機構設定
院長
呂建（副校長）
常務副院長
許鈞
副院長
朱俊傑 朱易然（蘇州研究生院）
院長助理
張巧林
綜合辦公室
主任：張巧林成員：馬曦
招生辦公室
主任：陳謙副主任：李松成員：陸國平 邊鶴華 趙仁鈴
培養辦公室
主任：卞清成員：吳珺瓊 鄒冬雲 仇鵬飛 葉鵬飛
校學位評定委員會辦公室
主任：吳曉曼成員：夏紅雲 金光
思想教育與管理辦公室
主任：陳靜成員：敖永勝 周玥 宋志萍
黨委研究生工作部
部長：杭祝洪副部長：陳靜成員：敖永勝 周玥 宋志萍
蘇州研究生院
院長：呂建（副校長）副院長：朱易然成員：薛業飛 楊茜
專業學位辦公室
主任：朱易然成員：薛業飛 楊茜
主要職能
綜合辦公室
南京大學研究生院（1）、協助院長協調研究生院日常行政工作；
（2）、負責各類經費的管理與使用；
（3）、負責月工作小結、學期工作總結及工作計畫的匯總與上報；
（4）、負責印信的管理與使用，信件、檔案收發、管理與歸檔；
（5）、負責計算機網路與信息管理；
（6）、負責對外接待與聯絡，各類會務組織與安排；
（7）、負責院長辦公會議及全院工作會議；
（8）、負責工作人員的人事工資事宜；
（9）、負責各類物品的管理與使用。
招生辦公室
（1）、組織博士生招生；
（2）、組織碩士生招生；
（3）、組織港澳台地區的研究生招生；
（4）、組織在職申請碩士專業學位招生；
（5）、參與江蘇省招生辦指定的報名點、考點、閱卷點工作；
（6）、參與江蘇省學位辦指定的報名點、考點工作。
培養辦公室
（1）、制訂或修訂南京大學研究生培養工作管理的各類規章制度及改革措施；
（2）、制訂或修訂全校研究生學科、專業培養方案，並督促檢查研究生培養措施；
（3）、負責檢查督促研究生課程教學內容的更新，制訂研究生課程建設規劃，組織編寫、資助出版、更新教材等工作；
（4）、負責全校研究生日常教學管理，課程安排、教學計畫實施，組織公共課教學，包括教師聘請，教材訂購及印刷、考務等；
（5）、負責研究生公派出國（境）選派及自費出國留學手續，在外研究生的延期及回國恢復學籍，審核並辦理研究生出國成績及學歷證明等；
（6）、負責來華留學生入學資格的審核，國外和港澳台研究生的學位和課程教學管理；
（7）、負責研究生學籍管理（入學報到、註冊、糧油戶口遷移、各類材料發放）；
（8）、辦理研究生轉學、休學、復學、轉專業、退學、提前畢業、延期畢業、碩博連讀等手續，負責研究生證、校徽、畢業證書的發放與管理；
（9）、審核研究生助學金髮放標準，配合財務處做好研究生助學金的日常管理工作；
（10）、定期向教育部和江蘇省教委上報各類統計報表；
（11）、負責對各院系研究生培養質量的評估，結合本職工作，從事學位與研究生教育管理科學研究工作。
學位管理辦公室
（1）、負責全校博士、碩士學位資格審查，配合校學位委員會組織審批各院系評審授予的博士、碩士學位；
（2）、負責在職人員以同等學力申請博士、碩士學位的資格審查及各項管理工作；
（3）、負責組織博士生導師的遴選及管理、碩士生導師的審批及管理工作；
（4）、負責優秀博士和碩士論文評選、獎勵和上報工作；
（5）、負責博碩士學位論文的抽檢工作；
（6）、負責各院系校內外研究生課程進修班的計畫上報及教學管理、經費結算等工作；
（7）、負責校內旁聽研究生課程、代培研究生的接受與管理工作。
思想教育與管理辦公室
（1）、按照學校要求制訂研究生思想政治工作規章制度、計畫，組織實施各類研究生重大宣傳、主題思想教育活動；
（2）、負責研究生德育考評工作，研究生政審、畢業鑑定和向用人單位推優工作；
（3）、負責研究生的日常行為管理、生活管理和宿舍管理，參與學校各類學生教育活動；
（4）、負責研究生的評優（優秀研究生、優秀研究生幹部、標兵）及各類獎學金的評審和頒獎工作和南京大學世川良一優秀青年教育基金的管理、評審及頒獎工作；
（5）、負責特困生工作及各類困難補助的發放；
（6）、會同人事處、組織實施研究生兼任“三助”工作；
（7）、指導團工委、研究生會的工作及各類社團活動和校園文化活動，指導《南京大學研究生》編輯發行；
（8）、開展省內外研究生社會實踐活動；
（9）、指導各院系開展研究生思想教育活動和教育管理工作；負責全校“研究生思想政治工作助理”的管理；
（10）、負責各類研究生素質教育工作，組織開展全校性的素質教育活動；包括各類校園學術講座、課外科技創新活動、志願者活動；
（11）、負責全校“研究生勤工助學基金”的管理，結合學校事業發展需要和研究生實際，開展研究生勤工助學工作；
（12）、配合銀行、醫院負責研究生貸款、醫療保險、平安保險工作的開展，包括協助催還貸款和理賠；
（13）、協助學校做好校園穩定工作，負責各類研究生突發事件的處理、各類研究生違紀事件的處理；
（14）、定期開展研究生思政工作調查研究，開展研究生德育與思政工作研究；
（15）、負責研究生學風教育與學風建設；
（16）、負責研究生院網路及研究生網路信息的監管工作。
專業學位管理辦公室
（1）、審核招生計畫，組織入學考試；
（2）、審核教學計畫，組織教學秩序檢查及培養方案制定；
（3）、審核學生材料，組織學位授予和證書發放及管理；
（4）、審核校外導師聘任資格；
（5）、審核收費標準，落實分成；
（6）、建立日常評估機制，協助教育部評估活動。
科研成就
排名
2006年榮獲國家自然科學一等獎；10年來取得國家自然科學二等獎12項，名列大陸高校第一。
在最能反映基礎研究水平的SCI論文榜上曾經在我國大學中領跑7年；在國際頂尖雜誌《Science》和《Nature》發表的論文數全國第一。
1995年，世界頂級學術期刊《Science》發布的大學排行榜中，南京大學位列中國高校第二，僅次於北大。
英國倫敦泰晤士報最新全球頂尖大學排行榜，南京大學位居143位，位於亞洲大學第27位，居國內高校第五。
上海交通大學高等教育研究所2008年世界大學學術排名，居國內高校第一。
2009年中國高校國家重大自然科學獎排行榜，位居國內高校第三。
2002年、2003年、2004年、2005年、2007網大中國大學排行榜，位居國內高校第三。
中國管理科學研究院《中國大學評價》課題組武書連：2009年中國15所一流大學之一，2009年中國研究型大學研究生創新環境排名，位居國內高校第四。
實驗室
國家實驗室（1個）：南京微結構國家實驗室（籌）
國家重點實驗室（6個）：固體微結構物理國家重點實驗室、現代配位化學國家重點實驗室、計算機軟體新技術國家重點實驗室、內生金屬礦床成礦機制研究國家重點實驗室、醫藥生物技術國家重點實驗室、污染控制與資源化研究國家重點實驗室（與同濟大學合建）
教育部重點實驗室（8個）：海岸與海島開發教育部重點實驗室、中尺度災害性天氣教育部重點實驗室、介觀化學教育部重點實驗室、生命分析化學教育部重點實驗室、高性能高分子材料實驗室、近代聲學教育部重點實驗室、現代天文與天體物理教育部重點實驗室（籌）、模式動物與疾病研究教育部重點實驗室（籌）
教育部工程中心（2個）：蛋白質與多肽新藥教育部工程中心、水處理與水環境修復教育部工程中心
重點學科
一級學科國家重點學科（8個）：中國語言文學、數學、物理學、天文學、化學、計算機科學與技術、地質學、生物學
二級學科國家重點學科（13個）：馬克思主義哲學、世界史、政治經濟學、企業管理、英語語言文學、社會學、情報學、微電子學與固體電子學、材料物理與化學、環境科學、氣象學、自然地理學、外科學（普外）
國家重點（培育）學科（6個）：世界經濟、經濟法學、中國近現代史、大氣物理學與大氣環境、水文學及水資源、環境工程
註：13個二級學科國家重點學科中不包含8個一級學科國家重點學科中的24個二級學科國家重點學科
發展目標
隨著南京大學“211工程”全面實施和“985工程”二期的啟動，南京大學研究生教育將努力探索高素質高層次人才培養的新思路、新模式，把南京大學研究生教育的各項工作扎紮實實落到實處，為南京大學創建世界一流大學的目標勤奮工作。
