故。
（六）督促、檢查市政府各部門和各區縣人民政府對國務院、省政府和市政府檔案、指示及市政府會議決定事項、市政府領導同志重要批示的貫徹執行情況，並向市政府領導同志報告。
（七）負責全國人大、全國政協、省人大、省政協和市人大、市政協的有關建議、提案的辦理工作。
（八）負責向省政府辦公廳報送重要政務信息；蒐集整理信息，準確及時地向市政府領導同志反映情況，提出建議。
（九）圍繞全市中心工作，組織調查研究，及時反映情況，提出建議；參與全市經濟和社會發展戰略、中長期計畫、重大政策措施的研究和論證。
（十）聯繫和組織市經濟社會發展諮詢委員會及其他方面的專家學者，圍繞市領導的決策需要，開展諮詢論證和軟科學研究。
（十一）負責市政府值班工作，及時向市政府領導報告重要情況，協助處理各部門和各區縣向市政府反映的重要問題。
（十二）指導全市政府系統政務信息化建設工作。
（十三）統一刻制頒發各區人民政府及市人民政府各委、辦、局及直屬單位印章。
（十四）做好辦公廳行政事務、安全保衛和機關人事、思想政治工作；為市政府領導服務。
（十五）歸口管理市政府法制辦；聯繫市政府參事室；管理市政府各駐外辦事處和市無線電管理委員會辦公室。
（十六）辦理市政府領導交辦的其他事項。
二、內設機構
根據上述職責，市政府辦公廳內設17個職能處（室）。
（一）總值班室（掛“接待處”牌子）
負責市政府值班工作；協助領導處理來訪和處置突發事件；協助安排市政府領導同志的重要活動，大型會議的會務工作；負責國家及有關部門、省（自治區、直轄市）領導及各地政府和政府辦公廳（室）負責人的接待工作。
（二）機要秘書處
負責公文處理、檔案印發和交換、機要通訊工作；管理市政府及辦公廳印鑑，負責各區政府、市政府各部門印鑑的制發；負責辦公廳檔案、保密工作；具體承辦有關因公出國（境）批件辦理檔案；負責聯繫人事、外事等方面的工作，辦理文電。
（三）市長秘書處
負責市政府常務會議、市長辦公會議的記錄、會議紀要的整理和有關會務工作；負責落實市領導的日常活動安排和服務工作；負責市長文電的傳遞管理、領導批件和有關信函的處理工作。
（四）綜合信息處
負責起草市政府主要領導同志部分文稿，市政府召開的全市性、綜合性會議和市政府重大工作部署貫徹落實情況的報告；負責起草向省政府的工作匯報；負責政務新聞協調；負責政務信息工作，指導全市政府系統政務信息化建設；負責政務公開聯繫工作。
（五）督查處
負責市政府主要檔案、重要會議決定事項貫徹落實情況的檢查督促工作；辦理上級領導機關交辦的督查事項和市政府領導同志的批示；負責全國、省及市人大、政協交市政府的建議、提案的辦理工作。
（六）計畫財經處
負責聯繫發展計畫、財政、稅務、金融、保險、證券、物價、審計、體改、統計等方面的工作，辦理文電。
（七）工業交通處
負責聯繫工業、交通、電信、郵政、電力、鐵路、港口、勞動和社會保障、無線電管理、質量技術監督、藥品監督管理、安全生產等方面的工作，辦理文電。
（八）農村工作處
負責聯繫郊縣、農村經濟、農林、水利、防汛抗旱、農村土地管理、綠化、氣象、鄉鎮企業、小城鎮建設、農墾、農業資源開發、民政、殘聯、雙擁等方面的工作，辦理文電。
（九）商貿旅遊處
負責聯繫商業、糧食、供銷、物資、工商管理、鹽務管理、菸草專賣、經濟協作、旅遊、第三產業發展等方面的工作，辦理文電。
（十）城建管理處
負責聯繫城鄉規劃、城市建設與管理、市政公用、建築工程、環保、市容、園林、人防、房產與住房制度改革、市區土地管理等方面的工作，辦理電文。
（十一）外經科技處
負責聯繫外經貿、對台、僑務、開發區、科技、公安、安全、司法、監察、保密、社區建設、區街經濟等方面的工作，辦理電文。
（十二）教育文衛處
負責聯繫教育、文化、文物、衛生、計畫生育、民族宗教、體育、廣播電視、新聞出版、檔案、地方志、政府法制、精神文建設等方面的工作，辦理文電。
（十三）政策研究處
負責決策、政策的研究，參與市政府領導同志重要文稿的起草工作；承擔全市科技、對外開放、城市規劃建設與管理、區域經濟與流域經濟的調查研究工作。
（十四）經濟研究處
負責反饋政府決策、改革發展、重大舉措和重大項目的實施情況以及各方面的反映，並提出調整意見和建議；承擔工業、農業和農村經濟、城區經濟的調查研究工作。
（十五）發展研究處
負責巨觀發展戰略的研究和諮詢服務工作；聯繫南京市經濟社會發展諮詢委員會的工作；承擔社會事業發展、財稅金融、商貿流通、非公有制經濟的調查研究工作。
（十六）人事處
負責廳（室）機關及辦公廳管理單位的機構編制、人事管理工作；辦理廳（室）機關人員出國（境）政審。
（十七）行政處
負責市政府領導同志的有關服務事務；負責辦公廳的財務、固定資產、安全保衛、車輛和辦公樓管理等行政後勤工作。
機關黨委。負責廳（室）機關及辦公廳管理的部分單位黨群工作。
設立老幹部處。
另按有關檔案規定設定紀檢監察機構。
三、人員編制和領導職數
市政府正副市長、正副秘書長和按規定行政關係仍在市政府辦公廳的領導同志的行政編制單列，其編制數額隨人數增減相應變動。
市政府辦公廳（研究室）行政編制118名。另核行政附屬編制15名，其中：老幹部服務人員編制4名，後勤服務人員編制11名。
領導職數為：市政府辦公廳（研究室）主任2名，副主任、紀檢組長5名；正副處長52名，其中：正處長20名（含監察室主任1名、機關黨委專職副書記1名），副處長32名。
四、其他事項
（一）市政府參事室是市政府所屬的工作部門，是具有統戰性、諮詢性的機構，正局級，其主要職責是參政議政，在政府工作中發揮諮詢作用。內設秘書處。行政編制10名，行政附屬編制2名。領導職數為：參事室主任1名、副主任1名，處長1名、副處長2名。
（二）市政府駐外辦事處設定5個。駐外辦事處是代表市政府在駐地的辦事機構，其主要職責是負責與駐地溝通、聯絡；開展政務以及經濟、科技等信息交流和橫向經濟技術協作工作，為招商引資牽線搭橋；協助組織聯絡我市到駐地舉辦各種經濟、文化活動；為市領導到駐地提供接待服務，為市機關、區縣和企事業單位到駐地開展公務活動提供服務。駐北京辦事處為正局級，內設秘書處、綜合處、經濟處、接待處。駐上海、深圳、廈門辦事處為副局級。上海、深圳辦事處，內設秘書處、綜合處、經濟處；廈門辦事處，內設秘書處、經濟處。駐廣州辦事處為正處級，內設秘書科、經濟科。市政府駐外辦事處人員編制總數為113名，其中專項編制44名，事業編制69名（全額撥款16名、自收自支53名）。領導職數為：正局級1名，副局級4名，處級17名。
（三）市無線電管理委員會辦公室是市無線電管理委員會的辦事機構，負責我市無線電日常管理工作，正處級建制。行政編制7名，行政附屬編制1名。領導職數為：主任1名（兼），副主任（正處級）2名。其主要職責是貫徹執行國家有關無線電管理的方針、政策、法規，擬定本市無線電管理方面的政策和無線電頻率區域內的規劃及無線電通信建設發展規劃；協調處理我市無線電管理方面的事宜；審批無線電台（站）的建設布局和台（站）場址、指配無線電台（站）的頻率和呼號，核發電台執照；負責全市無線電監測工作；指導各區縣及部門、單位無線電管理的業務工作。
（四）原辦公廳編輯資料處更名為《南京經濟》編輯部，為正處級事業單位，核定全額撥款事業編制5名，參照國家公務員制度進行管理。
現任領導
閔一峰：南京市人民政府辦公廳主任；
楊維國：南京市人民政府辦公廳副主任
劉建華：南京市人民政府辦公廳副主任（正局）
時金峰：南京市人民政府辦公廳副主任
鍾利：副巡視員。
