學校坐落於鍾靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京,擁有漢中門和仙林兩個校區。現有各類在校生20000餘名,設有基礎醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、藥學院、經貿管理學院、護理學院、外國語學院、信息技術學院、心理學院共9所直屬學院,22個本科專業,涉及醫、管、理、工、經、文等6個學科門類,初步形成了以中醫藥為主體、中西醫結合、多學科為支撐協調發展的辦學格局。
學校現有3個國家級重點學科、14個國家中醫藥管理局重點學科、8個江蘇省重點學科(其中2個列入國家級重點學科培育點)、4個江蘇省高校優勢學科。擁有中醫學、中藥學、中西醫結合3個博士後科研流動站,24個博士點和42個碩士點,博士點覆蓋中醫、中藥、中西醫結合所有二級學科,具有博士生導師自審權和主幹學科專業的教授評審權。學校現有5個國家級特色專業、6門國家級精品課程、1個國家級教學團隊、1個國家級人才培養模式創新實驗區、2個國家級實驗教學示範中心、25部國家級規劃教材(主編)。現已建成21所附屬醫院、5所中西醫結合臨床醫學院,各類教學及畢業實習基地逾百所。
學校科研實力雄厚,是國家科技部新藥臨床試驗研究(GCP)中心、國家教育部中藥炮製規範化及標準化工程研究中心、江蘇省植物藥深加工工程研究中心、江蘇省海洋藥物研究開發中心、江蘇省中藥質量控制工程技術研究中心的依託建設單位。學校現有1個國家科技部規範化中藥藥理實驗室、1個省部共建針藥結合重點實驗室、2個國家中醫藥管理局重點研究室、4個江蘇省重點實驗室、8個國家中醫藥管理局三級科研實驗室、1個SPF級動物實驗中心。學校構建形成了“一個中心、四大板塊”的科技平檯布局,即江蘇省中醫藥研究與新藥創製中心和南京中醫藥大學科技園、南京高新技術開發區中藥產業園區、中國醫藥城中醫藥研究院、江蘇生命科技園、加快推進“產、學、研”結合,積極為地方經濟社會發展服務。
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