眼科研究所曾有過輝煌的歷史。1956年,北京生物製品研究所湯飛凡教授與張曉樓教授合作,在國際上首次成功分離出沙眼衣原體,獲得“國際金質獎章”,1978年沙眼防治工作獲全國醫藥衛生科技大會獎。經過幾代科技人員的不懈努力,眼科研究所在角膜病、青光眼、白內障、眼底病、眼腫瘤等諸多領域頗有建樹,多次獲國家,北京市科技進步獎。眼科研究所設有博士後流動站、博士、碩士教學點,現任的博士生導師4人,碩士生導師4人,先後培養博士後11人,博士、碩士研究生59人。自1988年起,研究所被確定為世界衛生組織在我國的防盲合作中心,全國及北京市防盲指導組辦公室也設在研究所。研究所負責編輯出版《眼科》、《國際眼科縱覽》(原刊名《國外醫學眼科分冊》)兩本國家級專業眼科雜誌。
研究所設有三大部,即基礎部、套用基礎部和行政部,共9個科室,即眼微生物、眼生化、眼藥理、眼病理、眼生理、防盲辦公室、情報室、研發室、行政辦公室,各實驗室面向社會開放使用。現有科研課題,包括國家自然科學基金課題、863聯合攻關課題、北京市自然科學基金、北京市科委課題等,總計34項。2000年,在徐亮所長的帶領下,開展了北京地區眼病篩查工作,對青光眼、白內障、老年性黃斑變性等多種致盲眼病進行了流行病學研究。
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