Gaussian的介紹
Gaussian中有三種分子力學方法。它們用於ONIOM 計算，但也可以用作獨立的方法。這些方法不需要指定基組關鍵字。
可以使用以下力場：
Amber：Amber力場在[37]中描述。這篇文章發表後，實際的參數(parm96.dat)略微做了
更新。我們使用來自Amber網站(http://amber.scripps.edu/)的最新版本Amber。
DREIDING：DREIDING 力場在[38]中描述。
UFF：UFF 力場在[39]中描述。
電荷分配有關的選項
除非在分子說明部分設定，否則使用任何分子力學力場時，默認不會為原子分配電荷。
可用的選項可以在初始結構上用QEq算法估計電荷，對任何力學關鍵字可以用以下選項控制：
QEq 使用QEq 方法[40]為所有原子分配電荷。
UnTyped 只對在輸入檔案中沒有指定類型的原子分配QEq 電荷。
UnCharged 對所有電荷為零的原子(也即，在輸入檔案中沒有設定類型或給定了類型但
沒有電荷的所有原子）分配QEq 電荷。
參數優先權選項
相關術語
Gaussian包含以上所列內置力場的內置參數，稱為硬體參數。軟參數是由用戶在當前任務的輸入檔案內指定的參數（或者是從以前任務的checkpoint檔案讀取的參數）。默
認不提供有關的選項，只能使用硬體參數。
HardFirst 從輸入檔案讀取附加的參數，硬體參數優先於讀入的軟參數。因此，如果
沒有相應的硬體參數時，才會使用讀入的參數。注意，和硬體參數匹配的
通配符結果優先於軟參數，即使後者包含完全匹配的項。若要禁止硬體參
數的匹配，可以使用SoftFirst 選項。
SoftFirst 從輸入檔案中讀入附加的參數，（讀入的）軟參數比硬體參數值優先。
SoftOnly 只使用從輸入檔案中讀入參數，忽略硬體參數。
ChkParameters 從checkpoint 檔案讀入參數。checkpoint 檔案中任何非標準的（軟）參
數都比相應的硬體參數優先，除非同時指定HardFirst。
NewParameters 忽略checkpoint 檔案中的任何參數。
Modify （在從硬體和/或軟參數構建了參數數組之後，）讀入對參數數組的修改
和添加。
多參數說明匹配的處理
因為參數可用通配符指定，一個給定結構有可能符合多種參數組的設定。默認為如果在
力場上存在歧義，則計算中斷。以下選項指定遇到多種符合的其它處理方式：
FirstEquiv 如果所需的參數有等價的匹配，使用最先發現的。
LastEquiv 如果所需的參數有等價的匹配，使用最後發現的。
輸入慣例
Amber 計算需要在通常的分子說明部分，用通常的Amber 符號指定所有的原子類型：C-CT 指定SP3 脂肪族碳原子。
C-CT-0.32 指定SP3 脂肪族碳原子，帶有部分電荷0.32 。
O-O--0.5 指定羰基氧原子，帶有部分電荷-0.5 。
關於定義原子類型及其有關的關鍵字，請參看AMBER 論文[37]。
也可以對UFF 和DREIDING 計算提供原子類型和電荷的信息，但不是必需的。對於這
些方法，程式將自動確定原子類型。
套用
解析能量，梯度，和頻率。
