初期
當麥克萊倫在考慮下一步行動的時候，北部的新聞記者們巡視了聯盟軍撤離後的防線，發現了幾根塗著黑漆的圓木，很像加農炮，再加上其他物證，顯示約翰斯頓的陣地並非那樣堅固，軍隊也不像麥克萊倫聲稱的那樣眾多。“假炮”使麥克萊倫不勝尷尬，也助長了共和黨不斷增長的疑竇，認為他確實不願擊潰聯盟軍。3月11日，林肯解除了麥克萊倫的司令官職務，因為他身為出征大軍的指揮官，在即將上陣之際，無法履行對聯邦全軍的責任。這是合乎道理的，但也暗示著對麥克萊倫的不信任。由於聯盟軍這時隱蔽在拉帕漢諾克河的那一側，麥克萊倫計畫把自己的出征基地進一步向南推移，把波托馬克軍用艦船運送到切薩皮克灣，直抵約克河和詹姆斯河之間半島頂端的門羅要塞。此舉使部隊處於可以在靠近里奇蒙的地點建立基地的有利地位，從這裡渡過兩條河，便可到達聯盟首都里奇蒙。但是，這將使里奇蒙而不是聯盟軍成為第一位目標，這與林肯考慮的順序恰恰相反。在林肯看來，它還有缺陷，一旦聯盟軍從西部或南部發動進攻，就使華盛頓處於防務空虛的狀態。麥克萊倫答應把足夠的部隊留在華盛頓附近保衛首都，還向林肯提出保證，他進軍維吉尼亞半島，勢將迫使聯盟軍遠離華盛頓，而撤向東南去對付里奇蒙面臨的威脅。林肯勉強批准了這一計畫。
3月末，一支由300餘艘艦艇組成的艦隊，開始把70,000士兵，還有馬匹、貨車、軍需品以及300門大炮，從亞歷山德里亞運往門羅要塞。歐文·麥克道爾將軍統率的一支數達35,000的精銳部隊待命留在弗雷德里克斯堡，稍後移師南進，與麥克萊倫配合，攻擊半島南部的聯盟軍防禦陣地。除波托馬克軍外，還有另外兩支聯邦軍也在維吉尼亞戰區作戰：一支是納撒尼爾·班克斯所部25,000人在謝南多厄河谷；另一支是約翰·C·弗里蒙特統率的8,000人在維吉尼亞西部，他是林肯因受國會壓力而被委以指揮權的。其中一些部隊是麥克萊倫考慮留下來保衛華盛頓的。麥克萊倫實際留在華盛頓防禦工事裡的團，也比他答應留下的少，而且差不多都是新兵。總統對首都的安全感到憂慮，對麥克萊倫感到氣惱，因為他對此顯然漠不關心。
林肯認為，班克斯在河谷的兵力雄厚，對付斯通沃爾·傑克遜在該地的那支為數不多的軍隊綽綽有餘，遂下令將班克斯的一個師調往距華盛頓較近的馬納薩斯。然而，這是無視傑克遜的非凡才幹而作出的決定。傑克遜篤信宗教，個性內向，不可捉摸，他在南北戰爭中最後成為最優秀的將領之一。他發布命令，防止班克斯把任何軍隊從河谷調到維吉尼亞東部去。3月23日，傑克遜率領僅有4,200人的部隊，大膽地襲擊了駐守克恩斯頓村的一個人數比自己大兩倍多的師，該村位於溫切斯特的南面。他雖被擊退，損失慘重，但這次戰術性失利卻證明是一次戰略性勝利，其後果非同小可。林肯推想，傑克遜駐守河谷的兵力很可能比原先構想的多，於是便命令班克斯全軍留在該地，而從麥克萊倫部隊中抽調一個師增援西維吉尼亞州的弗里蒙特。為了在華盛頓附近保持足夠的兵力以保衛首都，林肯命令麥克道爾的一個軍留在弗雷德里克斯堡附近，而不按原先計畫去和麥克萊倫會師。
相持
約克鎮戰役
麥克道爾一個軍的留守，是引起麥克萊倫及其支持者大為不滿的幾件事情的第一件事。他們指責說，共和黨政府無意讓他這個民主黨將領獲得成功。這一指責毫無根據。不管怎樣，在4月份的第一周以前，麥克萊倫已擁兵70,000(還有30,000人迅即抵達)，而相對峙的是在約克敦革命戰爭時期舊戰場附近的半島南部挖壕據守的聯盟軍，有15,000人。麥克萊倫對這條塹壕防線只是圍而不打。他過高估計了據守約克敦防禦工事的敵軍人數。聯盟軍指揮官約翰·B·馬格魯德將軍竭力促成麥克萊倫的錯覺。馬格魯德這位業餘戲劇表演迷，給聯邦軍做了一番表演。他使他的部隊往返行軍，將炮兵部隊不停地轉移，憑藉這種辦法給人們造成他的兵力比他實際兵力要大的印象。林肯對麥克萊倫在約翰斯頓把大部分軍隊轉移到半島以前未能摧毀約克敦防線，感到失望。4月9日，總統警告麥克萊倫說，曠日持久的圍困，只能證實人們對將領不願作戰的疑慮。“對你來說，你很有必要去進行一場攻擊……。我從未懷著比此刻更加強烈的親切感給你寫信，或跟你談話，也從未以更加充沛的意志支持你……可是，你必須行動。”儘管約翰斯頓已將40,000餘士兵調到了半島，麥克萊倫的唯一行動便是慢慢地緊縮包圍。約翰斯頓視察了約克敦防線以後，評論說“只有麥克萊倫才不願進攻。”
威廉斯堡戰役
麥克萊倫終於在5月初以前把大炮拖入包圍圈陣地。但是，約翰斯頓並沒有坐待大炮將他的防禦工事炸得肢離破碎，竟然於5月3日夜撤離戰壕向里奇蒙退卻。聯邦的幾個師追擊退卻的聯盟軍，5月5日在威廉斯堡襲擊了他們的後衛部隊。一場激戰之後，已耽擱了追擊，聯盟軍已經撤走，並有足夠的時間掩護後勤供應車隊撤退。滂沱大雨把道路變成泥淖，聯邦軍繼續追擊已陷入困境。雨幾乎持續了一個月，在此期間，多種瘟疫在流行，在泥濘深不可測的道路上鋪上大量木排(即鋪上圓木和木板)，在暴漲的河上架起無數的橋樑，還有無休止的咒罵——可是幾乎沒有戰鬥。聯盟軍的退卻使諾福克不得不棄守，這樣就打開了聯邦軍艦駛入詹姆斯河的通道。5月15日，包括“蒙尼陀”號在內的5艘炮艦，溯河而上，進攻里奇蒙下游7英里處的德魯里高地的聯盟軍要塞。政府準備撤離首都，但聯邦海軍卻在德魯里高地受到打擊。“蒙尼陀”號的大炮無法仰射足以命中100英尺高度的高地聯盟軍炮隊，其他炮艦遭到聯盟軍炮火和沿岸狙擊手的重創，他們把甲板上的聯邦軍水兵逐個擊倒。假如里奇蒙要被攻占，麥克萊倫的軍隊本來是應當攻占它的。
在5月20日以前，約翰斯頓已在離城5英里處構築了一道防線，聯盟軍60,000人在那裡與聯邦軍10萬人相對峙。援引阿倫·平克頓的特工的報告，麥克萊倫估計約翰斯頓的兵力有15萬之多，他要求增派援軍，才能發起攻擊。林肯允諾把麥克道爾部的40,000人調撥給他，這支部隊能馬上從弗雷德里克斯堡進軍，與仍留在聯盟軍和華盛頓之間的麥克萊倫右翼會師。然而，“石牆將軍”傑克遜在謝南多厄谷河的戰績，再次打亂了聯邦軍進攻里奇蒙的作戰計畫。
七棵松戰役
當5月31日傑克遜正在逃脫林肯設在斯特拉斯堡的羅網時，半島上的軍隊正在里奇蒙以南5英里處進行一場大規模戰役。奇克哈默尼河流經里奇蒙和麥克萊倫設在約克河畔的供應基地之間。為了保衛這一基地，為了使自己的右翼與預期從北部開來的麥克道爾軍隊會師，麥克萊倫的部隊部署如下：把部隊兩翼設在奇克哈默尼河的兩岸。該河在最佳季節也毗連沼澤地帶，5月的大雨已使它變為狂奔的激流。5月30日一場傾盆暴雨，使聯邦兩翼大軍之間唯一賴以聯繫的4座橋樑遭到被沖毀的危險。約翰斯頓利用這場暴雨的有利時機，於5月31日投入三分之二的兵力，向大河南側的聯邦兩個軍的一個軍猛攻。如果得手，這次襲擊也許會使麥克萊倫遭到致命的打擊。然而，口頭的而非書面的命令，竟引起聯盟軍一片混亂。約翰斯頓的作戰計畫，要求三個師從三個不同的方向進軍。這對他那個缺乏經驗，人手不足的參謀部是過於複雜而難以掌握。詹姆斯·朗斯特里特將軍的一個師走錯了路，竟跟聯盟軍另一個師糾纏在一起。預定的拂曉攻擊一直拖到下午才發動。幾個旅還沒有投入戰鬥，其餘的旅零零散散地發動了進攻。這就給聯邦將領提供了增加援軍的時間。麥克萊倫命令埃德溫·薩姆納將軍，一位在內戰前經歷了42年戎馬生涯、皮膚被刺傷過的宿將，率軍渡過奇克哈默尼河，加強聯邦軍翼側。儘管橋面水深沒膝，倔強的老“雄牛”薩姆納，使包括炮兵在內的全部人馬都渡過了河。他的先頭師反擊聯盟軍，在薄暮時遏止了他們的前進。翌晨，聯盟軍重新發動攻擊，但戰果甚至不如前一天。到了下午，他們幾乎已被驅退到七棵松和費爾奧克斯(此戰役即以兩地命名)之間公路一帶的出擊點。這是一場傷亡頗重的混戰，戰鬥在森林和沼澤地里進行，無法協同作戰，而且有些傷兵一陷入泥漿中便溺斃了。雙方投入戰鬥的兵力大約都是42,000人，聯盟軍傷亡達6,000人，聯邦軍達5,000人。
這次戰鬥並未取得重大的戰略效果，但對雙方最高指揮官確實產生了深刻的影響。麥克萊倫見到遍橫戰場的“血肉模糊的屍體”，便喪失了鬥志。他寫道：“代價如此慘重，我看勝利並無誘人之處。”麥克萊倫關懷士卒，這是他素孚眾望的一個原因。然而，正如一位歷史學家所說，“麥克萊倫鍾愛士兵，乃是一種危險的感情。這使他忘記了無法否認的事實，即士兵為戰鬥而存在，而且可能死亡。”這就使他更加主張調兵遣將和圍困，而不是作戰。
如果七棵松戰役使聯邦指揮官更為謹小慎微，而它對聯盟領導人的影響卻截然相反。約翰斯頓在第一天的戰鬥中就負了傷。接替他的是羅伯特·E·李。因為李早期在維吉尼亞西部表現並不突出。他的任職幾乎未能使南部感到振奮。麥克萊倫評論他的新對手時說：“肩負重責，謹小慎微，意志薄弱……，一旦繁重任務急迫，就缺少精神上的堅定性……，可能會表現出怯懦，優柔寡斷。”可是一名熟識李的聯盟軍軍官說，儘管他舉止文雅，有貴族儀態，但卻是一個敢作敢為的人。“他的名字可以叫‘大膽’。他將有更多的冒險機會，而且要比這個國家其他任何將領來得更快。”
李把他的軍隊命名為北維吉尼亞軍。他即刻著手籌劃對麥克萊倫的優勢兵力發動一場進攻。6月12日，他派遣J·E·B·斯圖爾特將軍執行騎兵偵察任務，以便發現麥克萊倫的準確位置。斯圖爾特作為一個無畏的、精神抖擻的傳奇式人物，具有一個騎士的典型形象。他是一個優秀的騎兵統帥。他不僅搞到了李所需要的情報，而且還憑高明的騎術在麥克萊倫大軍的周圍活動。在為時3天的冒險中，以1,200人包圍了10萬敵軍，抓了一些俘虜，破壞了聯邦軍的補給品，智勝追蹤的敵騎，回師時僅損失一名士兵。斯圖爾特對李說，麥克萊倫的右翼“沒有掩護”(沒有天然屏障如河流、山脈的防護)，容易受到包圍。
七天戰役
麥克萊倫已經把他的大部分軍隊調往奇克哈默尼河南面，留在北岸的僅有菲茨·約翰·波特的一支30,000人的增援部隊。李決定向這支部隊發起攻擊。為了達此目的，他打算將傑克遜的部隊從河谷調來，以18,000人襲擊波特的翼側，而半島部隊的45,000人則橫渡奇克哈默尼河進攻正面。這一行動的風險是，當他加強自己的左翼以進攻麥克萊倫的右翼時，奇克哈默尼河南側的70,000名聯邦軍可能衝垮他們正面對峙的25,000聯盟軍。然而李了解麥克萊倫，所以認為值得去冒這個風險。為了使聯邦軍產生錯覺，李首先派出一個師給在西部90英里處的傑克遜。聯邦情報員及時密報了這一調動。但與此同時，傑克遜卻極秘密地利用鐵路、公路，把軍隊運送到里奇蒙正北，他從那裡將能和李發動協同攻勢。這段時間麥克萊倫在幹些什麼呢？兩周來他幾乎每天向林肯保證，天氣一旦好轉，而“必要的準備工作”完成後，他就開始進軍，但同時，他要求政府能否給他增派更多的兵員。他抱怨說供應匱乏和援軍不足，但並沒有什麼根據。雖然他未能得到麥克道爾的整軍的增援，可是其中一個較大的師已抵達他那裡，而且從4月份起，他原來的部隊已經得到總數達35,000人的增援，6月20日，他擁有的戰鬥部隊將近10萬人。即使在傑克遜抵達之後，聯盟軍兵力仍不足90,000人，但麥克萊倫的蹩腳的情報處竟把此數字誇大為20萬——這便成為他按兵不動的理由。然而麥克萊倫於6月25日搞了一次武力偵察——顯然這便是他久已應諾的進攻的開端。
但在第二天，李部渡過了奇克哈默尼河發動了攻擊。從那時起，聯盟軍便掌握了主動權。雖然進攻開始時不甚得手——出人意外的是，失利主要歸咎於傑克遜。李的部署是要求傑克遜的三個師襲擊波特的右翼和後方，這將是李軍各師進擊梅卡尼克斯維爾村附近聯邦軍前線的信號。可是素享盛名的傑克遜步騎兵在6月26日並未抵達戰場。位於中央的由A·P·希爾指揮的聯盟軍先遣師等不及了，遂於下午3時發動進攻，將聯邦軍警戒哨逐出梅卡尼克斯維爾，但隨即遭到駐守在村東沼澤地一條小河彼岸的藍衣軍的掃射，傷亡頗重。傑克遜在不到3英里處聽到了射擊聲，但未去支援希爾。人們對傑克遜在這一次以及後來以“七天戰役”聞名的日子裡所表現的奇怪行動議論紛紜。據說聯邦軍焚毀橋樑，砍倒樹木以阻塞本來就難通行的道路，使他遲遲不能向梅卡尼克斯維爾村進軍；據說李的命令含糊不清，聯盟軍參謀部工作失當；傑克遜部隊經歷河谷戰役和後來向里奇蒙的行軍，已感睏乏；在熬過幾個近乎不眠的夜晚之後，傑克遜本人已是精疲力竭，缺乏生氣。不論理由如何，傑克遜並未像他在河谷那樣對半島發動同樣的進攻。
蓋恩斯磨坊戰役
6月26至27日夜間，波特將他全軍撤到蓋恩斯磨坊正東的博茨韋恩沼澤地後側的堅固防線。李跟蹤而至，並於6月27日下午以57,000之眾對波特的已經加強的34,000人的部隊發起全面攻擊。傑克遜再一次緩慢地進入聯盟軍左翼陣地，李的中間各師接二連三地受到猛攻而後退，直到薄暮時分，全線最後出擊，才突破了聯邦軍防線。波特在夜間渡過奇克哈默尼河退卻了。當這場戰鬥繼續向北推移時，大河南面的部隊在幹些什麼呢？約翰·馬格魯德的演戲才華再一次起著作用。李命令他搞些演習和遊行，以這些花招使麥克萊倫認為他準備進攻。馬格魯德重演了約克敦故伎。他的炮兵隆隆轟鳴；步兵步伐整齊地前進和後退；軍官們站在能聽到聯邦軍前線動靜的森林裡，佯作向團隊高聲發令，有些連隊對聯邦軍陣地發動短促突擊。詐欺術真起了作用。麥克萊倫果然給華盛頓拍發電報說，他在奇克哈默尼河兩岸受到“占壓倒優勢兵力的攻擊”，雖然事實上他在該河南側擁有的兵員優勢是2.5比1。
麥克萊倫決定把基地轉移到半島另一邊更加安全的詹姆斯河去。當天夜裡，他便下令部隊南撤到詹姆斯河。緊接著，他給陸軍部長斯坦頓發出電報，表示當天的事情已使他不知所措：
因為我部兵力過少，此次戰役失利了。……政府不必要也不能追究我對戰鬥結局的責任。……我看到那么多的同伴陣亡和負傷，使我只能感到政府沒有支持這支軍隊。……假如我現在挽救了本軍的話，我要坦率地告訴你，我不會感謝你，也不會感謝華盛頓的任何人。你為了犧牲本軍，已經盡了最大努力。（電報局裡的一個感到愕然的上校，在拍發電報給斯坦頓之前，刪掉了最後兩句。）
寫出這番話的人，居然是個吃了敗仗的將領，儘管他統率的軍隊在人數和裝備兩方面都超過敵軍。拿破崙說過，戰爭中真正舉足輕重的不是士兵，而是這種人——負責指揮的將領。麥克萊倫印證了這一點。
李打算趁聯邦軍橫過半島撤退之際衝擊其側翼和後衛。他的計畫從紙上談兵來說是高明的，但師長們執行起來卻感到棘手。他們兩次襲擊退卻中的藍衣軍——6月29日在薩維奇車站，6月30日在格倫代爾。聯盟軍每一次都未能很好協調他們的攻勢；在格倫代爾，他們8個師只將兩個師投入了戰鬥。另外兩次傑克遜也貽誤了戰機——一次是在奇克哈默尼河上一整天搭橋，而不是涉水而過(水位已下降)；另一次是因對方炮火狙擊和白橡林沼澤地一座斷毀的橋樑使自己受到制約，而沒有命令各師涉過淺灘，直逼格倫代爾的聯邦軍側翼。
莫爾文高地戰役
7月1日，聯邦軍構築了一道橫過莫爾文高地的堅固的防線，該高地是高達150英尺的斜坡，兩側是深壑，正面是長而開闊的火力陣地。藍衣軍炮隊在正面橫列配置了100門大炮，另外150門配置在側翼，作為後備。這陣地看來堅固難攻，但李認為，撤退的聯邦軍胡亂遺棄的裝備就說明了士氣頹敗。他相信，再發起一次攻擊，在他們抵達詹姆斯河並取得炮艦掩護以前，可能殲滅之。聯盟軍炮兵發射密集炮火以削弱敵方陣地，然而，聯邦軍大炮卻發射出猶如外科手術般精確的反擊炮火，將他們的大炮一一摧毀。李決定命令步兵無論如何要發起攻擊。用聯盟軍將領丹尼爾·H·希爾的話說，隨後發生的“不是戰爭——而是屠殺”。一次又一次的衝擊，均被聯邦軍發射的炮彈和榴霰彈粉碎了。在莫爾文高地，聯邦軍炮兵比內戰期間其他戰役更顯示出優勢。聯盟軍傷亡有半數是炮火造成的，這對這場戰爭的每一方的確是僅有的一次。後來希爾聲稱，擁有聯盟軍的步兵和聯邦軍的炮兵，他就能舉世無敵。莫爾文高地戰役是七天戰役最後的戰鬥。藍衣軍撤退，以便在哈里森碼頭休息和重新裝備，而聯盟軍則醫治創傷。雖然李在第一個月的指揮中成就是非凡的，但他感到失望的是，麥克萊倫未遭到更嚴重的損失便逃之夭夭。李一反常態，大發雷霆，對他的一名將軍厲聲說，這一事態的發生，是“因為我不能使我的命令得以貫徹執行”。後來李把幾名將領從維吉尼亞戰區調走，並把該軍的八個步兵師改編成兩個軍歸朗斯特里特和傑克遜指揮，才糾正了參謀部和指揮機構的弱點。
