實施
實施函證時，註冊會計師應當對選擇被詢證者、設計詢證函以及發出和收回詢證函保持控制。
註冊會計師應當採取下列措施對函證實施過程進行控制：
（一）將被詢證者的名稱、地址與被審計單位有關記錄核對；
（二）將詢證函中列示的賬戶餘額或其他信息與被審計單位有關資料核對；
（三）在詢證函中指明直接向接受審計業務委託的會計師事務所回函；
（四）詢證函經被審計單位蓋章後，由註冊會計師直接發出；
（五）將發出詢證函的情況形成審計工作記錄；
（六）將收到的回函形成審計工作記錄，並匯總統計函證結果。
作用
函證可以為審計師獲取認定層次的充分、適當的審計證據，以降低檢查風險至可接受的水平。
例如，A公司會計記錄上記載截至×年×月×日有在B銀行的存款100萬元，則審計師可以向B銀行發出詢證函以獲取B銀行對於A公司存款的說明。如果B銀行確認A公司的記錄是準確的，則審計師可以確認A公司的會計記錄。
結果及評價
若審計師在實施函證後的合理時限內未能收到回函，則應被詢證人進行二次函證。
若審計師就同一審計目標發出向多位被詢證人進行函證，則應在收到回函後，編制《函證結果匯總表》作為綜合性的審計證據和審計工作底稿，並記錄對函證結果做出的評價。函證結果匯總表應當包括：函證編號；被詢證人名稱；函證信息；函證方式；函證日期，包括第一次和第二次的日期；回函日期；回函結果；可確認的信息；信息差異及說明；審計結論。
不足
雖然，函證提供的證據相對比較可靠，但受到被徵詢者是否認真對待詢證函、是否能夠保持獨立性和客觀性、是否熟悉所函證事項等諸多因素的影響。儘管註冊會計師在設計詢證函是要考慮這些因素，但是很難能百分之百地保證函證結果的可靠性。
分類
函證分為肯定式函證和否定式函證
（一）積極式函證就是向債務人發出詢證函，要求其證實所函證的欠款是否正確，無論對錯都要求復函。
（二）消極式函證，它是向債務人發出詢證函。但所函證的款項相符時不必復函，只有不符時才要求債務人復函。
這兩種方式各有優缺點，前者所獲取的審計證據較為可靠，但審計成本較高；後者因不可知因素的存在，所獲取的審計證據較前者來說不可靠，但成本相對較低。這裡值得注意的是，對於重要的應收賬項不應以審計成本的高低作為減少審計程式的理由。
具體採用哪種方式應根據不同情況做出選擇：當個別賬戶欠款金額較大，或有理由相信欠款可能會存在爭議、差錯等問題時採用肯定式函證。當符合以下所有條件時，可採用否定式函證：相關的內部控制是有效的；預計差錯率較低；欠款餘額小的債務人數量很多；有理由確信大多數被函證者能認真對待詢證函，並對不正確的情況予以反饋。
這裡應注意，上述函證方式的選擇並不是絕對的，有時候兩種方式結合起來使用，將其優缺點互補，可能會更適宜，例如，按照重要性原則，對於大餘額賬項採用肯定式函證，對於小餘額賬項則採用否定式函證。
