由來
日本戰國時期是戰爭頻繁的亂世，以幕府將軍和幕府分封在各地的守護職威信下滑，原本輔佐守護的守護代、各地土豪、甚至平民崛起成為大名。各地大名進而稱霸一方甚至於成為掌控天下的“天下人”都成為可能。另外此時日本與歐洲人之間的貿易交流正式展開，基督教和火槍的引進改變了社會和戰爭型態。到了戰國中、後期，過往封建制度下的農奴地主關係也逐漸遭到破壞。以織田信長為首的各國大名逐漸擺脫以往的兵農合一制度，開始把武士、士兵從農村和農業中脫離出來，編成專門進行統治和戰鬥的集團，使之集中居住在大名的城下，這個做法叫做“兵農分離”。
歷史必然性
此舉的產生有其歷史必然性：
首先，隨著歷史的進程紛繁複雜的戰國局勢逐漸顯現輪廓，弱小的大名逐漸被強者吞併，強者因而更強，在各地區都已逐漸形成有一定經濟和農業實力的武士集團，這為建立脫離農業生產的常備軍隊提供了必要的主觀條件。
其次，各武士集團實力的提升，也決定了爆發衝突強度的提升，想要獲勝必須建立更加強大的軍事力量。火槍等新式武器在戰爭中的普及對軍人的戰鬥素質提出了跨越式的要求，在兵農合一的制度下士兵根本無法滿足這種要求，這也是為何較早在軍隊中大規模使用火槍的織田集團最先開展兵農分離的原因之一。這也是隨著戰爭的發展對“兵農分離”提出了客觀要求。
豐臣政權逐步實行的“兵農分離”政策，為他們統一整個日本打下了堅實的基礎。所謂兵，就是指的武士，而農是指農民，但在絕大多數戰國大名轄下，這兩者並不是能夠截然加以區分的，大量中低層武士本身也從事農業生產，和富農、中農無異，而多數農民在領主發出動員令以後也必須抬槍上陣，變成了低級武士也就是足輕。這種非常備軍制度所引發的弊病是顯而易見的：首先，兵源質量得不到保證，農民兵士氣偏低，所以很多戰場上都會發生數十騎衝散數千人的奇特現象；其次，因為絕大多數的兵役負擔者本身也從事農業生產，所以發動戰爭的同時必然會耽誤耕種，破壞領內經濟；其三，領主用減免年貢和勞役的方法來要求兵役，這就使得發動戰爭的經濟負擔加倍，而長期遠征更是非常破費的事情，因此絕大多數戰爭都只能發生在農閒時候；其四，大批農民握有武器，隨時可能結合起來發動一揆，反抗領主的統治。
兵農關係
雖然兵農不分對封建領主可能造成相當大的損害，但因為戰國時代戰爭數量增多，規模擴大，使得大名們為了可以動員起龐大兵力以應付內外之敵而不得不飲鴆止渴，不僅無法打破這種舊模式，甚至還更加推波助瀾。長宗我部氏家中實行所謂“一領具足制”，即除了被稱為馬回眾的領主親衛外，主要軍事力量來源於半農半兵的所謂“在鄉武士”，很多在鄉武士只要拿得出一件鎧甲（具足），就能在戰爭中成為中堅將領。島津氏也有類似政策，擁有一町以上土地的中農、富農被稱為“有足（具足）眾”，是經常的兵役對象，而那些“無足眾”在爆發大規模戰鬥時也都跑不了，必須抬槍上陣。
在這種背景下，還沒有統一小小的備中國的三村氏為了討伐宇喜多直家，盡搜領內，竟然能夠組織起兩萬大軍，也就不奇怪了，而直家的祖父能家竟能用七十騎突破敵軍近萬農兵，也不算是什麼奇蹟。
織田信長初始也維持兵農不分的政策，等到消滅淺井氏和朝倉氏，壓制本願寺，基本上撕破了“信長包圍網”以後，其領地日益擴大，軍事實力天下無雙，為了提升兵源質量，遂開始實行“兵農分離”政策。兵農分離有一個很大的前提，那就是大名的一元化統治達到極致，對其屬下將領擁有轉移封地的絕對權力，從而使相當多武士與他們世代居住的土地剝離開來。信長進而在入住安土城以後，要求大量武士離開封地，統一居住在安土城下町中。從此以後，武士不再從事農業生產，終於變成了職業軍人或者封建官僚。
豐臣秀吉繼承織田信長的政策，不僅如此，他還將信長時代開始的“刀狩令”擴大到日本全國，在使武士成為職業軍人以後，更解除了廣大農民的兵役負擔，把他們牢固束縛在土地上，只要為領主生產耕種、服勞役即可。天正十九年（1591年）八月，秀吉正式發布了區分武士和百姓的相關條例，禁止相互間的轉職。
弊端
然而這樣就又出現了新的問題，大批在鄉武士不甘於只以耕種為生，他們以其世代跟隨領主出征的功勳為名，強要擠進武士階層中去，武士數目既多，卻又無仗可打，沒有更多的俸祿可給，沒有新的知行地可分，很多統一政權下的大名藩主為此捉襟見肘，瀕臨破產邊緣。最終的解決辦法是，他們給相當多的在鄉武士以武士名份，卻又要求他們繼續回鄉耕種，從而武士就形成了常備兵和預備兵兩個階層。
因此，徹底的“兵農分離”，只在織田·豐臣政權直接統治下的領地里才真正實行過。
社會勞動生產力的發展是根本原因。
