近3年來(2007.9-2010.9),電子商務系教師共主持電子商務相關的國家自然科學基金項目7項,教育部人文社科項目3項。與此同時,電子商務系還承擔大中型企業的管理諮詢和電子商務系統開發項目,出版了一批高水平的專著和教材,並於2005年獲得國家級優秀教學成果獎二等獎。為加強學生的國際化視野,電子商務系與香港城市大學諮詢管理系簽署了對等交換生計畫(每年互派3-5名學生到對方學習,除此之外本系學生還可參加其它南京大學組織的交換生計畫)。
本專業在課程設定方面充分貫徹厚基礎、寬口徑的辦學思想,同時強化學習能力培養。在寬厚的經濟學、管理學以及信息技術基礎知識的基礎上,設定的專業主幹課程有:電子商務原理、 網際網路技術與網路安全、線上銀行與電子支付、 電子商務物流管理、網路行銷與CRM、電子化採購與B2B、ERP原理與套用、網站設計與開發、電子零售與消費者行為、電子商務系統開發與管理等。本專業畢業生能夠在IT、製造、貿易、物流、諮詢、電信、銀行、證券、教育等行業及政府機關從事電子商務套用模式的策劃與諮詢,電子商務業務的運營與管理、電子商務系統的設計與開發、以及相關的科學研究等工作。