保護區管理機構可以對保護區在試驗區及外圍地區進行的以生態旅遊為重點的資源適度經營，各級政府和有關部門應予以資金、技術、稅收等政策優惠，提高保護區自養能力；提高保護區科技人員待遇，解決其後顧之憂，在科研經費的安排上予以政策傾斜，促進保護區科學研究工作。
生態補償機制由一系列的環節構成，建立補償機制，可為保護區籌集大量資金和物質，改善辦公條件、科研條件，通過建立一支充分套用高科技手段的管理隊伍，增強保護力量，及時發現和制止各種破壞行為。
針對目前保護區管理中的問題，需要建立專門的稻魚共生系統保護管理部門，建議成立以縣政府為主的稻魚系統保護委員會、以省農業廳為主的稻魚系統保護委員會，保護委員會設定：綜合辦公室、計畫財務科、資源保護管理科、科研監測科、開發經營科等科室。儘快加速稻魚共生系統保護區的行政管理體系的建立，完善行政管理機構與體制，落實對生態環境的保護責任措施。
由於目前掌握稻田養魚這種技術的人員呈下降趨勢，為了讓廣大農民能掌握稻魚生產的新技術，需要編制以栽培技術、施肥技術和病蟲害防治技術等為核心內容的核心區農產品生產規程、緩衝區及試驗區有機農產品生產技術規程，並做技術集成和示範。
中國傳統農業
實踐經驗有一個世界上少有的、連續的文化傳承基礎。由於其發展時間長，應當有很多經得起自然和社會歷史變遷的內在合理性。由於工業化農業是對傳統農業的否定，而生態農業是對工業化農業的否定，這種“否定之否定”會使傳統農業有很多經驗值得未來借鑑。目前由於工業化農業手段的推廣，以及對現代生產條件的不適應，傳統農業實踐方式已迅速消失。一代人的生產隊管理體制使傳統農業經驗的家庭傳承途徑被嚴重削弱。目前可以考慮鎖定偏遠區域和年紀大的老隊長、老技術骨幹為傳統農業實踐的調查對象。傳統技術還能在古代農業貢獻、地方志等文字記錄中獲得。應當對傳統農業實踐進行系統而廣泛的收集整理，然後進行嚴格的效果篩選和深入的機理研究。在此基礎上，進行科學改造，並逐步推廣套用。這將有利於加速生態農業的發展。
農業文化遺產
分狹義和廣義兩個概念。狹義上就是指人類在歷史上創造並傳承、保存下來的農耕生產的經驗，而廣義的農業文化遺產，則是指人類在歷史上創造並傳承、保存至今的各種農業生產經驗和農業生活經驗。保護農業文化遺產，就是通過這樣一個工程，來重新看待、評估、反思我們的傳統農業文明，並為今後人類農業文明的發展指明一條前進的道路。農業文化遺產保護
工作的保護核心就是對傳統農業耕作技術與經驗、傳統農業生產工具實施保護、科學而有效的傳統農業生產制度、傳統農耕信仰與民間文學藝術等非物質文化遺產及對當地特有農作物品種實施有效保護。在實施農業文化遺產保護工作中，需注意以下幾個問題：對傳統農業文化遺產要抱有一種更加寬容的態度；在農業遺產保護和開發過程中，應秉持大遺產概念；打破陳舊觀念，徹底澄清傳統文化落後觀；抓住重點，帶動一般，以地域標誌性文化統領傳統文化遺產；加強對農業文化遺產的活態保護等。
世界遺產是財富，該財富屬於全世界，而不僅僅屬於當地或某個國家，有必要讓人們分享。必然開展面向專業人員的科考等專項旅遊；應該開展面向青年學生的教育的一般旅遊；可以開展適度的大眾觀光旅遊；遺產保護離不開旅遊開發，但必須適度，關鍵是要在兩者間建立平衡點。
世界遺產旅遊開發的定位應是保護為主、開發為輔。因為遺產地不是風景區，它的核心功能是保護遺產，而不是創造經濟效益；不能完全“商業化”，“人工化”和“城市化”；不能把下蛋的雞殺掉。莫讓遺產變遺憾：盲目開發、過度開發，後果嚴重。
聯合國教科文組織已經把旅遊定為對世界遺產的四大主要威脅之一（另三個分別是戰爭、自然災害和重大工程建設）。傳統的旅遊規劃從根本上忽視了大地景觀是一個有機的系統，缺乏對景區及單元地塊之間應有的連續性和整體性；超前的規劃使大量土地撂荒，實際上都導致了景區擴張的無法和無序以及土地資源的浪費；傳統的旅遊規劃使綠地系統和生態環境保護規劃事實上是被動的點綴，是後續的和次級的，從而使自然過程的連續性和完整性得不到保障。
應在從“以人為本”到“生態優先”、“遺產保護優先”來考慮問題，用反規劃（逆規劃）的思想：反思規劃、反過來規劃、“負”的規劃成果：為人類和中華民族的萬代子孫留下一個永遠得到保護的“不建設”空間；“反規劃”不是不規劃，也不是反對規劃；不規定必須做什麼，只強調一定不要做什麼，不能在某些地方做什麼——守住生態底線、守住遺產底線等。
農業文化遺產與世界文化遺產和自然遺產不同，未來的農業文化遺產本身仍要發揮生產作用，供外人參觀和欣賞是重要的，但不是主要的。近年來，世界文化和自然遺產保護運動從對單體文物的保護，發展到保護成片的城鎮和村落景觀整體（包含其賴以形成和存在的環境），甚至提出了包含獨特歷史文化資源的線形景觀“文化線路”或“遺產廊道”的概念。
根據實際，青田旅遊性質應是綜合性的生態旅遊：研修旅遊、鄉村旅遊（觀光旅遊）、休閒旅遊、購物旅遊、生態旅遊、綜合性的生態旅遊等。其旅遊開發的核心理念：通過典型生態旅遊社區的構建，展示一個世外山村和諧的生產生活方式，讓遊客在村民生活和自然環境的充分接觸中感受生活，營造現代人精神回歸的心靈家園。針對大眾遊客的體驗活動將不局限於參觀學習，而是觸摸真實生活，樵漁耕讀，縱情山水。
在今天看來，傳統的稻魚系統在技術和經濟等方面存在若干問題，已嚴重影響到這種傳統生產方式的存續：１、技術粗放。主要表現在：水體小，魚類棲息環境差；魚種規格小、放養密度低；餌料不足；遲放早捕，養殖時間斷，這些技術因素限制了稻田養魚產量的提高。２、品種單一，種性退化。青田等浙東南地區喜愛田鯉魚，這些鯉魚品種性溫順不善跳躍，不易逃逸，很適應稻田環境，但長期以來，由於品種混雜，加之近親繁殖，種性退化，生長緩慢，影響了稻田養魚產量的提高。３、生產規模小、比較效益低。傳統稻田養魚產量極低，青田縣１９８５年平均畝產７．６公斤，１９８７年１０．７公斤，２００４年為２０公斤，而完全採用傳統方式養殖的田塊產量一直保持在１０公斤以下。加之，農民稻田養魚面積小且零星分布，如方山龍現村多數農戶僅有幾分田，即使全部出售，收益也十分有限。而相對於稻田養魚，經商或出國有更高的收入。４、現代農業技術的衝擊。
儘管傳統的稻田養魚模式在今天看來存在種種缺陷或不足，但這些多半是傳統文化與現代文明衝突的結果。由於傳統稻魚系統是一種建立在傳統農耕文化基礎之上的農業技術、經濟與文化的綜合體，對它的保護、研究和利用也必須多管齊下，均衡考慮，而不能僅僅或過多地關注其日漸衰減的經濟效益。從確保食品安全、改善生態環境、保護傳統文化的角度來看，政府有必要在政策、制度、資金等方面為傳統稻魚共生系統的存續提供保證，特別是加強相關科學研究，為稻魚共生系統的有效保護和可持續發展提供有力的技術支持。
世界農業遺產的保護在全球範圍內還是首次，究竟應該保護傳統的稻田放養的模式還是改良後的養魚模式，具體應該保護什麼，怎么保護，政策如何配合，這一切都需要摸索和研究。在此，我提一些個人不成熟的觀點，供大家參考。
一是農民應成為項目實施的主體。農民是系統的保護者也是系統的受益者。當地民眾更具有穩定性和連續性，比政府制定的方案更具有可行性，應該把主動權交給民眾，讓他們成為管理的主體，使當地的自然資源的經營管理更有效率。
二是保護區的範圍不宜過大。農業文化遺產保護初期在地域範圍上不宜過大，否則不利於保護措施的實施和項目的適度開發。
三是要借力發展，加強國內外合作。充分發揮國內外科技力量的積極性，共同保護與繼承稻魚共生系統。縣政府將成立專門的農業遺產保護委員會，制定詳細規劃，動員當地農民參與合作。同時，建立健全相關機制，逐步形成政府、企業、農民共同投入的機制。進一步加強宣傳，使更多的人認識遺產。
四是要正確處理好保護和開發的關係。保護和開發是相輔相成的，在項目開發中，要處理好長遠效益和眼前利益，要千方百計保護好生態景觀、景致和生態生產模式，消除一切與自然背離的系統改造。在不破壞生態環境的前提下，在保護稻魚共生系統的大背景下，通過適當改造滿足現代人為生活、旅遊、參觀的需要，從而也更能展現出遺產的珍貴价值，凸現出遺產的效益。
