2000年7月,隨著計算機科學技術的普及與發展, 北京大學規定所有本科生必須修滿兩學期以上的計算機基礎課程,並將該系列課程列為本科生主幹基礎課進行重點建設。學校出於計算機教學統籌規劃與建設的考慮,將原北京大學計算中心教學實驗室、北京大學計算機科學技術系軟體實驗教學實驗室和北大-IBM聯合實驗室整合為計算機實驗教學中心,由計算機科學技術系統一組織授課。
2002年信息學院成立後,大力推行本科生進實驗室實習的工作。包括計算機系微處理器研究中心、軟體工程研究中心、計算機網路研究中心、資料庫研究中心、計算機語言所、人工智慧研究中心等紛紛成為本科生科研實習的重要基地,該類實習中心命名為創新實驗室。2004年,在學校教務部的支持下,中心成立新的ACM競賽實驗室,用於培養對競賽感興趣學生的自主學習和培訓。2006年初,由總政治部武器裝備部投資,中心創建了國防生實驗室。
隨著計算機學科的發展,通過整合融合多個學科領域的教學資源,計算機實驗教學中心已經初步建成為一個包含六個計算機教學實驗室服務全校本科生的全校最大的實驗教學中心。中心包括大型基礎實驗室(含基礎電路實驗室、微機原理實驗室、計算機網路實驗室、智慧型處理與分析實驗室和文理工醫實驗室)、軟體實驗室、IBM實驗室、ACM競賽實驗室、國防生實驗室和創新實驗室等六類專門實驗室。
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