南京大學分子醫學研究所於2000年5月19日成立。
南京大學分子醫學研究所以腫瘤、神經、心血管疾病為研究方向,著重探索新的治療方法、發明藥物,並推向實際運用,承擔國家及省部級或國內外重要企業研究項目。研究所由主體所和分子醫學研究所Boston實驗室組成。主體所將設分子設計、基因工程中心實驗室;基因剔除和轉基因動物中心實驗室;單克隆抗體中心實驗室。
研究所將吸引眾多國內外優秀學者參加課題研究,不定期邀請國內外著名生物醫學及社會經濟學家來校講學、訪問。並將定期培養碩士研究生,博士研究生,建博士後站。在成立大會上,同時舉行了現代分子醫學進展研討會,戚正武院士、張春霆院士、沈哲鯤所長及哈佛大學、美國田納西大學等國內外知名學者在會上作了學術報告。
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